<div dir="ltr"><div style="font-size:12.8000001907349px">Hi,</div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><span style="font-size:12.8000001907349px">I use Linux Mint 64bits, GCC 4.8, Cmake 2.8. I'm compiling to this platform. </span><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">Thank you!</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Sep 21, 2015 at 11:55 AM, Bradley Lowekamp <span dir="ltr"><<a href="mailto:blowekamp@mail.nih.gov" target="_blank">blowekamp@mail.nih.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello Maryana,<br>
<br>
What compiler, platform and architecture are you compiling for?<br>
<br>
Brad<br>
<div><div class="h5"><br>
On Sep 21, 2015, at 2:54 PM, Maryana <<a href="mailto:nexnaru@gmail.com">nexnaru@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
><br>
> Hi ITK Users/Devs,<br>
><br>
> I'm new to ITK and I need to write a small program to convert Nifti images to MetaIO. However, I need to use the streamed reader/writer because my image volumes can have several gigabytes. I was doing some tests with the following code but I've realized that whenever I use the stream I end up with a truncated volume. I'm using ITK 4.8. I'm sure my volume is of unsigned char type. Also, when I comment out the  writer->SetNumberOfStreamDivisions(20);  line I works fine. Does anyone knows what is wrong?<br>
><br>
> Thank you!<br>
><br>
> #include <cstdlib><br>
> #include <string><br>
> #include <iostream><br>
><br>
> #include "itkImage.h"<br>
> #include "itkImageFileReader.h"<br>
> #include "itkImageFileWriter.h"<br>
> #include "itkImageRegionIterator.h"<br>
> #include "itkNiftiImageIO.h"<br>
> #include "itkMetaImageIO.h"<br>
><br>
><br>
> int main(int argc, char const *argv[]){<br>
><br>
>   std::string fileIn = "brain_8bit.nii";<br>
>   std::string fileOut = "mri2_stream.mha";<br>
><br>
>   typedef itk::Image<unsigned char,3> Image3D;<br>
><br>
>  //Reader<br>
>   typedef itk::ImageFileReader<Image3D> ReaderType;<br>
>   ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();<br>
>   reader->SetFileName(fileIn);<br>
><br>
>  //Writer<br>
>   typedef itk::ImageFileWriter<Image3D> WriterType;<br>
>   WriterType::Pointer writer = WriterType::New();<br>
>   writer->SetFileName(fileOut);<br>
>   writer->SetNumberOfStreamDivisions(20);<br>
>   writer->SetInput(reader->GetOutput());<br>
><br>
><br>
>   std::cout << "Input: " << fileIn << std::endl;<br>
>   std::cout << "Output: " << fileOut << std::endl;<br>
><br>
>   std::cout << "Writing..." << std::endl;<br>
>   try<br>
>     {<br>
>       writer->Update();<br>
>     }<br>
>   catch( itk::ExceptionObject & err )<br>
>     {<br>
>       std::cerr << "ExceptionObject caught !" << std::endl;<br>
>       std::cerr << err << std::endl;<br>
>       return EXIT_FAILURE;<br>
>     }<br>
>   std::cout << "Finished." << std::endl;<br>
><br>
><br>
>   return EXIT_SUCCESS;<br>
> }<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> "Tudo no mundo começou com um sim. Uma molécula disse sim a outra molécula e nasceu a vida" - Clarice Lispector<br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
><br>
> Visit other Kitware open-source projects at<br>
> <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
><br>
> Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
> <a href="http://kitware.com/products/protraining.php" rel="noreferrer" target="_blank">http://kitware.com/products/protraining.php</a><br>
><br>
> Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
> <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
><br>
> Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
> <a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-developers" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-developers</a><br>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">"Tudo no mundo começou com um sim. Uma molécula disse sim a outra molécula e nasceu a vida" - Clarice Lispector</div>
</div>