<div dir="ltr">Hello everyone,<div><br></div><div>The past months I have been working on tasks of Segmentation and Registration of 4D ultrasound images so I can eventually do a proper Cardiac Deformation analysis. Unfortunately I am struggling on my own to solve these problems so I still haven't found a proper workflow and this is why I am posting here in case someone has a suggestion or a recommendation.</div><div><br></div><div>For the acquisition of my data, a pig heart was placed inside a water tank with the 4D transducer on the bottom of the tank (the apex of the heart was about 5 cm from the transducer) and with around 50 volumes per second I obtained images of 120x90x80, that after masking I ended up with volumes of 75x70x52 (x,y,z).</div><div><br></div><div>So far, I use Curvature Anisotropic Diffusion using the ITK libraries in order to perform an automatic segmentation using Active Contours (with Matlab). I filtered my data, mostly to assist my 2D segmentation algorithm, which I perform slice by slice on the z axis. I obtain a 3D model using the isosurfaces.</div><div><br></div><div>Then I tried both the Demons registration and the Bsplines registration on the 3D volumes. I tried both on the original (unsegmented) data and two segmented volumes, but I can not say that I am quite satisfied with any of the results.</div><div><br></div><div>So my questions are the following : <br>1) Is it necessary to perform segmentation before the registration since my heart is placed in a water tank, so there are no other organs around?</div><div>2) Should the registration be done on the filtered or the unfiltered data?</div><div>3) I am not satisfied at all with my segmentation algorithm since active contours are quite sensitive to noise and because of the nature of the data I have to use different parameters for every 4-5 slices. Therefore I was thinking to perform an almost manual segmentation on one volume and then use registration for the segmentation of the rest (if that is necessary). So I am now studying and trying to say if something like that is possible (and especially on ITK). If someone knows something about it, I would be happy to hear.</div><div>4) What would be a proper number of grid points for my 75x70x52 images, when using the B-Splines registration?<br><br>I am sorry for the long post but I have been struggling for too long with this problem and I would really appreciate any kind of help. </div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Thanos</div></div>