<div dir="ltr">Without more details I can only guess the meanings in your device xtekct file... suppose that the unit is mm.<div><br></div><div>Before anything, first check the resolution of your tiff files and see if it is 200 dpi.</div><div><br></div><div>Then try these geometry settings:<div><br><div><div>rtksimulatedgeometry.exe --output=My_geo2.xml --nproj=360 --arc=360 --sdd=983 --sid=618.327880859375  --proj_iso_x=-121.666 --proj_iso_y=-97.536</div><div>or</div><div><div>rtksimulatedgeometry.exe --output=My_geo2.xml --nproj=360 --arc=-360 --sdd=983 --sid=618.327880859375  --proj_iso_x=-121.666 --proj_iso_y=-97.536</div></div><div><br></div><div>Then for reconstruction:</div><div><br></div><div>rtksart -g My_geo2.xml   -f  CudaRayCast  -b   CudaVoxelBased   -t 1  -p C:\Users\zangg\Desktop\Our_data\Toy -r .*.tif -o toy_cuda2.mha  -n 3 --spacing=0.08  --dimension=1800,900,1800<br></div></div></div><div><br></div><div>No idea if these will work though...</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Chao</div><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2014-11-20 20:28 GMT+01:00 Guangming Zang <span dir="ltr"><<a href="mailto:guangming.zang@kaust.edu.sa" target="_blank">guangming.zang@kaust.edu.sa</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt;line-height:115%;font-family:Cambria,serif"> </span><span style="font-family:Cambria,serif;font-size:12pt">Hi Cyril,</span></p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt"><span style="font-size:12pt;font-family:Cambria,serif">It is so nice of you,
thanks for your very helpful help and reply.  And thanks for introduction  about the visualization tool ( VV ) . Yes,
actually, i want to use SART to reconstruct a whole volume. Considering that it
may be kind of time-consuming, so i just try to reconstruct one slice first.</span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt;line-height:115%;font-family:Cambria,serif">And I want to use sart reconstruction algorithm from a series of
 projections data scanned from Nikon  XT H 225</span> (.tif format,360 projections and
360 arcs) . But when using sart, I am not sure about the geometry in our RTK
setting.</p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt;line-height:115%;font-family:Cambria,serif">File attached(two files) are  the geometry information of object scanned and
360 projections, I used the command below, but I can not get the correct answer,
I think it is because my geometry’ setting is not correct, I used 2 commands:</span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt;line-height:115%;font-family:Cambria,serif">Command 1 </span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt;line-height:115%;font-family:Cambria,serif">rtksimulatedgeometry.exe --output=My_geo2.xml --nproj=360
--arc=360 --sdd=983 --sid=618  --proj_iso_x=0 --proj_iso_y=-195</span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt;line-height:115%;font-family:Cambria,serif">command 2</span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt;line-height:115%;font-family:Cambria,serif">rtksart -g My_geo2.xml  
-f  CudaRayCast  -b   CudaVoxelBased   -t 1 
-p C:\Users\zangg\Desktop\Our_data\Toy -r .*.tif -o toy_cuda2.mha  -n 3 --spacing=0.08     --dimension
150 150 100      </span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt;line-height:115%;font-family:Cambria,serif">In command 1, I am not sure about the proj_iso_x and proj_iso_y setting,
does it mean that the coordination of scanned object’s center map to the
projection? i used (0,-195) because in the geometry file (xml attached) the object coordination is(0,192,633.82)    And the spacing setting as
the VoxelSize of x ,y,z. which is 0.07988 in xml.</span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt;line-height:115%;font-family:Cambria,serif">In command 2 , I am not sure about the dimension  and origin setting. I setting dimension as dimension(x,y,z)=
(VoxelSizeX*VoxelsX, VoxelSizeY*VoxelsY, VoxelSizeZ*VoxelsZ)< (150,150,100) </span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt;line-height:115%;font-family:Cambria,serif">And in sart options , I do not know how to set origin in my
case. So I just use defult value, but I think in my case, I should change the
value.</span></p><p class="MsoNormal"><font face="Cambria, serif" size="3"><span style="line-height:18.3999996185303px">in the xml file, i think maybe this may related to the origin setting</span></font></p><p class="MsoNormal"><font face="Cambria, serif" size="3"><span style="line-height:18.3999996185303px">   <VolumeOfInterest></span></font></p><p class="MsoNormal"><font face="Cambria, serif" size="3"><span style="line-height:18.3999996185303px">    <XStart>21</XStart></span></font></p><p class="MsoNormal"><font face="Cambria, serif" size="3"><span style="line-height:18.3999996185303px">    <XEnd>1757</XEnd></span></font></p><p class="MsoNormal"><font face="Cambria, serif" size="3"><span style="line-height:18.3999996185303px">    <YStart>108</YStart></span></font></p><p class="MsoNormal"><font face="Cambria, serif" size="3"><span style="line-height:18.3999996185303px">    <YEnd>1851</YEnd></span></font></p><p class="MsoNormal"><font face="Cambria, serif" size="3"><span style="line-height:18.3999996185303px">    <ZStart>293</ZStart></span></font></p><p class="MsoNormal"><font face="Cambria, serif" size="3"><span style="line-height:18.3999996185303px">    <ZEnd>1135</ZEnd></span></font></p><p class="MsoNormal"></p><p class="MsoNormal"><font face="Cambria, serif" size="3"><span style="line-height:18.3999996185303px">  </VolumeOfInterest></span></font></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt;line-height:115%;font-family:Cambria,serif">So can you help me to figure it out??</span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt;line-height:115%;font-family:Cambria,serif">And , another question is, if I want to resize the projections(e.g,
from 2000*2000 to 500*500. How should I change my geometry setting in this case)???</span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt;line-height:115%;font-family:Cambria,serif">Again, thanks and very grateful for your any help and
suggestion.</span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt;line-height:115%;font-family:Cambria,serif">I am not sure if you can see the attached file, so if you want,
the 360 projections and geometry data are available at  <span style="font-size:11pt;line-height:115%;color:rgb(34,34,34);text-decoration:none"><a href="https://drive.google.com/file/d/0B0W7oABtgSzXOWJyOWJDUVl6Ukk/view?usp=sharing" target="_blank">https://drive.google.com/file/d/0B0W7oABtgSzXOWJyOWJDUVl6Ukk/view?usp=sharing</a></span></span><span style="font-size:12pt;line-height:115%;font-family:Cambria,serif"></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-family:Cambria,serif;font-size:12pt;line-height:115%"> </span><span style="font-family:Cambria,serif;font-size:12pt;line-height:115%">The geometry only</span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt;line-height:115%;font-family:Cambria,serif"><span style="font-size:11pt;line-height:115%;color:rgb(34,34,34);text-decoration:none"><a href="https://drive.google.com/folderview?id=0B0W7oABtgSzXUjdVOS1uYldySDQ&usp=sharing" target="_blank">https://drive.google.com/folderview?id=0B0W7oABtgSzXUjdVOS1uYldySDQ&usp=sharing</a></span></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt;line-height:115%;font-family:Cambria,serif"><br></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt;line-height:115%;font-family:Cambria,serif">Thanks for you all, Cyril ,Simon and Chao</span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt;line-height:115%;font-family:Cambria,serif"><br></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt;line-height:115%;font-family:Cambria,serif">Best regards</span></p><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt">









































</p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12pt;line-height:115%;font-family:Cambria,serif">Guangming</span></p></font></span></div><div class="HOEnZb"><div class="h5">

<br>
<div><hr></div><font face="Arial" size="1">This message and its contents, including attachments are intended solely for the original recipient. If you are not the intended recipient or have received this message in error, please notify me immediately and delete this message from your computer system. Any unauthorized use or distribution is prohibited. Please consider the environment before printing this email.</font></div></div><br>_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>