<div dir="ltr">Thank you Rune, this was very helpful. The pattern is that several projections have the same gantry angle on one side of the gantry angle gap. Something that happens with Elekta Synergy... I think that the bug has been fixed:<br><a href="https://github.com/SimonRit/RTK/commit/c5b1647eee34ca6fb76d067ff2f5c67f7477495f">https://github.com/SimonRit/RTK/commit/c5b1647eee34ca6fb76d067ff2f5c67f7477495f</a><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Sep 9, 2014 at 12:04 PM, Rune Slot Thing <span dir="ltr"><<a href="mailto:Rune.Slot.Thing@rsyd.dk" target="_blank">Rune.Slot.Thing@rsyd.dk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div link="blue" vlink="purple" lang="DA">
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Hi all,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">We have experienced the same problem as YangKyun in our institution. Find attached a screendump of a short scan, and the ElektaGeometry file. We
 are reconstructing on CPU using RTK 1.0.0, and have encountered the strange behavior a couple of times without being able to find any patterns. Our images are 512x512 pixels of 0.8 mm pitch, and acquired in a 200 degree scan with the S20 filter on an Elekta
 XVI machine.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">Hope this helps in tracking down the problem.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">Best regards,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">Rune Slot Thing</span><span style="color:#1f497d" lang="EN-US"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">PhD Student</span><span style="color:#1f497d" lang="EN-US"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">Institute of Clinical Research, University of Southern Denmark</span><span style="color:#1f497d" lang="EN-US"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">Laboratory of Radiation Physics, Odense University Hospital</span><span style="color:#1f497d" lang="EN-US"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1f497d"><a href="mailto:rune.slot.thing@rsyd.dk" target="_blank">rune.slot.thing@rsyd.dk</a></span><span style="color:#1f497d"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1f497d"> <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1f497d"> </span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">Fra:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> Rtk-users [mailto:<a href="mailto:rtk-users-bounces@public.kitware.com" target="_blank">rtk-users-bounces@public.kitware.com</a>]
<b>På vegne af </b>Simon Rit<br>
<b>Sendt:</b> 9. september 2014 07:24<br>
<b>Til:</b> Yang Kyun Park<br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<b>Emne:</b> Re: [Rtk-users] Short scan reconstruction problem - real projection images from Elekta XVI<u></u><u></u></span></p><div><div class="h5">
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi,<u></u><u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal">Everything looks correct in what you did. What version of RTK did you use?<br>
It looks like a bug in the angular weighting of the projections coming from the discretization of the integral on the gantry angle. Could you send us a copy of ElektaGeometry.xml and tell us what was the dimension of the projections? We will look into it.<br>
Thanks for the report,<br>
Simon<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On Tue, Sep 9, 2014 at 5:22 AM, Yang Kyun Park <<a href="mailto:theday79@gmail.com" target="_blank">theday79@gmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Hi all,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I’ve been using RTK for a year and I appreciate for all the efforts being made by the developers.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Even though I haven’t had any problem with full scan images (360 degree scan), I found that rtkfdk doesn’t work well with my short scan images obtained from our
 Elekta XVI system.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I’ve used a command line such as:<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">--geometry ElektaGeometry.xml --path his_file_dir --regexp ".*.his" --output rtkfdk_short_scan.mha --spacing 0.5,0.5,0.5 --dimension 512,200,512 --origin -127.9,29.5,-127.9
 --hardware cuda<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">The reconstructed image looked very weird, like a distorted 3D volume with very noisy patterns<span style="color:#1f497d"> (as attached).</span><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Note that I didn’t change anything in the rtkfdk code and I believe that the software is automatically recognize the short scan when it is loading the geometry
 file(xml). (Please correct me if I was wrong.)<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Thank you for your help in advance.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">YangKyun<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><br>
_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a><u></u><u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div></div></div>
</div>

</blockquote></div><br></div>