<div dir="ltr"><div><div><div>Hi Matt,<br></div>Thanks a lot for your answers. I'll try this afternoon what you suggest regarding the shape filter, but what do you think about my results as for the texture filter?<br></div>Regards.<br></div>/Francisco<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-01-15 2:30 GMT+01:00 Matt McCormick <span dir="ltr"><<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com" target="_blank">matt.mccormick@kitware.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Francisco,<br>
<br>
Great to hear about the progress!<br>
<br>
The itk::BinaryImageToShapeLabelMapFilter  requires a binary input,<br>
which should have an integer pixel type, like unsigned char or<br>
unsigned short.  It is important to set the BackgroundValue and<br>
ForegroundValue [1] to get this filter to work correctly.<br>
<br>
HTH,<br>
Matt<br>
<br>
[1] <a href="http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1BinaryImageToShapeLabelMapFilter.html" target="_blank">http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1BinaryImageToShapeLabelMapFilter.html</a><br>
<br>
On Wed, Jan 14, 2015 at 5:05 PM, Francisco Lopez de la Franca<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><<a href="mailto:franciscolopezdelafranca@gmail.com">franciscolopezdelafranca@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hi again.<br>
> I fixed all the errors and got my library, now ready to be tested.<br>
> It contains an encapsulation, on the one hand, of the class<br>
> itkBinaryImageToShapeLabelMapFilter in order to get image shape descriptors<br>
> of a 3D binary image, and on the other hand, the same for the class<br>
> itkScalarImageToTextureFeaturesFilter to get image texture features of a 3D<br>
> scalar image.<br>
><br>
> I pass as input image to both classes a binary 3D Nifti image (150x150x150)<br>
> containing a cylinder where the inside voxels are 255 and the outside voxels<br>
> are 0.<br>
><br>
> As for the shape issue, it's very strange to me that the call to<br>
> GetNumberOfLabelObjects on a itk::LabelMap object returns a value of 0. The<br>
> main code is as follows:<br>
><br>
> binaryImageToShapeLabelMapFilter->SetInput(_input);<br>
> binaryImageToShapeLabelMapFilter->ComputePerimeterOn();<br>
> binaryImageToShapeLabelMapFilter->Update();<br>
><br>
> LabelMapType::Pointer labelMap =<br>
> binaryImageToShapeLabelMapFilter->GetOutput();<br>
><br>
> int nrOfLabelObjects = labelMap->GetNumberOfLabelObjects();<br>
><br>
><br>
> And, as for the texture features, the result of the filter does not seem to<br>
> be very logic:<br>
><br>
> Energy = 1<br>
> Entropy = 0<br>
> Correlation = 1<br>
> Local Homogeneity = 0<br>
> Inertia = 0<br>
> Cluster Shade = 0<br>
> Cluster Prominence = 0<br>
><br>
> I've also tested this with a scalar 3D Nifti image and the results are the<br>
> same.<br>
><br>
> And the question is: What kind of image do I have to pass to the filters so<br>
> that the code would return a more logic expected answer?<br>
><br>
> Thank you very much in advance.<br>
> My best regars.<br>
> /Francisco<br>
><br>
> 2015-01-10 22:38 GMT+01:00 Matt McCormick <<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com">matt.mccormick@kitware.com</a>>:<br>
>><br>
>> Hi Francisco,<br>
>><br>
>> Nice to hear about the progress!<br>
>><br>
>> You will need to link your library to the ITK libraries:<br>
>><br>
>>   target_link_libraries( mylibrary ${ITK_LIBRARIES} )<br>
>><br>
>> HTH,<br>
>> Matt<br>
>><br>
>> On Sat, Jan 10, 2015 at 4:16 PM, Francisco Lopez de la Franca<br>
>> <<a href="mailto:franciscolopezdelafranca@gmail.com">franciscolopezdelafranca@gmail.com</a>> wrote:<br>
>>><br>
>>> Thanks to your previous answer the problem was solved, but another one<br>
>>> has come out. It occurs when linking to create the library. It gives an<br>
>>> undefined reference to itk::ExceptionObject::ExceptionObject... as you can<br>
>>> see below.<br>
>>> What it is strange to me is that before including explicit template<br>
>>> instantiation, I created the library without errors, and now that I include<br>
>>> that, I get this error.<br>
>>> I'll appreciate very much any help.<br>
>>><br>
>>> Linking CXX shared library libTFM_Features.dll<br>
>>><br>
>>> CMakeFiles\TFM_Features.dir/objects.a(TFM_Features.cpp.obj):TFM_Features.cpp:(.t<br>
>>><br>
>>> ext$_ZN3itk21MemoryAllocationErrorC1ERKSsjS2_S2_[_ZN3itk21MemoryAllocationErrorC<br>
>>> 1ERKSsjS2_S2_]+0x35): undefined reference to<br>
>>> `itk::ExceptionObject::ExceptionObj<br>
>>> ect(std::string const&, unsigned int, std::string const&, std::string<br>
>>> const&)'<br>
>>><br>
>>> CMakeFiles\TFM_Features.dir/objects.a(TFM_Features.cpp.obj):TFM_Features.cpp:(.t<br>
>>><br>
>>> ext$_ZN3itk21MemoryAllocationErrorC1ERKSsjS2_S2_[_ZN3itk21MemoryAllocationErrorC<br>
>>> 1ERKSsjS2_S2_]+0x40): undefined reference to `vtable for<br>
>>> itk::MemoryAllocationEr<br>
>>> ror'<br>
>>><br>
>>> C:/CV/mingw64/bin/../lib/gcc/x86_64-w64-mingw32/4.8.2/../../../../x86_64-w64-min<br>
>>> gw32/bin/ld.exe:<br>
>>> CMakeFiles\TFM_Features.dir/objects.a(TFM_Features.cpp.obj): ba<br>
>>> d reloc address 0x40 in section<br>
>>> `.text$_ZN3itk21MemoryAllocationErrorC1ERKSsjS2_<br>
>>> S2_[_ZN3itk21MemoryAllocationErrorC1ERKSsjS2_S2_]'<br>
>>> collect2.exe: error: ld returned 1 exit status<br>
>>> SRC\CMakeFiles\TFM_Features.dir\build.make:219: recipe for target<br>
>>> 'SRC/libTFM_Fe<br>
>>> atures.dll' failed<br>
>>> mingw32-make[2]: *** [SRC/libTFM_Features.dll] Error 1<br>
>>> CMakeFiles\Makefile2:77: recipe for target<br>
>>> 'SRC/CMakeFiles/TFM_Features.dir/all'<br>
>>>  failed<br>
>>> mingw32-make[1]: *** [SRC/CMakeFiles/TFM_Features.dir/all] Error 2<br>
>>> Makefile:74: recipe for target 'all' failed<br>
>>> mingw32-make: *** [all] Error 2<br>
>>><br>
>>><br>
>>> 2015-01-09 21:02 GMT+01:00 Matt McCormick <<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com">matt.mccormick@kitware.com</a>>:<br>
>>>><br>
>>>> Hi Francisco,<br>
>>>><br>
>>>> In order for the templates to be available in the library, they must<br>
>>>> be explicitly instantiated [1].<br>
>>>><br>
>>>> HTH,<br>
>>>> Matt<br>
>>>><br>
>>>> [1] <a href="http://www.cplusplus.com/articles/1C75fSEw/" target="_blank">http://www.cplusplus.com/articles/1C75fSEw/</a><br>
>>>><br>
>>>> On Fri, Jan 9, 2015 at 2:59 PM, Francisco Lopez de la Franca<br>
>>>> <<a href="mailto:franciscolopezdelafranca@gmail.com">franciscolopezdelafranca@gmail.com</a>> wrote:<br>
>>>> > Hi.<br>
>>>> > I' like to create a library containing, for example, one template<br>
>>>> > class with<br>
>>>> > a number of methods.<br>
>>>> > I've programmed a simple example and the compilation and generation of<br>
>>>> > the<br>
>>>> > library goes fine. I use the cmake "add_library" command for<br>
>>>> > generating the<br>
>>>> > library.<br>
>>>> ><br>
>>>> > The problem arises at the moment of testing the library. I get an<br>
>>>> > undefined<br>
>>>> > reference for every method in the template class.<br>
>>>> ><br>
>>>> > I've downloaded a tool to look in the contents (functions) of dynamic<br>
>>>> > libraries, and there is no function in the library. If I add another<br>
>>>> > class<br>
>>>> > (not a template class), then, this tool shows me only the functions in<br>
>>>> > this<br>
>>>> > latter class.<br>
>>>> ><br>
>>>> > Has anyone ever come across with this problem?<br>
>>>> ><br>
>>>> > Thanks a lot in advance.<br>
>>>> > Regards<br>
>>>> > /Francisco<br>
>>>> ><br>
>>>> > _____________________________________<br>
>>>> > Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
>>>> ><br>
>>>> > Visit other Kitware open-source projects at<br>
>>>> > <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
>>>> ><br>
>>>> > Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
>>>> > <a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.php</a><br>
>>>> ><br>
>>>> > Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
>>>> > <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
>>>> ><br>
>>>> > Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
>>>> > <a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
>>>> ><br>
>>><br>
>>><br>
>><br>
><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>