<div dir="ltr"><div><span style="font-size:12.8px">Hello experts,</span><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">I have two MRI scans: Axial and Coronal</div><div style="font-size:12.8px"><div style="font-size:12.8px"># <b>imageA</b> : Axial MRI scan, size : 256x256x56 (256mmx256mmx168mm) ,  spacing: 1,1,3  ( slice gap : 1  =>  <span style="font-size:12.8px">slice thickness : 2</span><span style="font-size:12.8px">)</span></div><div style="font-size:12.8px"># <b>imageC</b> : Coronal MRI scan, size : 256x256x68 <span style="font-size:12.8px">(256mmx256mmx204mm)</span><span style="font-size:12.8px"> ,  spacing: 1,1,3 </span><span style="font-size:12.8px"> </span><span style="font-size:12.8px">( slice gap : 1  =>  </span><span style="font-size:12.8px">slice thickness : 2</span><span style="font-size:12.8px">)</span></div><div style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px"><br></span></div></div><div style="font-size:12.8px">I am trying to view Coronal image from the axial view i.e. resampling Coronal image using the direction of Axial image. Here is my code:</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><div>resample = sitk.ResampleImageFilter()</div><div>resample.SetReferenceImage(imageC)</div><div>resample.SetOutputDirection(imageA.GetDirection())</div><div>resample.SetOutputOrigin(imageA.GetOrigin()) </div><div>imageCA = resample.Execute(imageC)</div><div>sitk.Show(imageCA)</div></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"># Result: imageCA: size : 256x256x68 (256mmx256mmx204mm), spacing: 1,1,3</div><div style="font-size:12.8px"><br>I believe I have missed something because, in my idea, the size of resampled coronal image (imageCA) should be 68x256x256 (<span style="font-size:12.8px">204mmx256mmx256mm) </span><span style="font-size:12.8px">with the spacing </span><span style="font-size:12.8px">[3,1,1]</span><span style="font-size:12.8px">.</span></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">I also tried to set the OutputSpacing to [3,1,1], but the size of the imageCA changes to <span style="font-size:12.8px">256x256x68 (768mmx256mmx68mm).</span></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">I would be thankful if someone could help me in this regard.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Best regards,</div><div style="font-size:12.8px">Sara Gh</div></div>
</div>