<div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Hello,</font><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#000000">I have used this <a href="https://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/50974-3d-shepp-logan-phantom" target="_blank">MATLAB</a> code to create a stack of images using Shepp-Logan Phantom and saved all these images in dicom format using <font class="m_3583889205035543946gmail-m_-9027579790780061859gmail-"><i>dicomwrite</i></font> function:</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><p class="MsoNormal"><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#0000ff">sizeP = [128 128 128]</font></p><p class="MsoNormal"><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#0000ff">[p,ellipse]=phantom3dAniso(siz<wbr>eP);</font></p><p class="MsoNormal"><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#0000ff">outDir = './SLPData/';</font></p><p class="MsoNormal"><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#0000ff">for i=1:sizeP(3)</font></p><p class="MsoNormal"><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#0000ff">    fname = [outDir sprintf('SLP%06d.dcm', i)];</font></p><p class="MsoNormal"><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#0000ff">    dicomwrite(p(:,:,i), fname)</font></p><font face="arial, helvetica, sans-serif"><font color="#0000ff">end   </font> <br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">So, I have 128 dicom files ('SLP000001.dcm', 'SLP000002.d<wbr>cm', ... , 'SLP000128.dcm' ) in th<font color="#000000">e </font><font color="#000000">'SLPData' folder. </font>Now, I am trying to read these dicom images in Python using SimpleITK:</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#0000ff">pathDicomA = '/SLPData'</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#0000ff">reader = sitk.ImageSeriesReader()</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#0000ff">dicom_namesA = reader.GetGDCMSeriesFileNames(<wbr>pathDicomA)</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#0000ff">reader.SetFileNames(dicom_name<wbr>sA)</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#0000ff">imageA = reader.Execute()</font></div></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">However, when I run the code, it only reads in one of the images instead of the whole series:</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">dicom_namesA => ('.../SLPData/SLP000108.dcm',)</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">imageA.GetSize()  => (128, 128, 1)</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">I am wondering what is causing this issue and how I should resolve it?</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Thanks in advance!</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Best regards,</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Sara </font></div></div>