<div dir="ltr"><div>Hi Simon,</div><div> </div><div>It appears I have to apologize again and take back the question about the SART reconstruction.</div><div>I re-ran on the big data set (644 projections). This time no memory issue and SART worked well.</div><div>For some reason it did not work on the small set initially. I should have run more tests before</div><div>posting here.</div><div> </div><div>Sorry about the noise and thanks a lot for looking into the "issues".</div><div> </div><div>-howard</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Sep 18, 2014 at 5:47 PM, Howard <span dir="ltr"><<a href="mailto:lomahu@gmail.com" target="_blank">lomahu@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi Simon,</div><div> </div><div>I apologize for the confusion about the dataset. Actually I did not use the same dataset.</div><div>The reason is that the set I used for rtkfdk test had 644 projections and with it rtksart </div><div>crashed because of memory (I only allocated 3GB memory to Virtualbox from my window7). </div><div>So for the SART test I changed to a small projection set (366 projections) where the object is </div><div>a cube with dimension of 5cm x 5cm x 5cm. That's why I chose a smaller reconstruction </div><div>size 128*2. With the same dataset when I ran rtkfdk I got very good reconstruction.</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div> </div><div>-howard</div></font></span></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Sep 18, 2014 at 4:41 PM, Simon Rit <span dir="ltr"><<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-width:1px;border-left-style:solid">Hi Howard,<br>
Assuming you're using the same dataset as the one you used for the<br>
rtkfdk test, you have decreased its size. For example, x was 2*256 mm<br>
with rtkfdk and it is now 128*2. On the slice you sent, we could see<br>
that a part of the phantom on the right was missing so you should keep<br>
the same size except for this side that should be larger, certainly<br>
not reduce the size.<br>
For the display, I would suggest to use the same window/level as for<br>
your FDK reconstruction. The two reconstruction algorithms reconstruct<br>
the same average intensities, only the texture is different.<br>
Good luck,<br>
Simon<br>
<div><div><br>
On Thu, Sep 18, 2014 at 7:03 PM, Howard <<a href="mailto:lomahu@gmail.com" target="_blank">lomahu@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hi Cyril,<br>
><br>
> I am testing SART reconstruction according to what you described, specifying<br>
> dimension, spacing and origin:<br>
><br>
> rtksart \<br>
>    --geometry varianGeometry \<br>
>    --regexp .*.hnd \<br>
>    --path ../Scan0 \<br>
>    --output sart_rec.mha \<br>
>    --verbose \<br>
>    --spacing 2.0\<br>
>    --dimension 128,100,128 \<br>
>    --origin -127.5,-99,-127.5<br>
><br>
> but the reconstruction gave a plain image with no object/contrast. I checked<br>
> the grayscale values on the reconstructed images and did see they ranged<br>
> from -1.78 to 3 (this may not be precise but give you some idea). I tried to<br>
> adjust window level but couldn't see any contrast. I must miss something<br>
> here. Please advise. Thanks!<br>
><br>
> -howard<br>
><br>
> On Thu, Sep 18, 2014 at 10:59 AM, Cyril Mory<br>
> <<a href="mailto:cyril.mory@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">cyril.mory@creatis.insa-lyon.fr</a>> wrote:<br>
>><br>
>> Howard,<br>
>><br>
>> For SART reconstructions, you do not need padding, and you can't do Hann<br>
>> windowing because no ramp filtering is applied. SART usually outputs<br>
>> smoother images, so you probably will not need this denoising trick anyway.<br>
>> However, you should be careful about one thing : your object has to be<br>
>> fully contained in the reconstructed volume, or you will observe important<br>
>> border effects. Use the --dimension, --spacing and --origin options to<br>
>> ensure this.<br>
>><br>
>> All the best,<br>
>> Cyril<br>
>><br>
>><br>
>> On 09/18/2014 04:47 PM, Howard wrote:<br>
>><br>
>> Thanks very much, Cyril & Simon. Now the fdk reconstruction is working<br>
>> beautifully. Jus another quick question: for rtksart executable, are we<br>
>> still able to do padding and hanning window trick as well?<br>
>><br>
>> On Thu, Sep 18, 2014 at 9:47 AM, Simon Rit<br>
>> <<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>> wrote:<br>
>>><br>
>>> Hi,<br>
>>> I fully agree with Cyril. Something else : you might want to mask out<br>
>>> what is outside the field-of-view using the rtkfieldofview executable. Your<br>
>>> ring corresponds to that border. See an example here:<br>
>>> <a href="http://wiki.openrtk.org/index.php/RTK/Examples/VarianReconstruction" target="_blank">http://wiki.openrtk.org/index.php/RTK/Examples/VarianReconstruction</a><br>
>>> Simon<br>
>>><br>
>>> On Thu, Sep 18, 2014 at 10:12 AM, Cyril Mory<br>
>>> <<a href="mailto:cyril.mory@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">cyril.mory@creatis.insa-lyon.fr</a>> wrote:<br>
>>>><br>
>>>> Hi Howard,<br>
>>>><br>
>>>> The bright ring artifact is typically caused by high-pass filtering (the<br>
>>>> ramp filter used in FDK) of truncated projection data (when projections have<br>
>>>> non-zero values on the sides, the edge of the projection makes a sharp<br>
>>>> transition to zero). A classical answer to this problem is to pad the<br>
>>>> projections, for example with values starting from the values on the side<br>
>>>> and slowly decreasing to zero.<br>
>>>><br>
>>>> rtkfdk can do this padding for you. Just add "--pad 0.1" to your options<br>
>>>> (or more than 0.1 if it isn't enough).<br>
>>>> Also, I noticed that your reconstructed image seems quite noisy. You<br>
>>>> might want to use a Hann windowing of the ramp filter to reduce the noise<br>
>>>> amplification effect of high-pass filtering. You can do that by adding<br>
>>>> "--hann 0.5" to your options. Note that the argument is a cut-off frequency,<br>
>>>> so smaller values mean more smoothing.<br>
>>>><br>
>>>> Best regards,<br>
>>>> Cyril<br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>> On 09/18/2014 05:21 AM, Howard wrote:<br>
>>>><br>
>>>> Hi,<br>
>>>><br>
>>>> I use rtkfdk to reconstruct varian cbct images following the example on<br>
>>>> rtk wiki page. The projections were obtained with half fan mode because it<br>
>>>> is an abdominal region with the patient lateral x AP dimension of 550x550.<br>
>>>> The reconstructed cbct images have a big bright circle around<br>
>>>> the image. Please see the image:<br>
>>>> <a href="http://expirebox.com/download/2f55c9d8f0bc83138b954d2fec08e78c.html" target="_blank">http://expirebox.com/download/2f55c9d8f0bc83138b954d2fec08e78c.html</a><br>
>>>><br>
>>>> I am using Ubuntu Linux box to reconstruct. Two sequential commands were<br>
>>>> used:<br>
>>>><br>
>>>> ./rtkvarianobigeometry --xml_file ProjectionInfo.xml --path Scan0/<br>
>>>> --regexp Proj_.*.hnd -o varianGeometry<br>
>>>> and<br>
>>>><br>
>>>> rtkfdk \<br>
>>>>    --geometry varianGeometry \<br>
>>>>    --regexp .*.hnd \<br>
>>>>    --path ../Scan0 \<br>
>>>>    --output rec.mha \<br>
>>>>    --verbose \<br>
>>>>    --spacing 2.0,2.0,2.0 \<br>
>>>>    --dimension 256,100,256 \<br>
>>>> The projections are stored in the standard varian format: Scan0 and<br>
>>>> ProjectionInfo.xml with 644 projection images.  I assume that rtkfdk handled<br>
>>>> the half fan geometry properly. What did I do wrong then?  Many thanks!<br>
>>>><br>
>>>> -howard<br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>> _______________________________________________<br>
>>>> Rtk-users mailing list<br>
>>>> <a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
>>>> <a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>> --<br>
>>>> --<br>
>>>> Cyril Mory, Post-doc<br>
>>>> CREATIS<br>
>>>> Leon Berard cancer treatment center<br>
>>>> 28 rue Laënnec<br>
>>>> 69373 Lyon cedex 08 FRANCE<br>
>>>><br>
>>>> Mobile: <a href="tel:%2B33%206%2069%2046%2073%2079" target="_blank" value="+33669467379">+33 6 69 46 73 79</a><br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>> _______________________________________________<br>
>>>> Rtk-users mailing list<br>
>>>> <a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
>>>> <a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
>>>><br>
>>><br>
>><br>
>><br>
>> --<br>
>> --<br>
>> Cyril Mory, Post-doc<br>
>> CREATIS<br>
>> Leon Berard cancer treatment center<br>
>> 28 rue Laënnec<br>
>> 69373 Lyon cedex 08 FRANCE<br>
>><br>
>> Mobile: <a href="tel:%2B33%206%2069%2046%2073%2079" target="_blank" value="+33669467379">+33 6 69 46 73 79</a><br>
><br>
><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>