
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>

</head>

<body dir="ltr">

<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:'Times New Roman', Times, serif;" dir="ltr">

<p>Hi Cyril,</p>

<p><br>

</p>

<p>I am using ITK to read and process the NIFTI files and it is working quite good.</p>

<p><br>

</p>

<p>Kind regards,</p>

<p><br>

</p>

<div id="Signature"><font size="3" face="Garamond">Abdelkhalek Bakkari</font>

<div><span style="line-height:14px"><font size="3" face="Garamond">Ph.D candidate in Computer Science</font></span></div>

<div><span style="line-height:20.82666778564453px; background-color:rgb(255,255,255)"><font face="Garamond" size="3">Institute of Applied Computer Science</font></span></div>

<div><span style="line-height:18.399999618530273px"><font face="Garamond" size="3">Lodz University of Technology, Poland</font></span></div>

<div><span style="line-height:18.399999618530273px"><font face="Garamond" size="3"><br>

</font></span></div>

<div><br>

</div>

</div>

<br>

<br>

<div style="color: rgb(0, 0, 0);">

<div>

<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">

<div id="x_divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> Insight-users <insight-users-bounces@itk.org> on behalf of Cyril Mory <cyril.mory@creatis.insa-lyon.fr><br>

<b>Sent:</b> 17 March 2017 16:21<br>

<b>To:</b> insight-users@itk.org<br>

<b>Subject:</b> [ITK-users] Reading nifti files</font>

<div> </div>

</div>

</div>

<font size="2"><span style="font-size:10pt;">

<div class="PlainText">Hi ITK users,<br>

<br>

I have recently started working with nifti files, to collaborate with a <br>

colleague that uses this format. But the itk::ImageFileReader does not <br>

correctly open the nifti files I have (image size, offset and direction <br>

matrix are wrong). I use a recent version of ITK (commit from Feb 6 <br>

18:02:49 2017), but my colleague has his own fork from nifti_reg, which <br>

is several years old.<br>

<br>

Two questions:<br>

- Does someone have experience in manipulating nifti files from ITK, and <br>

if so, is it supposed to work fine ?<br>

- Have there been important modifications in the nifti format in the <br>

last years, which the ITK reader would have followed, and which could <br>

cause the issues I'm seeing when opening old ones ?<br>

<br>

Best regards,<br>

Cyril<br>

_____________________________________<br>

Powered by <a href="http://www.kitware.com" id="LPlnk1081" previewremoved="true">

www.kitware.com</a><br>

<br>

Visit other Kitware open-source projects at<br>

<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" id="LPlnk938737">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>

<br>

Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>

<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php">http://www.kitware.com/products/protraining.php</a><br>

<br>

Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>

<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>

<br>

Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>

<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users</a><br>

</div>

</span></font></div>

</div>

</body>

</html>