<div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>When dockerizing my application, I was initially installing cclib using apt-get. But then, <b>import <a href="http://cclib.io">cclib.io</a></b> was failing (although <b>import cclib.parser</b> works fine). Things work fine when I setup cclib from source itself.</div><div>So I want to confirm if <a href="http://cclib.io">cclib.io</a> is not included in the apt-get package. Also, is there any other way I can install complete cclib in docker image without keeping the source code? I believe it is not pip installable currently.</div><div><br></div><div>Regards</div><div>Nitish Garg</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 13, 2017 at 4:59 AM, Nitish Garg <span dir="ltr"><<a href="mailto:nitish.garg.6174@gmail.com" target="_blank">nitish.garg.6174@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi all,</div><div><br></div><div>This mail is in continuation to the discussion over my GSOC proposal for the "Computational Chemistry Web Repository" project.</div><div>(The groundwork for this project can be found at : <a href="https://github.com/nitish6174/cclib-web" target="_blank">https://github.com/nitish6174/<wbr>cclib-web</a>)</div><div><br></div><div>Please note the issue in MOPAC parser as mentioned at bottom of mail.</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span style="font-size:12.8px">The schema looks like a good start. Where are you getting the IUPAC names? If you haven't found an online resource or library that automatically determines them, I don't know how often they'd be used. Out of the hundreds of calculations I've ever run, I never figured out the IUPAC name for any.</span></blockquote><div class="gmail_extra"><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div class="gmail_extra">I am focusing on detecting the InChI (or InChIKey) of the molecule as from that, a lot of information can be found about that molecule (<a href="http://pubchempy.readthedocs.io/en/latest/api.html#pubchempy.get_compounds" target="_blank">Using PubChemPy to get compund from InChI/InChIKey</a>).</div><div class="gmail_extra">As many log files may not contain enough data to generate InChI, we can resort to manual input of InChI or common name for molecule (<a href="http://pubchempy.readthedocs.io/en/latest/api.html#pubchempy.get_compounds" target="_blank">Using PubChemPy to find compund from common name</a>).</div><div class="gmail_extra">The found PubChemPy compund can be used to get IUPAC name and other details. Anyway, won't talk much about IUPAC from now on as its not important. Also, I guess showing molecule specific properties is not that important for this project.<br></div><div class="gmail_extra"><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span style="font-size:12.8px">I think you should assume that any attribute may potentially be different for each log file. For your 'atommasses' example, one could be interested in frequency calculations (IR or Raman) that are part of a study using isotopic shifts (e.g. 1H -> 2H or 16O -> 18O) so there could be two calculations that are essentially identical except for atommasses (and the corresponding changes to the vib* attributes).</span></blockquote><div><br></div><div>Yes, I believe almost all the result fields might differ with each log file. Actually instead of 'atommasses', I should have taken atom numbers as example that if I have 10 log files for H2O, atom numbers should be stored just once and not 10 times. Will fix that.</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span style="font-size:12.8px">We'd appreciate if you could let us know which files are having problems, especially if they are from the cclib or cclib-data repos. Make sure you're using an up-to-date version of cclib, and if so, please create an Issue for cclib.</span></blockquote><div><br></div><div>The ccread() function failed on these 2 files : "MOPAC/h2o-force.out" and "regression/Gaussian/<wbr>Gaussian09/coeffs.log"</div><div>This is because MOPAC parser has a typo `line.split[2]` in line 194. Also, `math` module is missing.</div><div>I had fixed these in my fork and was about to submit a PR but saw that this issue is already opened (#346) but not yet resolved (the referenced PR (#347) on that issue has a Travis build fail). I have made a PR #365 which might fix this issue but if #347 can be corrected, my PR will be redundant.</div><div>I hope the "coeffs.log" was meant for run_regressions test and not to be parsed.</div><div><br></div><div>Regards</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div>Nitish Garg</div><div>GitHub : <a href="https://github.com/nitish6174" target="_blank">https://github.com/nitish6174</a><br></div><div><br></div></font></span></div>
</blockquote></div><br></div></div>