<div dir="ltr"><div>Hi Alan,<br><br>This is a known problem with C++11 compatibility and the Intel compiler.  Intel's C++ compiler provides the necessary language features for C++ 11 but does not provide any of the standard C++ library headers for it.  Instead it pulls headers from an available g++.  If a new enough g++ is not used for the headers then you end up with a very strange situation of half broken C++11 support with language support but no library support.  To make matters worse, different versions of icpc are (in)compatible with different versions of g++ headers.<br></div><div><br></div><div>You can fix it by changing which g++ icpc is using to get the correct C++11 support using the GCCROOT, GXX_INCLUDE, and GXX_ROOT environment variables.  If none of the variables are specified then it will be pulling C++ headers from your available system compiler, which on EL6 is gcc 4.4 which definitely does not have the necessary C++11 support.  Intel <= 16.0.2 should work correctly with g++ 4.8.x and 4.9.x headers while >= 16.0.3 should work with g++ 4.8.x all the way through 5.x.<br><br>This will also be an issue for anybody else trying to use C++11 and icpc to get complete support.<br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">----------<br>Chuck Atkins<br>Staff R&D Engineer, Scientific Computing<br>Kitware, Inc.<br>(518) 881-1183<br></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 25, 2016 at 7:54 PM, Scott, W Alan <span dir="ltr"><<a href="mailto:wascott@sandia.gov" target="_blank">wascott@sandia.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div link="#0563C1" vlink="#954F72" lang="EN-US">
<div>
<p class="MsoNormal">I am also trying to do Intel superbuilds on a Linux, Intel compiler, as we will have to do for Trinity.  We are failing trying to find libatomic – a gnu library!  That shouldn’t happen, I would figure.  Anyway, here is where I ended up:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">cMakeVars = -DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/projects/viz/paraview/ParaView/5.1.1-sbi-mesa/Linux-chama-x86_64 -DBUILD_TESTING:BOOL=OFF -DCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=Release -DParaView_FROM_GIT:BOOL=OFF -DParaView_FROM_SOURCE_DIR:BOOL=ON -DPARAVIEW_SOURCE_DIR:PATH=/projects/viz/paraview/src/ParaView/5.1.1-sbi/ParaView5
 -DPARAVIEW_ALWAYS_SECURE_CONNECTION:BOOL=ON -DENABLE_paraview:BOOL=ON -DENABLE_ffmpeg:BOOL=ON -DENABLE_python:BOOL=ON -DENABLE_numpy:BOOL=ON -DENABLE_png:BOOL=ON -DENABLE_osmesa:BOOL=ON -DENABLE_cgns:BOOL=ON -DENABLE_silo:BOOL=ON -DENABLE_visitbridge:BOOL=ON
 -DMPI_COMPILER:FILEPATH=/opt/openmpi-1.8-intel//bin/mpicxx -DPARAVIEW_ALWAYS_SECURE_CONNECTION:BOOL=ON -DENABLE_mpi:BOOL=ON -DPARAVIEW_USE_MPI:BOOL=ON -DMPI_INCLUDE_PATH:PATH=/opt/openmpi-1.8-intel//include/
<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- Using git-describe to determine ParaView version<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- Could not use git to determine source version, using version
<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- Using ParaView Version: 5.1.0 (5|1|0|)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- Using system EGL. Pick correct python based on your deployment target<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- Enabling zlib since needed by: boost;cgns;ffmpeg;hdf5;png;python;silo<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- Enabling szip since needed by: hdf5<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- Enabling hdf5 since needed by: cgns;silo<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- Enabling cgns as requested.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- Enabling ffmpeg as requested.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- Enabling mpi as requested.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- Enabling bzip2 since needed by: python<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- Enabling png as requested.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- Enabling python as requested.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- Enabling numpy as requested.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- Enabling llvm since needed by: osmesa<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- Enabling osmesa as requested.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- Enabling boost since needed by: visitbridge<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- Enabling silo as requested.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- Enabling visitbridge as requested.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- Enabling paraview as requested.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- PROJECTS_ENABLED zlib;szip;hdf5;cgns;ffmpeg;mpi;bzip2;png;python;numpy;llvm;osmesa;boost;silo;visitbridge;paraview<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- Configuring done<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- Generating done<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- Build files have been written to: /projects/viz/paraview/ParaView/5.1.1-sbi-mesa/Linux-chama-x86_64/Build<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">[  7%] Built target zlib<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">[ 14%] Built target szip<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">[ 20%] Built target hdf5<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">[ 27%] Built target cgns<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">[ 33%] Built target boost<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">[ 39%] Built target ffmpeg<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">[ 45%] Built target silo<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">[ 51%] Built target visitbridge<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">[ 57%] Built target png<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">[ 63%] Built target bzip2<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">[ 70%] Built target python<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">[ 76%] Built target mpi<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">[ 82%] Built target numpy<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">[ 83%] Performing configure step for 'llvm'<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">CMake Error at cmake/modules/CheckAtomic.cmake:36 (message):<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  Host compiler appears to require libatomic, but cannot find it.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Call Stack (most recent call first):<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  cmake/config-ix.cmake:296 (include)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  CMakeLists.txt:407 (include)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">-- Configuring incomplete, errors occurred!<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">See also "/projects/viz/paraview/ParaView/5.1.1-sbi-mesa/Linux-chama-x86_64/Build/llvm/src/llvm-build/CMakeFiles/CMakeOutput.log".<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">See also "/projects/viz/paraview/ParaView/5.1.1-sbi-mesa/Linux-chama-x86_64/Build/llvm/src/llvm-build/CMakeFiles/CMakeError.log".<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">make[2]: *** [llvm/src/llvm-stamp/llvm-configure] Error 1<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">make[1]: *** [CMakeFiles/llvm.dir/all] Error 2<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Thanks for any help,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Alan<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">--------------------------------------------------------<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">W. Alan Scott<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">ParaView Support Manager<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">SAIC<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Sandia National Laboratories, MS 0822<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Org 9326 - Building 880 A1-K<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><a href="tel:%28505%29%20284-0932" value="+15052840932" target="_blank">(505) 284-0932</a>   FAX <a href="tel:%28505%29%20284-5619" value="+15052845619" target="_blank">(505) 284-5619</a><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">---------------------------------------------------------<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Search the list archives at: <a href="http://markmail.org/search/?q=Paraview-developers" rel="noreferrer" target="_blank">http://markmail.org/search/?q=Paraview-developers</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/paraview-developers" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/paraview-developers</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>