<div dir="ltr">Another approach: mask before passing the data to the filter, too.<div><br></div><div>Unless the unmasked region is very sparse, skipping the masked region in general will not speed up the computation -- it may even slow it down, depending on the implementation. This is due to CPU memory cache pipelines and the need to treat mask boundaries in a special way.</div><div><br></div><div>HTH,</div><div>Matt</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 1, 2017 at 2:14 PM, Albert Gubern Mérida <span dir="ltr"><<a href="mailto:agubernmerida@gmail.com" target="_blank">agubernmerida@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="auto">Thanks Matt! I was not aware of this filter. However, instead of masking an image after filtering, I would like that the filter itself ignores a specific region (i.e. background) for any calculation. Masking is not enough if I apply large sigmas. I am also interested in making the filter faster by ignoring computations in specified voxels.<div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Best,</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Albert<br><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><br></div></div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On May 1, 2017 17:22, "Matt McCormick" <<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com" target="_blank">matt.mccormick@kitware.com</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Albert,<div><br></div><div>The result could be masked. Here's an example of one approach:</div><div><br></div><div>  <a href="https://itk.org/ITKExamples/src/Filtering/LabelMap/MaskOneImageGivenLabelMap/Documentation.html" target="_blank">https://itk.org/ITKExamples/<wbr>src/Filtering/LabelMap/MaskOne<wbr>ImageGivenLabelMap/Documentati<wbr>on.html</a></div><div><br></div><div>HTH,</div><div>Matt</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 1, 2017 at 8:59 AM, Albert Gubern Mérida <span dir="ltr"><<a href="mailto:agubernmerida@gmail.com" target="_blank">agubernmerida@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi, <div><br></div><div>I want to compute voxel features using Gaussian filters such as LaplacianRecursiveGaussianImag<wbr>eFilter in breast x-ray images. However, I get very strong responses at the skin line due to the large intensity difference between tissue and backgound. I do have the segmentation of the background. Is there anyway to exclude/ignore the background voxels from the computation using a mask or setting a specific intensity value?</div><div><br></div><div>Thanks!</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Albert</div>
</div>
<br>______________________________<wbr>_______<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/opensou<wbr>rce/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/product<wbr>s/protraining.php</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FA<wbr>Q</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mail<wbr>man/listinfo/insight-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>