Hi Simon,<div><br></div><div>Thank you. At the moment I'm just doing something similar to what you did for the Elekta system - using a log_ref (I'm using HND_INTENSITY_MAX) and minus the log of intensity plus one (I assume the plus one is to avoid taking the log of zero?).</div>
<div><br></div><div>Another few question: </div><div>1. Are you doing any normalization after reconstruction or forward projection? Are the negative values in the reconstructed images simply a result of the ramp filtering?</div>
<div>2. If I want to compare a reprojection from an image reconstructed using RTK with the original projection, how should I make sure the normalization is correct? i.e. should I plus/minus or multiply the  reprojected attenuation before I use exponential and make it back to intensity values?</div>
<div>3. The rtkforward projections doesn't seem to work correctly when I'm projecting using a geometry file containing several Projection (Angle). The output mha file seems to "repeat" after a couple of projections instead of showing all projections. I'm testing this on a Varian Half Fan geometry - it works fine if I break the geometry file down into one each for each projection angle and do the forward projection separately. I can send you a reprojection mha file if my description is unclear to you.</div>
<div><br></div><div>Thanks Simon!!</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Andy.</div><div><br><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2012/10/24 Simon Rit <span dir="ltr"><<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>></span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Andy,<br>
Yes you're right, I have actually noticed recently that but I have not<br>
worked a lot on Varian images because we don't have a Varian CBCT in<br>
Lyon. I only had a sub-sampled acquisition from Greg of a Catphan that<br>
I used to roughly check the geometry. As far as I can remember, when I<br>
wrote this piece of code, I tried to use the same code as Plastimatch<br>
but I could well have done it wrongly. I'm actually waiting for a new<br>
complete Catphan acquisition from Greg to correct for this but if you<br>
already have a patch to suggest or a set of images to send, feel free<br>
to do it.<br>
Thanks,<br>
Simon<br>
<div><div class="h5"><br>
On Tue, Oct 23, 2012 at 2:48 PM, Andy Shieh <<a href="mailto:hsieandy@gmail.com">hsieandy@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hi Simon,<br>
><br>
> I was looking at "rtkVarianObiRawImageFilter.h", and realized that the<br>
> attenuation is calculated from the projection image simply via a negative<br>
> transformation (1-Intensity/HND_MaxIntensity).<br>
> Is it usually the way this is done, and is there any reason for doing this?<br>
> I would have thought attenuation should be calculated from intensity via<br>
> logarithm (since I=I_0 exp(-mu x)).<br>
> Thanks!!<br>
><br>
> Cheers,<br>
> Andy<br>
><br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> Rtk-users mailing list<br>
> <a href="mailto:Rtk-users@openrtk.org">Rtk-users@openrtk.org</a><br>
> <a href="http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/rtk-users" target="_blank">http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
><br>
</blockquote></div><br></div></div>