<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><br></div></div></div></div></div></div><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 6, 2017 at 12:47 PM, D Haley <span dir="ltr"><<a href="mailto:mycae@gmx.com" target="_blank">mycae@gmx.com</a>></span> wrote:</div><div class="gmail_quote">...<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Does paraview support CollectionType="Temporal"? [1]. If it is </blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
important, I am using paraview 5.4.0<br>
<br></blockquote><div><br></div><div>Yes.</div><div><br></div><div>Try putting the spatial collection inside the temporal one. Promote <Time= Value="x"/> to the spatial collection.</div><div><br></div><div><div style="font-size:12.8px"><div><Xdmf></div><div>  <Domain Name="Data"></div><div><div style="font-size:12.8px"><div>     <Grid GridType="Collection" CollectionType="Tempoal"></div></div></div><div>       <Grid GridType="Collection" CollectionType="Spatial"></div><div>          <Time = 0></div><div>          <Grid ... your existing temporal grid here ><br></div></div><div style="font-size:12.8px">       </Grid></div><div style="font-size:12.8px"><div style="font-size:12.8px"><div>       <Grid GridType="Collection" CollectionType="Spatial"></div><div>          <Time = 1></div><div>          <Grid ... your existing temporal grid here ><br></div></div><div style="font-size:12.8px">       </Grid></div><div style="font-size:12.8px">       ...</div><div style="font-size:12.8px"><div style="font-size:12.8px"></div></div></div><div style="font-size:12.8px"><div style="font-size:12.8px"><div style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">     </Grid></span></div></div></div><div style="font-size:12.8px">  </Domain></div><div style="font-size:12.8px"></Xdmf></div></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<br>
Thanks!<br>
<br>
[1]<br>
<a href="http://xdmf.org/index.php/XDMF_Model_and_Format#Uniform.2C_Collection.2C_and_Tree" rel="noreferrer" target="_blank">http://xdmf.org/index.php/<wbr>XDMF_Model_and_Format#Uniform.<wbr>2C_Collection.2C_and_Tree</a><br>
<div class="gmail-HOEnZb"><div class="gmail-h5"><br>
On 06/09/17 14:18, David E DeMarle wrote:<br>
> Please reply-all to keep the mailing list on the thread so everyone can<br>
> contribute to the discussion and benefit from it.<br>
><br>
> To make a multiblock from xdmf, enclose your grid inside of an<br>
> xdmfgridcollection like so:<br>
> <Xdmf><br>
>   <Domain Name="Data"><br>
>      <Grid GridType="Collection" CollectionType="Spatial"><br>
>         <Grid ... your existing temporal grid here ><br>
>      </Grid><br>
>   </Domain><br>
> </Xdmf><br>
><br>
><br>
> David E DeMarle<br>
> Kitware, Inc.<br>
> Principal Engineer<br>
> 21 Corporate Drive<br>
> Clifton Park, NY 12065-8662<br>
> Phone: <a href="tel:518-881-4909" value="+15188814909">518-881-4909</a><br>
><br>
> On Wed, Sep 6, 2017 at 9:05 AM, D Haley <<a href="mailto:mycae@gmx.com">mycae@gmx.com</a>> wrote:<br>
><br>
>> Hello,<br>
>><br>
>> Thanks very much for the pointer. I'm looking around for multiblock file<br>
>> specifications - does such a thing exist, particularly for an XDMF+HDF5<br>
>> wrapper?<br>
>><br>
>> I've found an example for .vtp [1], but I can't seem to find any<br>
>> specifications on what constitutes a .vtmb file. Subsequently I'm having<br>
>> trouble fully understanding what is and is not permitted.<br>
>><br>
>><br>
>> Thanks!<br>
>><br>
>> [1] <a href="https://public.kitware.com/pipermail/paraview/2009-April/011847.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://public.kitware.com/<wbr>pipermail/paraview/2009-April/<wbr>011847.html</a><br>
>><br>
>> On 06/09/17 10:44, David E DeMarle wrote:<br>
>>> Put the co-rect-mesh (image data) inside a grid collection (multiblock).<br>
>>><br>
>>> Paraview's pipeline doesn't deal well with image data that changes<br>
>>> dimensions over time. This is not limited to xdmf. When inside a<br>
>>> multiblock, a different pipeline layer takes over and it works out.<br>
>>><br>
>>> On Sep 6, 2017 5:09 AM, "D Haley" <<a href="mailto:mycae@gmx.com">mycae@gmx.com</a>> wrote:<br>
>>><br>
>>>><br>
>>>> Dear Paraview List,<br>
>>>><br>
>>>> I'm trying to read some HDF files, which contain dense voxel data. In my<br>
>>>> calculations, I write out the HDF and wrapper XDMF data to store<br>
>>>> timestep and other metadata.<br>
>>>><br>
>>>> This all works fine, until I want to have 2 different voxel sizes at 2<br>
>>>> different timesteps (different number of voxels in each dimension).<br>
>>>><br>
>>>> When loading up the data as a series of time-steps, everything works<br>
>>>> until I reach the first set of data from the new size. When loading the<br>
>>>> data, the values in the voxels seem to become invalid, and the bounding<br>
>>>> box around the data starts moving in the direction of (1,1,1).<br>
>>>><br>
>>>> I can load each timestep individually correctly, it is just when I try<br>
>>>> to load the entire timeseries that it fails.<br>
>>>><br>
>>>> Does anyone know a solution for this? I have raw voxel grids in the<br>
>>>> program that generates the data, so I need to wrap them in something to<br>
>>>> provide a timestep. I'd rather avoid having to interface with VTK, as<br>
>>>> the code I am working on does not have a VTK dependency - I'm just<br>
>>>> post-processing with paraview.<br>
>>>><br>
>>>> I'm opening the series via:<br>
>>>> File->Open, then select the tree item data-..xmdf<br>
>>>><br>
>>>> each file is written as:<br>
>>>><br>
>>>> data-1.hdf.xmdf<br>
>>>> data-2.hdf.xmdf<br>
>>>> ....<br>
>>>><br>
>>>> The XMDF files contain something like this<br>
>>>><br>
>>>> Before problem timestep:<br>
>>>> ==========<br>
>>>> <?xml version="1.0" ?><br>
>>>> <!DOCTYPE Xdmf SYSTEM "Xdmf.dtd" []><br>
>>>> <Xdmf xmlns:xi="<a href="http://www.w3.org/2003/XInclude" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.w3.org/<wbr>2003/XInclude</a>" Version="2.2"><br>
>>>> <Domain><br>
>>>> <Grid Name="Data" GridType="Uniform"><br>
>>>> <Topology TopologyType="3DCORECTMesh" Dimensions="39 39 39"/><br>
>>>> <Geometry GeometryType="ORIGIN_DXDYDZ"><br>
>>>> <DataItem Name="Origin" Dimensions="3" NumberType="Float" Precision="4"<br>
>>>> Format="XML">-1.26667 -1.26667 -1.26667</DataItem><br>
>>>> <DataItem Name="Spacing" Dimensions="3" NumberType="Float" Precision="4"<br>
>>>> Format="XML">0.0666667 0.0666667 0.0666667</DataItem><br>
>>>> </Geometry><br>
>>>> <Attribute Name="second 0" AttributeType="Scalar" Center="Node"><br>
>>>> <DataItem Format="HDF" NumberType="Float" Precision="4" Dimensions="39<br>
>>>> 39 39">data-59.hdf:/voxels</<wbr>DataItem></Attribute><br>
>>>> </Grid><br>
>>>> </Domain><br>
>>>> </Xdmf><br>
>>>> ==========<br>
>>>><br>
>>>> After problem timestep:<br>
>>>> ==========<br>
>>>> <?xml version="1.0" ?><br>
>>>> <!DOCTYPE Xdmf SYSTEM "Xdmf.dtd" []><br>
>>>> <Xdmf xmlns:xi="<a href="http://www.w3.org/2003/XInclude" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.w3.org/<wbr>2003/XInclude</a>" Version="2.2"><br>
>>>> <Domain><br>
>>>> <Grid Name="Data" GridType="Uniform"><br>
>>>> <Topology TopologyType="3DCORECTMesh" Dimensions="31 31 31"/><br>
>>>> <Geometry GeometryType="ORIGIN_DXDYDZ"><br>
>>>> <DataItem Name="Origin" Dimensions="3" NumberType="Float" Precision="4"<br>
>>>> Format="XML">-1 -1 -1</DataItem><br>
>>>> <DataItem Name="Spacing" Dimensions="3" NumberType="Float" Precision="4"<br>
>>>> Format="XML">0.0666667 0.0666667 0.0666667</DataItem><br>
>>>> </Geometry><br>
>>>> <Attribute Name="second 0" AttributeType="Scalar" Center="Node"><br>
>>>> <DataItem Format="HDF" NumberType="Float" Precision="4" Dimensions="31<br>
>>>> 31 31">data-60.hdf:/voxels</<wbr>DataItem></Attribute><br>
>>>> </Grid><br>
>>>> </Domain><br>
>>>> </Xdmf><br>
>>>> ==========<br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>> Thanks!<br>
>>>> ______________________________<wbr>_________________<br>
>>>> Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
>>>><br>
>>>> Visit other Kitware open-source projects at <a href="http://www.kitware.com/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/</a><br>
>>>> opensource/opensource.html<br>
>>>><br>
>>>> Please keep messages on-topic and check the ParaView Wiki at:<br>
>>>> <a href="http://paraview.org/Wiki/ParaView" rel="noreferrer" target="_blank">http://paraview.org/Wiki/<wbr>ParaView</a><br>
>>>><br>
>>>> Search the list archives at: <a href="http://markmail.org/search/?q=ParaView" rel="noreferrer" target="_blank">http://markmail.org/search/?q=<wbr>ParaView</a><br>
>>>><br>
>>>> Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
>>>> <a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/paraview" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/<wbr>mailman/listinfo/paraview</a><br>
>>>><br>
>>><br>
>><br>
>><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div>