<div dir="ltr"><div>Hello <span><span name="Dženan Zukić">Dženan,</span></span></div><div><span><span name="Dženan Zukić"></span></span> </div><div><span><span name="Dženan Zukić">The problem was that my images were in float and the mask I generated was in unsigned char. So in registration process, no overlapping region was found. When I changed my image type and mask type to unsigned short it worked then.</span></span></div><div><span><span name="Dženan Zukić"></span></span> </div><div><span><span name="Dženan Zukić">Best Regards,</span></span></div><div><span><span name="Dženan Zukić">Suneeza</span></span></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 23, 2015 at 3:27 PM, Dženan Zukić <span dir="ltr"><<a href="mailto:dzenanz@gmail.com" target="_blank">dzenanz@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Hi Suneeza,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">maybe you should explain what was the problem, so if someone else comes across this thread it can help him.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Regards</div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 23, 2015 at 6:07 AM, suneeza hanif <span dir="ltr"><<a href="mailto:suneezahanif02@gmail.com" target="_blank">suneezahanif02@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-width:1px;border-left-style:solid"><div dir="ltr"><div>Hello <span name="Dženan Zukić">Dženan,</span></div><div><span name="Dženan Zukić"></span> </div><div><span name="Dženan Zukić">Finally It worked. I am really grateful for your help.</span></div><div><span name="Dženan Zukić"></span> </div><div><span name="Dženan Zukić">Best Regards,</span></div><div><span name="Dženan Zukić">Suneeza</span></div></div><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 23, 2015 at 11:05 AM, suneeza hanif <span dir="ltr"><<a href="mailto:suneezahanif02@gmail.com" target="_blank">suneezahanif02@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-width:1px;border-left-style:solid"><div dir="ltr"><div>Hello <span name="Dženan Zukić">Dženan,</span></div><div><span name="Dženan Zukić"></span> </div><div><span name="Dženan Zukić">I have three images fixed image , mask image and moving image. If I remove mask image and perform registration it works fine. But if add mask image it generates this sort of warning and does not perform registration. So I need to align mask image with moving image or fixed image?</span></div><div><span name="Dženan Zukić"></span> </div><div><span name="Dženan Zukić">Secondly If I run same code with images (.png) provided in the example it works fine. Images I am using are dicom images  and in this case it does not work.</span></div><div><span name="Dženan Zukić"></span> </div><div><span name="Dženan Zukić">Thanks in advance.</span></div><div><span name="Dženan Zukić"></span> </div><div><span name="Dženan Zukić">Best Regards,</span></div><div><span name="Dženan Zukić">Suneeza </span></div></div><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Dec 22, 2015 at 5:40 PM, Dženan Zukić <span dir="ltr"><<a href="mailto:dzenanz@gmail.com" target="_blank">dzenanz@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-width:1px;border-left-style:solid"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><span>On Tue, Dec 22, 2015 at 10:47 AM, suneeza hanif <span dir="ltr"><<a href="mailto:suneezahanif02@gmail.com" target="_blank">suneezahanif02@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-width:1px;border-left-style:solid"><div dir="ltr"><div>Hello <span name="Dženan Zukić">Dženan,</span></div><div><span name="Dženan Zukić"></span> </div><div><span name="Dženan Zukić">Thanks a lot for your help. :)</span></div><div><span name="Dženan Zukić"></span> </div><div><span name="Dženan Zukić">I have one more question. When I applied spatial mask I got this warning and registration was not performed.</span></div><div><span name="Dženan Zukić"></span> </div><div><span name="Dženan Zukić"><em>" WARNING: In ..\....\itkObjectToObjectMetric.hxx, line 529<br>MeanSquaresImageToImageMetricv4 (00FDCC00): No valid points were found during metric evaluation. For image metrics, verify that the images overlap appropriately. For instance, you can align the image centers by translation. For point-set metrics, verify that the fixed points, once transformed into the virtual domain space, actually lie within the virtual domain."</em></span></div></div></blockquote></span><div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;display:inline">​You need to give initial transform which transforms the moving image so there is some overlap.​</div> <div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;display:inline">​Mathematical formulation: l</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;display:inline">​Local optimization methods need a to have a starting point which is inside the domain of the cost function. ​</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;display:inline">​Take a look at <a href="http://www.itk.org/Doxygen46/html/RegistrationITKv4_2ImageRegistration12_8cxx-example.html" target="_blank">this example</a>, ​which is also included with ITK's source code.</div></div><span><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-width:1px;border-left-style:solid"><div dir="ltr"><div><span name="Dženan Zukić"></span> </div><div><span name="Dženan Zukić">For spatial mask is it necessary that both mask and image have same number of bits?</span></div></div></blockquote></span><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">​It is not necessary.​</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-width:1px;border-left-style:solid"><div dir="ltr"><div><span name="Dženan Zukić"></span> </div><div><span name="Dženan Zukić">Regards,</span></div><div><span name="Dženan Zukić">Suneeza</span></div><div><span name="Dženan Zukić"></span> </div></div>
</blockquote></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">​HTH​</div><br></div></div>
</blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>