<div dir="ltr"><div><div>Cory,<br><br></div>I think that reader is a plugin.  There is a plugin with NIFTI in the name anyway.<br><br></div><div>HTH,<br></div>Shawn<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Nov 14, 2016 at 5:11 PM, Cory Quammen <span dir="ltr"><<a href="mailto:cory.quammen@kitware.com" target="_blank">cory.quammen@kitware.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Are you somehow opening these files in ParaView? I was not able to<br>
either gzipped or not, which is what I expect because ParaView does<br>
not have a Nifti reader to my knowledge.<br>
<br>
In Slicer, which can open these files, the volumes are reported to<br>
occupy the same space with an origin at (102.536, 106.413, 30.149).<br>
<br>
Please provide more details, step-by-step, about how you are viewing<br>
these files in ParaView.<br>
<br>
Thanks,<br>
Cory<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Mon, Nov 14, 2016 at 10:29 AM, padraig <<a href="mailto:padraig.looney@gmail.com">padraig.looney@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Attached are two volumes that have an overlap in paraview but the ITK volume<br>
> I find using the code below means there should be no overlap<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> On 14/11/16 15:09, Cory Quammen wrote:<br>
>><br>
>> MHA and NIFTII definitely contain position information that ParaView<br>
>> should read. Do you have any small-ish representative volumes you can<br>
>> share (privately with me if needed).<br>
>><br>
>> On Mon, Nov 14, 2016 at 10:04 AM, padraig <<a href="mailto:padraig.looney@gmail.com">padraig.looney@gmail.com</a>><br>
>> wrote:<br>
>>><br>
>>> I have used MHA and NIFTII. I have converted the MHA into NIFTII using<br>
>>> both<br>
>>> c3d and ITK.<br>
>>><br>
>>><br>
>>><br>
>>> On 14/11/16 14:59, Cory Quammen wrote:<br>
>>>><br>
>>>> What file format are you using to load the volumes into ParaView? A<br>
>>>> number of formats support volume positioning, so this should be<br>
>>>> possible, unless you are loading a series of TIFF images, for example.<br>
>>>><br>
>>>> Thanks,<br>
>>>> Cory<br>
>>>><br>
>>>> On Mon, Nov 14, 2016 at 5:32 AM, padraig <<a href="mailto:padraig.looney@gmail.com">padraig.looney@gmail.com</a>><br>
>>>> wrote:<br>
>>>>><br>
>>>>> Dear list,<br>
>>>>><br>
>>>>> I have been having problems with the positioning of volumes using<br>
>>>>> Paraview.<br>
>>>>> ITK tells me that, using,<br>
>>>>><br>
>>>>>       IteratorType  it2( img_input,<br>
>>>>> img_input-><wbr>GetLargestPossibleRegion()<br>
>>>>> );<br>
>>>>><br>
>>>>>       it2.GoToBegin();<br>
>>>>>       ImageType::IndexType begin = it2.GetIndex();<br>
>>>>>       img_input-><wbr>TransformIndexToPhysicalPoint(<wbr>it2.GetIndex(),p0);<br>
>>>>>       it2.GoToEnd();<br>
>>>>>       --it2;<br>
>>>>>       img_input-><wbr>TransformIndexToPhysicalPoint(<wbr>it2.GetIndex(),p1);<br>
>>>>>       std::cout << p0 <<  p1 << std::endl;<br>
>>>>><br>
>>>>>    two volumes I have have the positions<br>
>>>>><br>
>>>>><br>
>>>>> [-102.536, -106.413, 30.1491][102.512, 106.414, 177.564]<br>
>>>>><br>
>>>>> and<br>
>>>>><br>
>>>>> [-102.536, -106.413, 30.1491][102.512, 106.414, -117.265]<br>
>>>>><br>
>>>>> When I load these into Paraview they occupy the same volume. In<br>
>>>>> Slicer3D<br>
>>>>> the<br>
>>>>> volumes are distinct as I expect above.<br>
>>>>><br>
>>>>> Thanks<br>
>>>>> Pádraig<br>
>>>>> ______________________________<wbr>_________________<br>
>>>>> Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
>>>>><br>
>>>>> Visit other Kitware open-source projects at<br>
>>>>> <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/<wbr>opensource/opensource.html</a><br>
>>>>><br>
>>>>> Please keep messages on-topic and check the ParaView Wiki at:<br>
>>>>> <a href="http://paraview.org/Wiki/ParaView" rel="noreferrer" target="_blank">http://paraview.org/Wiki/<wbr>ParaView</a><br>
>>>>><br>
>>>>> Search the list archives at: <a href="http://markmail.org/search/?q=ParaView" rel="noreferrer" target="_blank">http://markmail.org/search/?q=<wbr>ParaView</a><br>
>>>>><br>
>>>>> Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
>>>>> <a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/paraview" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/<wbr>mailman/listinfo/paraview</a><br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>><br>
>><br>
>><br>
><br>
<br>
<br>
<br>
</div></div><span class="im HOEnZb">--<br>
Cory Quammen<br>
Staff R&D Engineer<br>
Kitware, Inc.<br>
</span><div class="HOEnZb"><div class="h5">______________________________<wbr>_________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/<wbr>opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ParaView Wiki at: <a href="http://paraview.org/Wiki/ParaView" rel="noreferrer" target="_blank">http://paraview.org/Wiki/<wbr>ParaView</a><br>
<br>
Search the list archives at: <a href="http://markmail.org/search/?q=ParaView" rel="noreferrer" target="_blank">http://markmail.org/search/?q=<wbr>ParaView</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/paraview" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/<wbr>mailman/listinfo/paraview</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>