<div dir="ltr">Hello Christina,<div><br></div><div><br></div><div>One option may be to call SetDirectionCollapseToStrategy on ExtractImageFilter:</div><div><br></div><div>  <a href="https://itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1ExtractImageFilter.html#a5b3bcfa552d8ad7cf509e32209aadc13">https://itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1ExtractImageFilter.html#a5b3bcfa552d8ad7cf509e32209aadc13</a></div><div><br></div><div>This approach addresses the Image Direction matrix.</div><div><br></div><div><br></div><div>Another option is to use FlipImageFilter:</div><div><br></div><div>  <a href="https://itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1FlipImageFilter.html">https://itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1FlipImageFilter.html</a></div><div><br></div><div>instead of OrientImageFilter.</div><div><br></div><div><br></div><div>Hope this helps,</div><div>Matt</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Mar 3, 2017 at 10:32 AM, Chr. Rossmanith <span dir="ltr"><<a href="mailto:cr@neuro.ma.uni-heidelberg.de" target="_blank">cr@neuro.ma.uni-heidelberg.de</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  

    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <p>Hi,</p>
    <p>I'd like to extract a sagittal slice from a 3d image volume. The
      application should be quite flexible and thus be able to process
      axial, coronal and sagittal image volumes. <br>
    </p>
    <p>This is my mini pipeline: OrientImageFilter ->
      ExtractImageFilter<br>
    </p>
    <p>The problem is that I keep getting the slice rotated 90° and
      flipped. ITK snap renderes the volume correctly with correct
      orientation labels. I've attached the source code and the input
      data volume. Of course I could rotate and flip the slice back, but
      that's not very elegant...</p>
    <p>Any hints what is going wrong here?</p>
    <p>Regards,</p>
    <p>Christina Roßmanith<br>
    </p>
    <p><img src="cid:part1.5EDA5980.29E4620A@neuro.ma.uni-heidelberg.de" alt=""></p>
    <p><img src="cid:part2.97AA846A.207E8AA5@neuro.ma.uni-heidelberg.de" alt=""></p>
  </div>

<br>______________________________<wbr>_______<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/<wbr>opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/<wbr>products/protraining.php</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_<wbr>FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/<wbr>mailman/listinfo/insight-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>