<div dir="ltr">Hi Matt,<div>Thanks for getting back to me.  I’m still a bit foggy about the relationship between matrix, offset, and translation.  I think I’m going to try and mark my targets within ITK and transform them as you have suggested, outputting a text file to then analyze.  However, I would like to know what is going on “under the hood” so to speak, just in case someone asks me to explain it. If I were to compose a 4x4 transformation matrix using the 3x3 matrix and 3x1 offset, apply it to a point, and then add the 3x1 translation after the fact would that correctly transform the point?  </div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><p>--</p><p>AH<br></p><p><br></p><p>-----------------------------------------------------------------------------------------------</p><p><i>This email and any attachments thereto may contain private, confidential, and privileged materials for the sole use of the intended recipient. Any reviewing, copying, or distribution of this email (or any attachments thereto) by other than the intended recipient is strictly prohibited. If you are not the intended recipient, please contact the sender immediately and permanently destroy this email and any attachments thereto.</i></p></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Mar 22, 2017 at 5:00 PM, Matt McCormick <span dir="ltr"><<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com" target="_blank">matt.mccormick@kitware.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello Andrew,<br>
<br>
To apply the transformation, typically the methods,<br>
<br>
  itk::Image::<wbr>TransformIndexToPhysicalPoint<br>
  itk::Transform::TransformPoint<br>
<br>
would be used.<br>
<br>
<br>
Nonetheless, a matrix representation from VersorRigid3DTransform can<br>
be obtained from its base class methods<br>
itk::<wbr>MatrixOffsetTransformBase::<wbr>GetMatrix and<br>
itk::<wbr>MatrixOffsetTransformBase::<wbr>GetOffset.<br>
<br>
HTH,<br>
Matt<br>
<div><div class="h5"><br>
On Wed, Mar 22, 2017 at 3:15 PM, Andrew Harris <<a href="mailto:aharr8@uwo.ca">aharr8@uwo.ca</a>> wrote:<br>
> Hello,<br>
> I would like to be able to duplicate the applicaiton of a<br>
> VersorRigid3DTransform that incorporates a rotation, translation, and offset<br>
> to points selected to calculate TRE between a fixed and transformed moving<br>
> image.  I’m confused about how the 3x3 matrix, 3x1 transform, and 3x1 offset<br>
> are applied within a ResampleFilter.  If I could get them composed into a<br>
> 4x4 transform matrix I could apply that to the points selected in the moving<br>
> image and calculate the distance between the transformed points and the<br>
> corresponding points in the fixed image.  Any help would be appreciated.<br>
><br>
> --<br>
><br>
> AH<br>
><br>
><br>
> ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>-----<br>
><br>
> This email and any attachments thereto may contain private, confidential,<br>
> and privileged materials for the sole use of the intended recipient. Any<br>
> reviewing, copying, or distribution of this email (or any attachments<br>
> thereto) by other than the intended recipient is strictly prohibited. If you<br>
> are not the intended recipient, please contact the sender immediately and<br>
> permanently destroy this email and any attachments thereto.<br>
><br>
><br>
</div></div>> ______________________________<wbr>_______<br>
> Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
><br>
> Visit other Kitware open-source projects at<br>
> <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/<wbr>opensource/opensource.html</a><br>
><br>
> Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
> <a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/<wbr>products/protraining.php</a><br>
><br>
> Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
> <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_<wbr>FAQ</a><br>
><br>
> Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
> <a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/<wbr>mailman/listinfo/insight-users</a><br>
><br>
</blockquote></div><br></div>