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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Hi all,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I am using ITK for segmentation from 3D MR Images data.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Initially applying ChanandVeseFilter on 2D images I could segment successfully but 3D data generates a problem.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">I am using the same code provided in the example: “Single Phase Chan and Vese” the only difference is I am loading fast marching output instead of generating here.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I am unable to catch any exceptions here, but while debugging my code, first chance exception is thrown at:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoListParagraph" style="text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo1"><![if !supportLists]><span style="mso-list:Ignore">1.<span style="font:7.0pt "Times New Roman"">      
</span></span><![endif]>Inside levelSetFilter->Update();<o:p></o:p></p>
<p class="MsoListParagraph" style="text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo1"><![if !supportLists]><span style="mso-list:Ignore">2.<span style="font:7.0pt "Times New Roman"">      
</span></span><![endif]>In ImportImageContainer.hxx<o:p></o:p></p>
<p class="MsoListParagraph" style="text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo1"><![if !supportLists]><span style="mso-list:Ignore">3.<span style="font:7.0pt "Times New Roman"">      
</span></span><![endif]>Line 181, data = new TElement[size];<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Below is my code.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">                <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                typedef itk::ImageFileReader< MainType > ReaderType;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                reader->SetFileName("E:\\Intermediate Results\\Sample001_MRI.mhd");<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                try<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                reader->Update();<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                }<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                catch (itk::ExceptionObject & excep)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                std::cerr << "Exception caught in read !" << std::endl;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                std::cerr << excep << std::endl;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                return -1;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                }<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                typedef itk::CastImageFilter<MainType, InternalImageType> FloatConversionFilter;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                FloatConversionFilter::Pointer ImgTypeConverter = FloatConversionFilter::New();<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                ImgTypeConverter->SetInput(reader->GetOutput());<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                ImgTypeConverter->Update();<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">                typedef itk::ImageFileWriter< InternalImageType > WriterType;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                WriterType::Pointer writer = WriterType::New();<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                writer->SetFileName("E:\\Intermediate Results\\Out.mhd");<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">                typedef itk::ImageFileReader< InternalImageType > ReaderType1;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                ReaderType1::Pointer reader1 = ReaderType1::New();<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                reader1->SetFileName("E:\\Intermediate Results\\FastMarching.mhd");<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                reader1->Update();<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                InternalImageType::Pointer Image = InternalImageType::New();<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                Image = ImgTypeConverter->GetOutput();<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                Image->Print(std::cout);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">                typedef itk::ChangeInformationImageFilter<InternalImageType> ChangeFilter;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                ChangeFilter::Pointer change = ChangeFilter::New();<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                change->ChangeAll();<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                change->UseReferenceImageOn();<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                change->SetReferenceImage(Image);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                change->SetInput(reader1->GetOutput());<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                try<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                change->Update();<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                }<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                catch (itk::ExceptionObject & excep)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                std::cerr << "Exception caught in change !" << std::endl;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                std::cerr << excep << std::endl;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                return -1;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                }<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">                Image = change->GetOutput();<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                Image->Print(std::cout);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">                <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                unsigned int nb_iteration = 1;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                double rms = 0.;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                double epsilon = 2.;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                double curvature_weight = 0.;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                double area_weight = 0.;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                double reinitialization_weight = 0.;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                double volume_weight = 0.5;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                double volume = 0.5;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                double l1 = 1.;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                double l2 = 1.;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                double overlap_weight = 100.0;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  We now define the image type using a particular pixel type and<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  dimension. In this case the \code{float} type is used for the pixels<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  due to the requirements of the smoothing filter.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                const unsigned int Dimension = 3;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                typedef float ScalarPixelType;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                typedef itk::Image< ScalarPixelType, Dimension > InternalImageType;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                typedef itk::Image< unsigned short, Dimension > MainType;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">                typedef itk::ScalarChanAndVeseLevelSetFunctionData< InternalImageType,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                InternalImageType > DataHelperType;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">                typedef itk::ConstrainedRegionBasedLevelSetFunctionSharedData<<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                InternalImageType, InternalImageType, DataHelperType > SharedDataHelperType;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">                typedef itk::ScalarChanAndVeseLevelSetFunction< InternalImageType,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                InternalImageType, SharedDataHelperType > LevelSetFunctionType;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  We declare now the type of the numerically discretized Step and Delta functions that<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  will be used in the level-set computations for foreground and background regions<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                typedef itk::AtanRegularizedHeavisideStepFunction< ScalarPixelType,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                ScalarPixelType >  DomainFunctionType;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">                DomainFunctionType::Pointer domainFunction = DomainFunctionType::New();<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                domainFunction->SetEpsilon(epsilon);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">                <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">                typedef itk::ScalarChanAndVeseSparseLevelSetImageFilter< InternalImageType,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                InternalImageType, InternalImageType, LevelSetFunctionType,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                SharedDataHelperType > MultiLevelSetType;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">                MultiLevelSetType::Pointer levelSetFilter = MultiLevelSetType::New();<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  We set the function count to 1 since a single level-set is being evolved.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                levelSetFilter->SetFunctionCount(1);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  Set the feature image and initial level-set image as output of the<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  fast marching image filter.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                levelSetFilter->SetFeatureImage(ImgTypeConverter->GetOutput());<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                levelSetFilter->SetLevelSet(0, change->GetOutput());<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //levelSetFilter->SetLevelSet(1, fastMarching1->GetOutput());<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  Once activiated the level set evolution will stop if the convergence<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  criteria or if the maximum number of iterations is reached.  The<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  convergence criteria is defined in terms of the root mean squared (RMS)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  change in the level set function. The evolution is said to have<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  converged if the RMS change is below a user specified threshold.  In a<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  real application is desirable to couple the evolution of the zero set<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  to a visualization module allowing the user to follow the evolution of<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  the zero set. With this feedback, the user may decide when to stop the<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  algorithm before the zero set leaks through the regions of low gradient<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  in the contour of the anatomical structure to be segmented.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                levelSetFilter->SetNumberOfIterations(nb_iteration);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                levelSetFilter->SetMaximumRMSError(rms);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  Often, in real applications, images have different pixel resolutions. In such<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  cases, it is best to use the native spacings to compute derivatives etc rather<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  than sampling the images.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //levelSetFilter->SetUseImageSpacing(1);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  For large images, we may want to compute the level-set over the initial supplied<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  level-set image. This saves a lot of memory.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                levelSetFilter->SetInPlace(false);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  For the level set with phase 0, set different parameters and weights. This may<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //  to be set in a loop for the case of multiple level-sets evolving simultaneously.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                //<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">                for (unsigned int i = 0; i < 1; i++)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                levelSetFilter->GetDifferenceFunction(i)->SetDomainFunction(domainFunction);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                levelSetFilter->GetDifferenceFunction(i)->SetCurvatureWeight(curvature_weight);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                levelSetFilter->GetDifferenceFunction(i)->SetAreaWeight(area_weight);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                //levelSetFilter->GetDifferenceFunction(i)->SetOverlapPenaltyWeight(overlap_weight);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                levelSetFilter->GetDifferenceFunction(i)->SetVolumeMatchingWeight(volume_weight);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                levelSetFilter->GetDifferenceFunction(i)->SetVolume(volume);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                levelSetFilter->GetDifferenceFunction(i)->SetLambda1(l1);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                levelSetFilter->GetDifferenceFunction(i)->SetLambda2(l2);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                }<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                try<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                levelSetFilter->Update();<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                }<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                catch (itk::ExceptionObject & excep)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                std::cerr << "Exception caught !" << std::endl;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                std::cerr << excep << std::endl;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                return -1;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                }<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                catch (...)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                std::cerr << "Exception Caught!!!!!" << std::endl;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                                return -1;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                }<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                Image = levelSetFilter->GetOutput();<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                Image->Print(std::cout);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                writer->SetInput(levelSetFilter->GetOutput());<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                writer->Update();<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">                return EXIT_SUCCESS;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">}<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Also I would like to know what difference it makes when I use 3D data for fast marching. By looking at the distance map it doesn’t look like a shere centered at the given seed point in 3D.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">And what data should ideally be passed to ChanVese from FastMarching for 3D dataset.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Pls help!<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Param<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
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