<div dir="ltr">Please reply-all to keep the mailing list on the thread so everyone can contribute to the discussion and benefit from it.<div><br></div><div>To make a multiblock from xdmf, enclose your grid inside of an xdmfgridcollection like so:</div><div><div><Xdmf></div><div>  <Domain Name="Data"></div><div>     <Grid GridType="Collection" CollectionType="Spatial"></div><div>        <Grid ... your existing temporal grid here ><br></div></div><div>     </Grid></div><div>  </Domain></div><div></Xdmf></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>David E DeMarle<br>Kitware, Inc.<br>Principal Engineer<br>21 Corporate Drive<br>Clifton Park, NY 12065-8662<br>Phone: 518-881-4909</div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 6, 2017 at 9:05 AM, D Haley <span dir="ltr"><<a href="mailto:mycae@gmx.com" target="_blank">mycae@gmx.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello,<br>
<br>
Thanks very much for the pointer. I'm looking around for multiblock file<br>
specifications - does such a thing exist, particularly for an XDMF+HDF5<br>
wrapper?<br>
<br>
I've found an example for .vtp [1], but I can't seem to find any<br>
specifications on what constitutes a .vtmb file. Subsequently I'm having<br>
trouble fully understanding what is and is not permitted.<br>
<br>
<br>
Thanks!<br>
<br>
[1] <a href="https://public.kitware.com/pipermail/paraview/2009-April/011847.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://public.kitware.com/<wbr>pipermail/paraview/2009-April/<wbr>011847.html</a><br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On 06/09/17 10:44, David E DeMarle wrote:<br>
> Put the co-rect-mesh (image data) inside a grid collection (multiblock).<br>
><br>
> Paraview's pipeline doesn't deal well with image data that changes<br>
> dimensions over time. This is not limited to xdmf. When inside a<br>
> multiblock, a different pipeline layer takes over and it works out.<br>
><br>
> On Sep 6, 2017 5:09 AM, "D Haley" <<a href="mailto:mycae@gmx.com">mycae@gmx.com</a>> wrote:<br>
><br>
>><br>
>> Dear Paraview List,<br>
>><br>
>> I'm trying to read some HDF files, which contain dense voxel data. In my<br>
>> calculations, I write out the HDF and wrapper XDMF data to store<br>
>> timestep and other metadata.<br>
>><br>
>> This all works fine, until I want to have 2 different voxel sizes at 2<br>
>> different timesteps (different number of voxels in each dimension).<br>
>><br>
>> When loading up the data as a series of time-steps, everything works<br>
>> until I reach the first set of data from the new size. When loading the<br>
>> data, the values in the voxels seem to become invalid, and the bounding<br>
>> box around the data starts moving in the direction of (1,1,1).<br>
>><br>
>> I can load each timestep individually correctly, it is just when I try<br>
>> to load the entire timeseries that it fails.<br>
>><br>
>> Does anyone know a solution for this? I have raw voxel grids in the<br>
>> program that generates the data, so I need to wrap them in something to<br>
>> provide a timestep. I'd rather avoid having to interface with VTK, as<br>
>> the code I am working on does not have a VTK dependency - I'm just<br>
>> post-processing with paraview.<br>
>><br>
>> I'm opening the series via:<br>
>> File->Open, then select the tree item data-..xmdf<br>
>><br>
>> each file is written as:<br>
>><br>
>> data-1.hdf.xmdf<br>
>> data-2.hdf.xmdf<br>
>> ....<br>
>><br>
>> The XMDF files contain something like this<br>
>><br>
>> Before problem timestep:<br>
>> ==========<br>
>> <?xml version="1.0" ?><br>
>> <!DOCTYPE Xdmf SYSTEM "Xdmf.dtd" []><br>
>> <Xdmf xmlns:xi="<a href="http://www.w3.org/2003/XInclude" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.w3.org/<wbr>2003/XInclude</a>" Version="2.2"><br>
>> <Domain><br>
>> <Grid Name="Data" GridType="Uniform"><br>
>> <Topology TopologyType="3DCORECTMesh" Dimensions="39 39 39"/><br>
>> <Geometry GeometryType="ORIGIN_DXDYDZ"><br>
>> <DataItem Name="Origin" Dimensions="3" NumberType="Float" Precision="4"<br>
>> Format="XML">-1.26667 -1.26667 -1.26667</DataItem><br>
>> <DataItem Name="Spacing" Dimensions="3" NumberType="Float" Precision="4"<br>
>> Format="XML">0.0666667 0.0666667 0.0666667</DataItem><br>
>> </Geometry><br>
>> <Attribute Name="second 0" AttributeType="Scalar" Center="Node"><br>
>> <DataItem Format="HDF" NumberType="Float" Precision="4" Dimensions="39<br>
>> 39 39">data-59.hdf:/voxels</<wbr>DataItem></Attribute><br>
>> </Grid><br>
>> </Domain><br>
>> </Xdmf><br>
>> ==========<br>
>><br>
>> After problem timestep:<br>
>> ==========<br>
>> <?xml version="1.0" ?><br>
>> <!DOCTYPE Xdmf SYSTEM "Xdmf.dtd" []><br>
>> <Xdmf xmlns:xi="<a href="http://www.w3.org/2003/XInclude" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.w3.org/<wbr>2003/XInclude</a>" Version="2.2"><br>
>> <Domain><br>
>> <Grid Name="Data" GridType="Uniform"><br>
>> <Topology TopologyType="3DCORECTMesh" Dimensions="31 31 31"/><br>
>> <Geometry GeometryType="ORIGIN_DXDYDZ"><br>
>> <DataItem Name="Origin" Dimensions="3" NumberType="Float" Precision="4"<br>
>> Format="XML">-1 -1 -1</DataItem><br>
>> <DataItem Name="Spacing" Dimensions="3" NumberType="Float" Precision="4"<br>
>> Format="XML">0.0666667 0.0666667 0.0666667</DataItem><br>
>> </Geometry><br>
>> <Attribute Name="second 0" AttributeType="Scalar" Center="Node"><br>
>> <DataItem Format="HDF" NumberType="Float" Precision="4" Dimensions="31<br>
>> 31 31">data-60.hdf:/voxels</<wbr>DataItem></Attribute><br>
>> </Grid><br>
>> </Domain><br>
>> </Xdmf><br>
>> ==========<br>
>><br>
>><br>
>> Thanks!<br>
>> ______________________________<wbr>_________________<br>
>> Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
>><br>
>> Visit other Kitware open-source projects at <a href="http://www.kitware.com/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/</a><br>
>> opensource/opensource.html<br>
>><br>
>> Please keep messages on-topic and check the ParaView Wiki at:<br>
>> <a href="http://paraview.org/Wiki/ParaView" rel="noreferrer" target="_blank">http://paraview.org/Wiki/<wbr>ParaView</a><br>
>><br>
>> Search the list archives at: <a href="http://markmail.org/search/?q=ParaView" rel="noreferrer" target="_blank">http://markmail.org/search/?q=<wbr>ParaView</a><br>
>><br>
>> Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
>> <a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/paraview" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/<wbr>mailman/listinfo/paraview</a><br>
>><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>