<div>Ok. But i still have problems with reconstruction. Could you check me please...</div><div>My geomerty: source to detectorš396.8 mm, source to isoš327.3 mm, iso center offset approximately calculated from projectionš0.71775, gantry, 100 shots, 1 degree for each shot.š</div><div>camera: 1024x1000, špixel sizes 95.7um x 96um</div><div>š</div><div>Firstly i converted all tif files to mhd via rtksubselect. Then:</div><div>rtksimulatedgeometry -o geometry.xml --n 100 --arc=100 --sdd=396.8 --sid=327.3 š--proj_iso_x=-0.71775 --source_x=-0.71775</div><div>rtkfdk -p . -r proj_sub.mhd -o fdk.mha -g geometry.xml --verbose --dimension 512,512,512 --spacing 0.0957,0.096,0.0957</div><div>š</div><div>proj_sub.mhd:</div><div><div>ObjectType = Image</div><div>NDims = 3</div><div>BinaryData = True</div><div>BinaryDataByteOrderMSB = False</div><div>CompressedData = False</div><div>TransformMatrix = 1 0 0 0 1 0 0 0 1</div><div>Offset = -48.95055 -47.952 0 < ---- i calc so: -1 * (512 * 0.0957 - 0.0957 / 2) š-1 *(500 * 0.096 - 0.096 / 2) 0</div><div>CenterOfRotation = 0 0 0</div><div>AnatomicalOrientation = RAI</div><div>ElementSpacing = 0.0957 0.096 1</div><div>DimSize = 1024 1000 100</div><div>ElementType = MET_FLOAT</div><div>ElementDataFile = proj_sub.raw</div></div><div>š</div><div>Here is the raw file and few origin tifs :</div><div><a href="https://drive.google.com/file/d/0B9EY8AokXE8zbjdtUUQtVkFuM1U/view?usp=sharing">https://drive.google.com/file/d/0B9EY8AokXE8zbjdtUUQtVkFuM1U/view?usp=sharing</a></div><div><a href="https://drive.google.com/file/d/0B9EY8AokXE8zVi1RaDA2QzBwdDA/view?usp=sharing">https://drive.google.com/file/d/0B9EY8AokXE8zVi1RaDA2QzBwdDA/view?usp=sharing</a></div><div>š</div><div>Volume is not as promising at all. šProbably some geometry information in this tomography system is incorrect, its just in development. (may be central ray is not intersecting in the center of detector, and etc ). And of course it can be cause of reconstruction problems. But, if suppose that information above is correct, is i specify it right ?</div><div>š</div><div>š</div><div>07.04.2015, 13:26<strong>,</strong> "Simon Rit" <simon.rit@creatis.insa-lyon.fr>:</div><blockquote type="cite"><div><div><div>Hi,</div>This is almost correct. I think the default origin is -127.5 in the second case so the option of the first case should have been "--origin=-27.5,-127.5". Then, there would have been no geometric difference for RTK, it comes down to a choice between shifting the origin of your image or setting a relative position of your image with respect to the volume. Note that if you have different offsets for each projection, only the second option is feasible.<br /><br /></div><div>In RTK, the center-of-rotation is always (0,0,0). So you have to shift the rest if you want to shift it (source and detector position indeed).</div><div>Simon</div></div><div><br /><div>On Mon, Apr 6, 2015 at 3:40 PM, bambykaa 1 <span><<a href="mailto:bambykaa@yandex.ru" target="_blank">bambykaa@yandex.ru</a>></span> wrote:<br /><blockquote style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Hello RTK users.<br /> Is there difference between this<br /> rtksimulatedgeometry -n 180 -o geometry.xml<br /> rtkprojectgeometricphantom -g geometry.xml -o projections.mha --spacing 1 --dimension 256 --phantomfile SheppLogan.txt --origin=-28,-128<br /> <br /> and this<br /> <br /> rtksimulatedgeometry -n 180 -o geometry.xmlš --proj_iso_x=100<br /> rtkprojectgeometricphantom -g geometry.xml -o projections.mha --spacing 1 --dimension 256 --phantomfile SheppLogan.txt<br /> <br /> ?<br /> <br /> As i understand these sequences are identical and using for specifying detector offset.<br /> <br /> But if i want to specify iso center offset ? May be..<br /> rtksimulatedgeometry -n 180 -o geometry.xml --proj_iso_x=100 --source_x=100<br /> rtkprojectgeometricphantom -g geometry.xml -o projections.mha --spacing 1 --dimension 256 --phantomfile SheppLogan.txt<br /> Is it right ?<br /> _______________________________________________<br /> Rtk-users mailing list<br /> <a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com">Rtk-users@public.kitware.com</a><br /> <a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a></blockquote></div></div></blockquote>