<div dir="ltr"><div>If I understood correctly, you have uniform greyscale blobs whose value matters and you want to extract one slice from each blob to do something with them, right?<br><br></div><div>It wasn't clear to me wether each blob had an uniform greyscale value or if instead you have 'islands' on the image with various greyscale data in them. <br></div><div><br></div><div>In the first case, I don't know if there's a way to run connectedComponentsFilter so that it doesn't change the objects labels.<br><br></div><div>From the top of my head:<br><br>In the first case, you could threshold the image to the greyscale value to get the blob you want.<br><br></div><div>In the second case, you could binarize the image, run connected components, select the one you want and then use the maskImageFilter on the original volume to isolate one object. Then use ExtractimageFilter to extract a 2d slice of the isolated blob and do the operations you want. If you want to assemble it back, use the RegionOfInterest instead, I guess.<br><br></div><div>From the top of my head, probably not the best,<br></div><div>Pol<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-04-18 20:43 GMT+02:00  <span dir="ltr"><<a href="mailto:cervellone@gmail.com" target="_blank">cervellone@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Thanks for the reply<div><br></div><div>I am handling 3d voxel data.  Starting from gray levels I want to run a connected components but  keep the gray level data and iterate over the label map,</div><div>The property I am interested in is not in the shape label map, nor in the statistics label map. </div><div><br></div><div>I would like to compute the threshold for every 2d slice of the 3d label object separately. For this I would need to extract the pixels of the label object and use the extract slice image filter on it. Any idea how this can be done ? </div><div><br></div><div><br></div><div>Thanks jp<div><div class="h5"><br><br>On Friday, April 17, 2015, Pol Monsó Purtí <<a href="mailto:lluna.nova@gmail.com" target="_blank">lluna.nova@gmail.com</a>> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div>Hello jp,<br><br>How do you distinguish which objects are you interested in and what operations do you want to perform?<br><br></div>Maybe this example is helpful to you: <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK/Examples/ImageProcessing/BinaryImageToShapeLabelMapFilter" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK/Examples/ImageProcessing/BinaryImageToShapeLabelMapFilter</a><br><br></div>HTH,<br><br></div>Pol<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-04-17 20:08 GMT+02:00 jp <span dir="ltr"><<a>cervellone@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear all,<br>
I would like to iterate over the label object and perform pixel operations<br>
of a subset of a label object.<br>
Currently fail to see how i can set up the label manipulation tools of itk<br>
to achieve this<br>
<br>
Thank you<br>
<br>
jp<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
View this message in context: <a href="http://itk-users.7.n7.nabble.com/Pixel-operations-on-subsets-of-label-objects-tp35543.html" target="_blank">http://itk-users.7.n7.nabble.com/Pixel-operations-on-subsets-of-label-objects-tp35543.html</a><br>
Sent from the ITK - Users mailing list archive at Nabble.com.<br>
_____________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.php</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
</blockquote></div><br></div>
</blockquote></div></div></div>
</blockquote></div><br></div>