<div dir="ltr"><div><div>Hi,<br></div>About your other question, there is no plan to add Kaiser-Bessel basis functions that I'm aware of. But I would strongly encourage you to give it a try!<br></div>Good luck with your project,<br>Simon<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 18, 2014 at 5:09 PM, Chao Wu <span dir="ltr"><<a href="mailto:wuchao04@gmail.com" target="_blank">wuchao04@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Guangming,<div><br></div><div>To reconstruct a volume from a series of tiff files you have to let the algorithm know the geometrical relationship among the source, the volume and the projections stored in the tiffs. The idea is the same: RTK uses projection matrices and image coordinates to understand the positioning of those projections. The projection matrices are based on a lot of geometrical parameters like gantry angle, source position, detector position, in-plane and out-of-plane rotation angles of the detector etc. I won't go though all since most of them have no differences if you use tiff files or whatever format as input. I focus on some tiff tips.</div><div><br></div><div>In the simplest situation, the tiff files contain correct resolution (DPI) information, then you need to do nothing on these files. You have to specify the correct detector offset though, since in the tiff image coordinates the origin is the first pixel (corner pixel) which is apparently not the intersection of the central ray and the detector. The detector offsets in x and y actually mean the position of the image origin (the first pixel) in the coordinate system centred at the intersection. Since the direction cosines is an identity matrix and pixel sizes are positive, the detector offsets in x and y will be negative.</div><div><br></div><div>If the resolution information of the tiff files is not correct, you have to rewrite this information. You can of course perform a pre-processing to change the DPI of all tiff files with a third-party software, or you can alter the RTK code to allow such changes after reading the images, by using a itk::ChangeInformationImageFilter filter.</div><div><br></div><div>Another non-geometrical issue with tiff files is that when their integer pixel values are converted into attenuation, the maximum possible integer is used as the reference value. This may not be correct in practice, e.g. in your 16-bit tiffs you use 62000 to represent air (no attenuation) leaving the integer range from 62001 to 65535 for statistical fluctuation. If for instance you only use the lower 14 bits for your data then this problem is more severe. For sure you can correct this by changing the code and specify the correct reference value.</div><div><br></div><div>Hope these can help.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Chao</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">2014-11-18 15:09 GMT+01:00 Guangming Zang <span dir="ltr"><<a href="mailto:guangming.zang@kaust.edu.sa" target="_blank">guangming.zang@kaust.edu.sa</a>></span>:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr">Thanks</div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div><div dir="ltr"><font style="line-height:23.32400131225586px" face="arial, helvetica, sans-serif" color="#674ea7"><b><i>Guangming Zang (Alex)</i></b></font><div style="line-height:23.32400131225586px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b><i><font color="#0b5394">King Abdullah University of Science and Technology</font><font color="#073763">(KAUST)</font></i></b></font></div><div style="line-height:23.32400131225586px"><span style="font-family:arial;font-size:13px;line-height:20.020000457763672px"><font color="#0b5394"><b><i>University of Chinese Academy of Sciences(UCAS)</i></b></font></span><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b><i><font color="#073763"><br></font></i></b></font></div><div style="line-height:23.32400131225586px"><br></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">2014-11-18 16:46 GMT+03:00 Guangming Zang <span dir="ltr"><<a href="mailto:guangming.zang@kaust.edu.sa" target="_blank">guangming.zang@kaust.edu.sa</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi,<div>I am using the sart reconstruction in RTK, it works well.Thanks for your great work.</div><div>and i was wondering do you have any plan to add other filters except Joseph, such as Kaiser-Bessel???  ( described here <a href="http://wscg.zcu.cz/wscg2003/papers_2003/herman.pdf" target="_blank">http://wscg.zcu.cz/wscg2003/papers_2003/herman.pdf</a>)</div><div>BTW, i have read the messages sent by other users(<a href="http://public.kitware.com/pipermail/rtk-users/2014-October/000573.html" target="_blank">http://public.kitware.com/pipermail/rtk-users/2014-October/000573.html</a>)</div><div>but i still can not make it. can u help me and explain again about using a series of .tiff images ans sart algorithms to get the volume.</div><div>Thanks in advance <br clear="all"><div><div><div dir="ltr">Best<br><div style="line-height:23.3240013122559px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b><i><font color="#0b5394">King Abdullah University of Science and Technology</font><font color="#073763">(KAUST)</font></i></b></font></div><div style="line-height:23.3240013122559px"><span style="font-family:arial;font-size:13px;line-height:20.0200004577637px"><font color="#0b5394"><b><i>University of Chinese Academy of Sciences(UCAS)</i></b></font></span><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b><i><font color="#073763"><br></font></i></b></font></div><div style="line-height:23.3240013122559px"><br></div></div></div></div>
</div></div>
</blockquote></div><br></div>

<br>
<div><hr></div><font face="Arial" size="1">This message and its contents, including attachments are intended solely for the original recipient. If you are not the intended recipient or have received this message in error, please notify me immediately and delete this message from your computer system. Any unauthorized use or distribution is prohibited. Please consider the environment before printing this email.</font><br></div></div>_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
<br>_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>