<div dir="ltr">[replying from my gmail account, where I do most of the RDKit work]<div><br></div><div>Dear Ritesh,</div><div><br></div><div>Thanks for expressing an interest! I've CC'ed the openchemistry-developers list (<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/openchemistry-developers">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/openchemistry-developers</a>) on this message because as a first-time GSoC mentor I'm hoping to get a bit of mentoring myself from the community. It's also a good place for these discussions. You will definitely want to subscribe to that mailing list if you haven't already.</div><div><br></div><div>A good way to get started is to gain a bit of familiarity with the RDKit itself and to start by fixing a bug or implementing a small feature and submitting a PR with your change. That let's you start to learn the code base and us (as well as the folks who evaluate the actual applications) get to know you and your coding style a bit. You will want to take a look at the RDKit source and try to maintain a consistent style in terms of the fix and how it is tested. I'm happy to help with that (probably best done using the rdkit-devel mailing list: <a href="https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/rdkit-discuss">https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/rdkit-discuss</a>)</div><div><br></div><div>The open RDKit issues are all in the github tracker where you can take a look, but I'd suggest that this one: <a href="https://github.com/rdkit/rdkit/issues/888">https://github.com/rdkit/rdkit/issues/888</a> is of reasonable scope and shouldn't be overly difficult.</div><div><br></div><div>With respect to the MMTF project itself: We are looking for an reader for MMTF -> RDKit (i.e. the input is MMTF data and the output is an RDKit molecule) and a writer that goes RDKit -> MMTF. The implementation should be in C++ and be inspired by the existing PDB reader/writer. Wrappers to access the functionality from Python and Java/C# will also be needed, again very analogous to the existing PDB reader and writer. As well as the base implementation, we'd expect a solid set of unit tests for the code.</div><div><br></div><div>I hope this helps,</div><div>-greg</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Mar 4, 2017 at 11:56 AM, Greg Landrum <span dir="ltr"><<a href="mailto:greg.landrum@t5informatics.com" target="_blank">greg.landrum@t5informatics.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><br clear="all"><div><div class="gmail-m_-7989543034657139352gmail_signature"><div dir="ltr"><div><br></div></div></div></div><div class="gmail_quote">---------- Forwarded message ----------<br>From: <b class="gmail_sendername">RITESH PRASAD</b> <span dir="ltr"><<a href="mailto:ritesh.prasad289@gmail.com" target="_blank">ritesh.prasad289@gmail.com</a>></span><br>Date: Sat, Mar 4, 2017 at 10:44 AM<br>Subject: GSoc'17 Project: RDKit-MMTF Integration<br>To: <a href="mailto:greg.landrum@t5informatics.com" target="_blank">greg.landrum@t5informatics.com</a><br><br><br><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Sir,</span><div style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px"><b>Introduction:</b></span></div><div style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Myself </span><b style="font-size:12.8px">Ritesh Prasad</b><span style="font-size:12.8px">. I'm a </span><b style="font-size:12.8px">second year student(Computer Science and Engineering) at National Institute of Technology, Jamshedpur, India</b><span style="font-size:12.8px">.</span><br></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><b>Programming background:</b></div><div style="font-size:12.8px"><div style="font-size:12.8px">I prefer programming in <b>C++</b> and <b>python</b>. I'm also quite comfortable with <b>Javascript</b>.</div><div style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px"><b>Projects:</b></span><br></div><div style="font-size:12.8px"><ul><li style="margin-left:15px">I'm currently working on a <b>project to identify gestures from images using deep learning, specifically convolutional neural networks</b>.<br></li><li style="margin-left:15px">I've been a part of a open source project to <b>create a chrome extension to enable cut,copy and paste</b> on the websites where it is disabled.(<a href="https://github.com/ritesh-nitjsr/CopyPaste" target="_blank">https://github.com/r<wbr>itesh-nitjsr/CopyPaste</a>)</li><li style="margin-left:15px">I've developed <b>an online judge for competitive programming using NodeJS, ExpressJS, MongoDB, HTML and CSS</b> (<a href="https://github.com/ritesh-nitjsr/codeknights" target="_blank">https://github.com/ritesh<wbr>-nitjsr/codeknights</a>).</li></ul></div></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">I would like to work on the project proposed by you <b>to implement MMTF reader and writer for RDKit</b>. I did a bit of research on MMTF file format. However I could not get much insights about the project. Please provide some appropriate insights and suggestions so that I can get myself working on it.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Anticipating a quick reply.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Regards,</div><div style="font-size:12.8px">Ritesh Prasad</div></div>
</div><br></div>
</blockquote></div><br></div></div>