<div dir="auto">Put the co-rect-mesh (image data) inside a grid collection (multiblock). <div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Paraview's pipeline doesn't deal well with image data that changes dimensions over time. This is not limited to xdmf. When inside a multiblock, a different pipeline layer takes over and it works out.</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sep 6, 2017 5:09 AM, "D Haley" <<a href="mailto:mycae@gmx.com" target="_blank">mycae@gmx.com</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
Dear Paraview List,<br>
<br>
I'm trying to read some HDF files, which contain dense voxel data. In my<br>
calculations, I write out the HDF and wrapper XDMF data to store<br>
timestep and other metadata.<br>
<br>
This all works fine, until I want to have 2 different voxel sizes at 2<br>
different timesteps (different number of voxels in each dimension).<br>
<br>
When loading up the data as a series of time-steps, everything works<br>
until I reach the first set of data from the new size. When loading the<br>
data, the values in the voxels seem to become invalid, and the bounding<br>
box around the data starts moving in the direction of (1,1,1).<br>
<br>
I can load each timestep individually correctly, it is just when I try<br>
to load the entire timeseries that it fails.<br>
<br>
Does anyone know a solution for this? I have raw voxel grids in the<br>
program that generates the data, so I need to wrap them in something to<br>
provide a timestep. I'd rather avoid having to interface with VTK, as<br>
the code I am working on does not have a VTK dependency - I'm just<br>
post-processing with paraview.<br>
<br>
I'm opening the series via:<br>
File->Open, then select the tree item data-..xmdf<br>
<br>
each file is written as:<br>
<br>
data-1.hdf.xmdf<br>
data-2.hdf.xmdf<br>
....<br>
<br>
The XMDF files contain something like this<br>
<br>
Before problem timestep:<br>
==========<br>
<?xml version="1.0" ?><br>
<!DOCTYPE Xdmf SYSTEM "Xdmf.dtd" []><br>
<Xdmf xmlns:xi="<a href="http://www.w3.org/2003/XInclude" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.w3.org/<wbr>2003/XInclude</a>" Version="2.2"><br>
<Domain><br>
<Grid Name="Data" GridType="Uniform"><br>
<Topology TopologyType="3DCORECTMesh" Dimensions="39 39 39"/><br>
<Geometry GeometryType="ORIGIN_DXDYDZ"><br>
<DataItem Name="Origin" Dimensions="3" NumberType="Float" Precision="4"<br>
Format="XML">-1.26667 -1.26667 -1.26667</DataItem><br>
<DataItem Name="Spacing" Dimensions="3" NumberType="Float" Precision="4"<br>
Format="XML">0.0666667 0.0666667 0.0666667</DataItem><br>
</Geometry><br>
<Attribute Name="second 0" AttributeType="Scalar" Center="Node"><br>
<DataItem Format="HDF" NumberType="Float" Precision="4" Dimensions="39<br>
39 39">data-59.hdf:/voxels</<wbr>DataItem></Attribute><br>
</Grid><br>
</Domain><br>
</Xdmf><br>
==========<br>
<br>
After problem timestep:<br>
==========<br>
<?xml version="1.0" ?><br>
<!DOCTYPE Xdmf SYSTEM "Xdmf.dtd" []><br>
<Xdmf xmlns:xi="<a href="http://www.w3.org/2003/XInclude" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.w3.org/<wbr>2003/XInclude</a>" Version="2.2"><br>
<Domain><br>
<Grid Name="Data" GridType="Uniform"><br>
<Topology TopologyType="3DCORECTMesh" Dimensions="31 31 31"/><br>
<Geometry GeometryType="ORIGIN_DXDYDZ"><br>
<DataItem Name="Origin" Dimensions="3" NumberType="Float" Precision="4"<br>
Format="XML">-1 -1 -1</DataItem><br>
<DataItem Name="Spacing" Dimensions="3" NumberType="Float" Precision="4"<br>
Format="XML">0.0666667 0.0666667 0.0666667</DataItem><br>
</Geometry><br>
<Attribute Name="second 0" AttributeType="Scalar" Center="Node"><br>
<DataItem Format="HDF" NumberType="Float" Precision="4" Dimensions="31<br>
31 31">data-60.hdf:/voxels</<wbr>DataItem></Attribute><br>
</Grid><br>
</Domain><br>
</Xdmf><br>
==========<br>
<br>
<br>
Thanks!<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/<wbr>opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ParaView Wiki at: <a href="http://paraview.org/Wiki/ParaView" rel="noreferrer" target="_blank">http://paraview.org/Wiki/<wbr>ParaView</a><br>
<br>
Search the list archives at: <a href="http://markmail.org/search/?q=ParaView" rel="noreferrer" target="_blank">http://markmail.org/search/?q=<wbr>ParaView</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/paraview" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/<wbr>mailman/listinfo/paraview</a><br>
</blockquote></div></div>