<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV>Scaling the phantom worked perfectly.</DIV>
<DIV>You mentioned that a reconstruction will need to specify the source outside of the volume. How can I specify that? What parameters would you pass to rtkfdk.exe to reconstruct the phantom?</DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV>Thanks</DIV>
<DIV>Micah<BR><BR>--- On <B>Tue, 2/26/13, Simon Rit <I><simon.rit@creatis.insa-lyon.fr></I></B> wrote:<BR></DIV>
<BLOCKQUOTE style="BORDER-LEFT: rgb(16,16,255) 2px solid; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px"><BR>From: Simon Rit <simon.rit@creatis.insa-lyon.fr><BR>Subject: Re: [Rtk-users] trouble projecting phantom<BR>To: "M Miller" <croow@yahoo.com><BR>Cc: rtk-users@openrtk.org<BR>Date: Tuesday, February 26, 2013, 12:36 AM<BR><BR>
<DIV id=yiv1730971013>Hi Micah,<BR>I have given it a try and I think I obtain the expected result if you use the SheppLogan file that we provide here<BR><A href="http://midas3.kitware.com/midas/download?items=27326" rel=nofollow target=_blank>http://midas3.kitware.com/midas/download?items=27326</A><BR>However, the result might surprise you because your source is in the phantom (sid=65.93 vs largest ellipsoid which is A=88.32 B=115.2 C=117.76). You can scale the shepp logan phantom using the following command<BR>rtkprojectshepploganphantom -g geo.xml -o proj.mha --spacing 1 --dimension 1024 --phantomscale 10<BR>You will then obtain more meaningful results, i.e., the full phantom will be in the beam.<BR>Note by the way that if you use rtkfdk afterwards, you will have to be careful to have the source outside the volume as well. I have recently noticed that there was a bug when the source was in the volume, I will fix it as soon as possible.<BR>Simon<BR><BR>
<DIV class=yiv1730971013gmail_quote>On Tue, Feb 26, 2013 at 2:23 AM, M Miller <SPAN dir=ltr><<A href="http://us.mc1638.mail.yahoo.com/mc/compose?to=croow@yahoo.com" rel=nofollow target=_blank ymailto="mailto:croow@yahoo.com">croow@yahoo.com</A>></SPAN> wrote:<BR>
<BLOCKQUOTE style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class=yiv1730971013gmail_quote>
<TABLE border=0 cellSpacing=0 cellPadding=0>
<TBODY>
<TR>
<TD vAlign=top>
<DIV>I've been unable to project a phantom, or anything else, at high magnification. Here's the steps I've think should work, but don't.</DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV>"rtksimulatedgeometry.exe --output=geo.xml --nproj=1600 --arc=360 --sdd=870.86 --sid=65.93"</DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV>These are the values from my actual CT system. Next I try using rtkprojectgeometricphantom to create some projections.</DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV>"rtkprojectgeometricphantom -g geo.xml -o projs\projections1024.mha --spacing 1 --dimension 1024 --phantomfile </DIV>
<DIV>SheppLogan.txt"</DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV>Inspecting the output projections shows they're mostly unrecognizable. Repeating these steps with a higher SID does produce the expected phantom projections. I've had no luck using real data, so I thought I'd try a simple phantom, but it's turned out to be not so simple.</DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV>Is RTK limited somehow with respect to magnification, or are my expectations unrealsitic? Am I missing a command-line switch?</DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV>Thanks</DIV>
<DIV>Micah</DIV></TD></TR></TBODY></TABLE><BR>_______________________________________________<BR>Rtk-users mailing list<BR><A href="http://us.mc1638.mail.yahoo.com/mc/compose?to=Rtk-users@openrtk.org" rel=nofollow target=_blank ymailto="mailto:Rtk-users@openrtk.org">Rtk-users@openrtk.org</A><BR><A href="http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/rtk-users" rel=nofollow target=_blank>http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/rtk-users</A><BR><BR></BLOCKQUOTE></DIV><BR></DIV></BLOCKQUOTE></td></tr></table>