<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Sun, Sep 27, 2015 at 7:36 PM, Mathew Guilfoyle <span dir="ltr"><<a href="mailto:mrguilfoyle@gmail.com" target="_blank">mrguilfoyle@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Thanks for the reply - the ‘Shade’ setting was the key.  Am I right in inferring this property is not exposed for unstructured grids?</div></blockquote><div><br></div><div>Right, it is only available for image data one. </div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">  If I threshold or clip the image data I can no longer turn ‘Shade’ on.</div></blockquote><div><br></div><div>Because that creates a unstructured grid I believe.  </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><div><br></div><div>Does GPU acceleration work on OS X presently?  </div></div></blockquote><div><br></div><div>GPURayCast volume mapper which uses vtkImageData works on Mac if you use OpenGL2 backend. </div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><div>Whenever I switch to GPU the image disappears; rendering on the CPU takes a long time.  Would this be more likely to work if I compiled the OpenGL2 version?</div></div></blockquote><div><br></div><div>Yes, please see my comment above.</div><div><br></div><div>Thanks, </div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><div><br></div><div>Cheers</div><div><blockquote type="cite"><span class=""><div>On 25 Sep 2015, at 05:05, Aashish Chaudhary <<a href="mailto:aashish.chaudhary@kitware.com" target="_blank">aashish.chaudhary@kitware.com</a>> wrote:</div><br></span><div><br><br style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><div class="gmail_quote" style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><span class="">On Wed, Sep 23, 2015 at 3:34 PM, Mathew Guilfoyle<span> </span><span dir="ltr"><<a href="mailto:mrguilfoyle@gmail.com" target="_blank">mrguilfoyle@gmail.com</a>></span><span> </span>wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Aashish - thanks for the reply<div><br></div><div>I am using the latest OS X binary download (4.4.0) - is this OpenGL2?  When I switch ‘Volume Rendering Mode’ to GPU rendering all images disappear so I presume I’m only able to use CPU rendering.  I am on a 2014 Macbook Pro with Nvidia GT750M.</div></div></blockquote><div><br></div><div>No it would be OpenGL old version VTK. It would be nice if you can try OpenGL2 version although I don't think your problem is related to GL version.  </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><div><br></div><div>I’m using contrast enhanced volumetric CT imaging.  I want to render blood vessels in red; within the scan they appear in approximately the 100-200 Hounsfield unit range. The full range of scalar data is [-1024, 3071]. On this basis I’ve set up the following colour and opacity mappings:</div><div><br></div><div>Colour:</div><div>Value<span style="white-space:pre-wrap">        </span>R-G-B</div><div>-1024<span style="white-space:pre-wrap">       </span>0-0-0</div><div>99<span style="white-space:pre-wrap">          </span>0-0-0</div><div>100<span style="white-space:pre-wrap">         </span>1-0-0</div><div>200<span style="white-space:pre-wrap">         </span>1-0-0</div><div>201<span style="white-space:pre-wrap">         </span>0-0-0</div><div>3071<span style="white-space:pre-wrap">        </span>0-0-0</div><div><br></div><div>Opacity:</div><div>Value<span style="white-space:pre-wrap">       </span>Opacity</div><div>-1024<span style="white-space:pre-wrap">     </span>0</div><div>99<span style="white-space:pre-wrap">              </span>0</div><div>100<span style="white-space:pre-wrap">             </span>1</div><div>200<span style="white-space:pre-wrap">             </span>1</div><div>201<span style="white-space:pre-wrap">             </span>0</div><div>3071<span style="white-space:pre-wrap">    </span>0</div><div><br></div><div>None of the voxels appear to be fully opaque in the rendering.  When I increase the specular from 0 to 1 it has no effect at all on the image.</div><div><br></div></div></blockquote></span><div>Have you enabled the lighting?<span> </span><a href="http://www.vtk.org/doc/nightly/html/classvtkVolumeProperty.html" target="_blank">http://www.vtk.org/doc/nightly/html/classvtkVolumeProperty.html</a>(ShadeOn) on volume property? </div><div><div class="h5"><div><br></div><div>- Aashish</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><div></div><div>Ideally, I would want to emulate something along the lines of this: <a href="http://www.cemuva.com/img/uploads/malformacion-arteriovenosa-cerebral-3d.jpg" target="_blank">http://www.cemuva.com/img/uploads/malformacion-arteriovenosa-cerebral-3d.jpg</a></div><div><br></div><div>Again, cheers for the help</div><span><font color="#888888"><div>Mathew</div></font></span><div><div><div><br><div><blockquote type="cite"><div>On 23 Sep 2015, at 18:24, Aashish Chaudhary <<a href="mailto:aashish.chaudhary@kitware.com" target="_blank">aashish.chaudhary@kitware.com</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr">Matthew, <div><br></div><div>* Can you send us the exact number you are putting in for the transfer function? Make sure that you have values for the entire range of scalar values? </div><div><br></div><div>* Are you using OpenGL2 version? </div><div><br></div><div>- Aashish</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 23, 2015 at 1:18 PM, Mathew Guilfoyle<span> </span><span dir="ltr"><<a href="mailto:mrguilfoyle@gmail.com" target="_blank">mrguilfoyle@gmail.com</a>></span><span> </span>wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Thanks for the suggestions.  After looking into it further the type of visualisation I am after is volume rendering of the data with an opacity transfer function based on the scalar data values.<div><br></div><div>I have set up my volume rendering to have full (i.e =1) opacity through the range of scalar values I’m interested in, reducing to near transparency either side of this.  I also want specular highlighting of the opaque tissues.</div><div><br></div><div>However, despite these settings Paraview does not seem to render any voxels as fully opaque and there is certainly no specular highlighting.  Is this a known limitation?</div><div><br></div><div>Many thanks<br><div><blockquote type="cite"><div>On 21 Sep 2015, at 15:10, David E DeMarle <<a href="mailto:dave.demarle@kitware.com" target="_blank">dave.demarle@kitware.com</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr">Two suggestions:<div>* try contour filter instead of threshold if contour isn't available, apply cell to point first.</div><div>* try the clip filter with the clip type set to scalar.</div><div>hth</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div>David E DeMarle<br>Kitware, Inc.<br>R&D Engineer<br>21 Corporate Drive<br>Clifton Park, NY 12065-8662<br>Phone:<span> </span><a href="tel:518-881-4909" value="+15188814909" target="_blank">518-881-4909</a></div></div><br><div class="gmail_quote">On Mon, Sep 21, 2015 at 9:40 AM, Mathew Guilfoyle<span> </span><span dir="ltr"><<a href="mailto:mrguilfoyle@gmail.com" target="_blank">mrguilfoyle@gmail.com</a>></span><span> </span>wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">I would be grateful for some advice on volume and surface rendering in Paraview.<br><br>I am trying to generate 3D skull models from CT data.  The reason for using Paraview is to take advantage of the detailed fly-through/movie capability.  I can generate an acceptable 3D model that I can interact with in OsiriX and 3D Slicer, both of which I believe use VTK.  However, in Paraview I am struggling to create a 3D model that looks any good.<br><br>When I apply a threshold filter and view as a ‘Surface’ the image is a lot more ‘blocky’ than in the other two applications.  The image is dominated by the artifactual lines due to the original data being acquired as axial slices; whereas in OsiriX and 3D Slicer this gets smoothed out and the ‘genuine’ surface skull features (sutures etc) stand out.<br><br>I realise this is probably question of apply the correct series of filters and that the other two apps do this ‘under the hood’.  However, i have tried to apply Decimation and Smooth to the extracted surface and am not making any headway.<br><br>Any pointers would be very welcome<br><br>M<br>_______________________________________________<br>Powered by<span> </span><a href="http://www.kitware.com/" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br><br>Visit other Kitware open-source projects at<span> </span><a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br><br>Please keep messages on-topic and check the ParaView Wiki at:<span> </span><a href="http://paraview.org/Wiki/ParaView" rel="noreferrer" target="_blank">http://paraview.org/Wiki/ParaView</a><br><br>Search the list archives at:<span> </span><a href="http://markmail.org/search/?q=ParaView" rel="noreferrer" target="_blank">http://markmail.org/search/?q=ParaView</a><br><br>Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br><a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/paraview" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/paraview</a><br></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br></div></div><br>_______________________________________________<br>Powered by<span> </span><a href="http://www.kitware.com/" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br><br>Visit other Kitware open-source projects at<span> </span><a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br><br>Please keep messages on-topic and check the ParaView Wiki at:<span> </span><a href="http://paraview.org/Wiki/ParaView" rel="noreferrer" target="_blank">http://paraview.org/Wiki/ParaView</a><br><br>Search the list archives at:<span> </span><a href="http://markmail.org/search/?q=ParaView" rel="noreferrer" target="_blank">http://markmail.org/search/?q=ParaView</a><br><br>Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br><a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/paraview" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/paraview</a><br><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>--<span> </span><br><div><div dir="ltr"><font face="trebuchet ms, sans-serif"><i>| Aashish Chaudhary<span> </span><br>| Technical Leader         <br>| Kitware Inc.           <span> </span><br></i></font><div><i><font face="trebuchet ms, sans-serif">| </font><a href="http://www.kitware.com/company/team/chaudhary.html" target="_blank">http://www.kitware.com/company/team/chaudhary.html</a></i></div></div></div></div></div></blockquote></div><br></div></div></div></div></blockquote></div></div></div><div><div class="h5"><br style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><br clear="all" style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><div style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><br></div><span style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;float:none;display:inline!important">--<span> </span></span><br style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><div style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><div dir="ltr"><font face="trebuchet ms, sans-serif"><i>| Aashish Chaudhary<span> </span><br>| Technical Leader         <br>| Kitware Inc.           <span> </span><br></i></font><div><i><font face="trebuchet ms, sans-serif">| </font><a href="http://www.kitware.com/company/team/chaudhary.html" target="_blank">http://www.kitware.com/company/team/chaudhary.html</a></i></div></div></div></div></div></div></blockquote></div><br></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><font face="trebuchet ms, sans-serif"><i>| Aashish Chaudhary <br>| Technical Leader         <br>| Kitware Inc.            <br></i></font><div><i><font face="trebuchet ms, sans-serif">| </font><a href="http://www.kitware.com/company/team/chaudhary.html" target="_blank">http://www.kitware.com/company/team/chaudhary.html</a></i></div></div></div>
</div></div>