<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Hi Fabio,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">did you try setting the origin directly on the result image:</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><font face="monospace, monospace">filter->Update();</font></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><font face="monospace, monospace">outImage=filter->GetOutput();</font></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><font face="monospace, monospace">outImage->SetOrigin(new_origin);</font></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><font face="monospace, monospace">writer_output->SetInput(outImage);</font></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Regards,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Dženan</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Sep 20, 2016 at 8:34 AM, D'Isidoro  Fabio <span dir="ltr"><<a href="mailto:fisidoro@ethz.ch" target="_blank">fisidoro@ethz.ch</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
I am currently using the command:<br>
<br>
writer_output.<wbr>UseInputMetaDataDictionaryOff(<wbr>)<br>
<br>
If I don't use it, the image is saved with default origin (0,0) mm and default spacing (1., 1.).<br>
<br>
According to the manual for UseInputMetaDataDictionaryOff(<wbr>), "this flag defines whether the MetaDataDictionary to use will be the one from the input image or the one already set in the ImageIO object." My understanding is that if I set it off, the DICOM slice will be written with current values (and not the input values), which is what I want. But this seems not to happen.<br>
<br>
Relevant parts of my code:<br>
<br>
filter.SetOutputOrigin( new_origin )<br>
writer_output.SetInput(filter.<wbr>GetOutput())<br>
writer_output.<wbr>UseInputMetaDataDictionaryOff(<wbr>)<br>
writer_output.SetImageIO(<wbr>gdcmImageIO)<br>
writer_output.Update()<br>
<br>
Maybe the function UseInputMetaDataDictionaryOff(<wbr>) does not work properly for the itk with Python wrapping?<br>
<br>
Thanks for your answer.<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Fabio.<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
-----Original Message-----<br>
From: Timothee Evain [mailto:<a href="mailto:tevain@telecom-paristech.fr">tevain@telecom-<wbr>paristech.fr</a>]<br>
Sent: Dienstag, 20. September 2016 10:35<br>
To: D'Isidoro Fabio<br>
Cc: <a href="mailto:insight-users@itk.org">insight-users@itk.org</a><br>
Subject: Re: [ITK] [ITK-users] itk Python: origin of DICOM slice does not change<br>
<br>
Hi,<br>
<br>
You refer to the DICOMImageReadWrite example. If you don't change the writing part, I think your problem comes from the fact that you assign the read metadata directly to the output ( -><wbr>UseInputMetaDataDictionaryOff(<wbr>) ) so the original origin will be saved.<br>
<br>
HTH,<br>
<br>
Tim<br>
<br>
----- Mail original -----<br>
De: "D'Isidoro Fabio" <<a href="mailto:fisidoro@ethz.ch">fisidoro@ethz.ch</a>><br>
À: <a href="mailto:insight-users@itk.org">insight-users@itk.org</a><br>
Envoyé: Lundi 19 Septembre 2016 22:09:39<br>
Objet: [ITK] [ITK-users] itk Python: origin of DICOM slice does not change<br>
<br>
<br>
<br>
Hi,<br>
<br>
<br>
<br>
Following the code ResampleImageFilter2.cxx, I am applying an Identity Transform to a single DICOM slice, I change the origin to<br>
<br>
<br>
<br>
output_origin = reader.GetOutput().GetOrigin() + offset<br>
<br>
<br>
<br>
and I write the transformed DICOM slice into a new DICOM slice (following the code DICOMImageReadAndWrite.cxx).<br>
<br>
<br>
<br>
I visualize the written DICOM slice with a viewer (it’s an itk-vtk segmentation software).<br>
<br>
<br>
<br>
The transformed DICOM slice looks as it should. Surprisingly however the viewer shows the original input values as origin. This is confirmed by the fact that if I read with an itk script the written DICOM slice again, and I print the information of the DICOM slice, the origin is still the original one and not the modified one.<br>
<br>
<br>
<br>
How could this be?<br>
<br>
<br>
<br>
Original DICOM slice:<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
Transformed DICOM slice:<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
Thank you for help,<br>
<br>
<br>
<br>
Fabio.<br>
<br>
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