<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">I guess each format needs additional code in the UI, but reading the file via ITK is almost the same for non-DICOM formats.</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Oct 22, 2017 at 2:55 PM, Gib Bogle <span dir="ltr"><<a href="mailto:g.bogle@auckland.ac.nz" target="_blank">g.bogle@auckland.ac.nz</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">About ITKsnap, Richard made me aware that although it is not possible to open a TIFF from the GUI (TIFF is not in the list of supported formats shown there), it can be opened from the command line:<br>
> itksnap zzz.tif<br>
which is very odd.<br>
<span class="">______________________________<wbr>__________<br>
From: Matt McCormick <<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com">matt.mccormick@kitware.com</a>><br>
</span>Sent: Monday, 23 October 2017 7:41 a.m.<br>
To: Gib Bogle<br>
Cc: Dženan Zukić; Insight-users<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">Subject: Re: [ITK-users] Big tiff file<br>
<br>
Thanks for the follow-up, Gib.<br>
<br>
On Sat, Oct 21, 2017 at 8:39 PM, Gib Bogle <<a href="mailto:g.bogle@auckland.ac.nz">g.bogle@auckland.ac.nz</a>> wrote:<br>
> I've managed to find the answer to one of my questions, by looking at the file header values.  A TIFF file less than 2GB has these 4 header bytes:<br>
> 49 49 2A 00<br>
> and over 2GB (BigTIFF) has<br>
> 49 49 2B 00<br>
> ITK handles this automatically.<br>
><br>
> I can view the big TIFFs with Fiji (ImageJ), so this is not a bad option for displaying the slices.  What I like about Irfanview is that it's very light-weight.  ImageJ loads the whole file into memory, which can take some time, while Irfanview loads one slice at a time.<br>
><br>
> I am not keen about Slicer - it is a real heavy-weight - and Tomviz is very specialised, designed for viewing tomography data, i.e. images in a tilt series.<br>
> ______________________________<wbr>__________<br>
> From: Matt McCormick <<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com">matt.mccormick@kitware.com</a>><br>
> Sent: Sunday, 22 October 2017 4:48 a.m.<br>
> To: Dženan Zukić<br>
> Cc: Gib Bogle; Insight-users<br>
> Subject: Re: [ITK-users] Big tiff file<br>
><br>
> Hi,<br>
><br>
> Since ITKv4, support for "BigTiff" was added, so ITK can support TIFF<br>
> files larger than 4GB.<br>
><br>
> One possible limitation may be the filesystem -- avoid FAT32 formatted<br>
> filesystem that will run into size limits.<br>
><br>
> The file could be viewed with a number of ITK-supported viewers, e.g.<br>
><br>
> - 3D-Slicer: <a href="https://www.slicer.org/" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.slicer.org/</a><br>
> - ITK-SNAP: <a href="http://www.itksnap.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.itksnap.org/</a><br>
> - Tomviz: <a href="http://www.tomviz.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.tomviz.org/</a><br>
><br>
> HTH,<br>
> Matt<br>
><br>
> On Sat, Oct 21, 2017 at 11:40 AM, Dženan Zukić <<a href="mailto:dzenanz@gmail.com">dzenanz@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> Hi Gib,<br>
>><br>
>> TIFF is limited to 4GiB. Unless you must use TIFF, better switch to<br>
>> MetaImage or NRRD.<br>
>><br>
>> Regards,<br>
>> Dženan<br>
>><br>
>> On Sat, Oct 21, 2017 at 12:08 AM, Gib Bogle <<a href="mailto:g.bogle@auckland.ac.nz">g.bogle@auckland.ac.nz</a>> wrote:<br>
>>><br>
>>> Hi,<br>
>>><br>
>>><br>
>>> I am joining a stack of 2D tiffs into a 3D tiff, and have run into a<br>
>>> problem with big files.  When the uncompressed size of the 3D file is more<br>
>>> than 2GB I get an error when I try to view it with Irfanview.  At first I<br>
>>> thought maybe I needed to upgrade from ITK4.8.0, but after installing and<br>
>>> using ITK4.12.2 I see that I have the same issue.  Irfanview says:<br>
>>><br>
>>> "Invalid or unsupported TIF file"<br>
>>><br>
>>> I now suspect that the problem is not ITK-related, rather it is a<br>
>>> limitation of Irfanview.<br>
>>><br>
>>> I have two questions:<br>
>>><br>
>>><br>
>>> Is there a limit on the allowed size of a tiff file?<br>
>>><br>
>>> Is there another program (preferably free) that can open for viewing tiff<br>
>>> files bigger than 2GB?<br>
>>><br>
>>><br>
>>> It is useful but not essential for me to be able to view these big 3D<br>
>>> files.  I will use ITK functions to process the 3D files, and I'm assuming<br>
>>> that any file that ITK can create it can also read.<br>
>>><br>
>>><br>
>>> Thanks<br>
>>><br>
>>> Gib<br>
>>><br>
>>><br>
>>> The ITK community is transitioning from this mailing list to<br>
>>> <a href="http://discourse.itk.org" rel="noreferrer" target="_blank">discourse.itk.org</a>. Please join us there!<br>
>>> ______________________________<wbr>__<br>
>>> Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
>>><br>
>>> Visit other Kitware open-source projects at<br>
>>> <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/<wbr>opensource/opensource.html</a><br>
>>><br>
>>> Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
>>> <a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/<wbr>products/protraining.php</a><br>
>>><br>
>>> Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
>>> <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_<wbr>FAQ</a><br>
>>><br>
>>> Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
>>> <a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/<wbr>mailman/listinfo/insight-users</a><br>
>>><br>
>><br>
>><br>
>> The ITK community is transitioning from this mailing list to<br>
>> <a href="http://discourse.itk.org" rel="noreferrer" target="_blank">discourse.itk.org</a>. Please join us there!<br>
>> ______________________________<wbr>__<br>
>> Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
>><br>
>> Visit other Kitware open-source projects at<br>
>> <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/<wbr>opensource/opensource.html</a><br>
>><br>
>> Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
>> <a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/<wbr>products/protraining.php</a><br>
>><br>
>> Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
>> <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_<wbr>FAQ</a><br>
>><br>
>> Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
>> <a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/<wbr>mailman/listinfo/insight-users</a><br>
>><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>