<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div>Hi all,<br><br></div>I have 3D images on which I apply a collection of filters slice-by-slice. I discovered the 'SliceBySliceImageFilter'.<br><br></div>The 2D filter contains things such as, after I read the 2D images:<br><br>typedef itk::FlatStructuringElement< Dimension ><br>    StructuringElementType;<br>  StructuringElementType::RadiusType radius;<br>  radius.Fill( radiusValue );<br>  StructuringElementType structuringElement =<br>    StructuringElementType::Annulus(radius, outerRadius, false, false);<br><br>  typedef itk::GrayscaleDilateImageFilter< FloatImageType, ImageType,<br>    StructuringElementType > GrayscaleDilateImageFilterType;<br>  GrayscaleDilateImageFilterType::Pointer dilateFilter =<br>    GrayscaleDilateImageFilterType::New();<br>  dilateFilter->SetInput( reader ->GetOutput() );<br>  dilateFilter->SetKernel( structuringElement );<br>  //dilateOutput = dilateFilter->GetOutput();<br><br>  typedef itk::MinimumImageFilter <ImageType><br>    MinimumImageFilterType;<br>  MinimumImageFilterType::Pointer minimumImageFilter<br>    = MinimumImageFilterType::New ();<br>  minimumImageFilter->SetInput(0, reader->GetOutput());<br>  minimumImageFilter->SetInput(1, dilateFilter->GetOutput());<br>  minimumImageFilter->Update();<br><br><br></div>then I have the output in minimumImageFilter->GetOutput();<br><br></div>However, when I apply SliceBySlice Image filter, my reader is the one of a 3D image, but the minimum filter also uses the reader->GetOutput() which has to be in 2D.<br><br></div>How do approach this problem?<br><br></div>Best,<br></div>Jonas<br></div>