<div dir="ltr">Hi,<div>I signed up for the ITK community on midas.<div><br></div></div><div>Thanks,</div><div>Fotis Drakopoulos</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 25, 2014 at 10:44 PM, Matt McCormick <span dir="ltr"><<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com" target="_blank">matt.mccormick@kitware.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Fotis,<br>
<br>
Thanks for helping to improve large nifti file support.<br>
<br>
The file can be uploaded on <a href="http://midas3.kitware.com" target="_blank">midas3.kitware.com</a>.  Sign up for the ITK<br>
community [1], let the list know the name of your account, and myself<br>
or one of the other administrators will add upload priviledges to the<br>
account.<br>
<br>
The file could then be added to ITK/Public/ITK/Modules/IO/NIFTI/test/Input.<br>
<br>
Thanks,<br>
Matt<br>
<br>
[1] <a href="http://midas3.kitware.com/midas/community/12" target="_blank">http://midas3.kitware.com/midas/community/12</a><br>
<div><div class="h5"><br>
On Tue, Nov 25, 2014 at 3:14 PM, Fotis Drakopoulos <<a href="mailto:fdrakopo@gmail.com">fdrakopo@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hi all,<br>
><br>
> I created a test nifti image that reproduces the problem I mentioned before.<br>
> How can I share this image with the ITK community?<br>
><br>
> Best,<br>
> Fotis Drakopoulos<br>
><br>
><br>
> On Mon, Nov 24, 2014 at 10:13 AM, Bradley Lowekamp <<a href="mailto:blowekamp@mail.nih.gov">blowekamp@mail.nih.gov</a>><br>
> wrote:<br>
>><br>
>> Shareable test data greatly helps determine the cause and fix these types<br>
>> of issues.<br>
>><br>
>> Got data?<br>
>><br>
>> Brad<br>
>> On Nov 23, 2014, at 5:40 PM, Gib Bogle <<a href="mailto:g.bogle@auckland.ac.nz">g.bogle@auckland.ac.nz</a>> wrote:<br>
>><br>
>> This is reminiscent of the previous problem with big TIFF images, now<br>
>> fixed.<br>
>><br>
>> Gib<br>
>> ________________________________<br>
>> From: Insight-users [<a href="mailto:insight-users-bounces@itk.org">insight-users-bounces@itk.org</a>] on behalf of Fotis<br>
>> Drakopoulos [<a href="mailto:fdrakopo@gmail.com">fdrakopo@gmail.com</a>]<br>
>> Sent: Monday, 24 November 2014 10:51 a.m.<br>
>> To: <a href="mailto:insight-users@itk.org">insight-users@itk.org</a>; <a href="mailto:insight-developers@itk.org">insight-developers@itk.org</a><br>
>> Subject: [ITK-users] Problem reading a big nifti volume.<br>
>><br>
>> Hi all,<br>
>><br>
>> For the last couple of days I have been trying reading (unsuccessfully)  a<br>
>> big nifti volume labeled image from my disk.<br>
>><br>
>> The pixel type is unsigned char and the rest specs of the image are:<br>
>> Size : [1001, 1001, 8345]  (in voxels)<br>
>> Spacing : [0.012, 0.012, 0.012]  (in mm)<br>
>> Origin : [0, 0, 0]<br>
>> Direction :<br>
>> 1 0 0<br>
>> 0 1 0<br>
>> 0 0 1<br>
>><br>
>> First I loaded the volume on Slicer-4.4.0 (64 bit-linux) to get an idea<br>
>> how it looks like. Indeed the object in the volume looks as it was expected.<br>
>> So far no problems. The specs of the image on Slicer are the same as above<br>
>> (except the direction which has flipped signs for the first two diagonal<br>
>> entries, as we know ).<br>
>><br>
>> Then I tried to load the image in the memory using the<br>
>> itk::ImageFileReader  from ITK4.6.0 (64 bit-linux) version. After loading<br>
>> the image I noticed that there are pixels with zero values instead of<br>
>> non-zero by comparing the same indexes with the loaded image on Slicer.<br>
>><br>
>> Then I decided to write the loaded image on the disk using the<br>
>> itk::ImageFileWriter.<br>
>><br>
>> After opening the (written from ITK) image on Slicer I checked the specks<br>
>> and were the same with the original image as above. However I noticed that a<br>
>> big portion of the image is completely empty (black)!<br>
>><br>
>> My workstation has enough memory to load the image (768 GB 1600MHz DDR3L)<br>
>> and is using Red Hat Enterprise Linux Server 6.5.<br>
>> The size of the original nifti volume is :<br>
>><br>
>> 25.7 MB (.nii.gz)<br>
>> 8.36 GB (.nii)<br>
>><br>
>> Has anybody experienced similar difficulties trying to load so big volume<br>
>> data?<br>
>><br>
>> Best,<br>
>> Fotis Drakopoulos<br>
>> CRTC<br>
>><br>
>> _____________________________________<br>
>> Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
>><br>
>> Visit other Kitware open-source projects at<br>
>> <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
>><br>
>> Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
>> <a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.php</a><br>
>><br>
>> Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
>> <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
>><br>
>> Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
>> <a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
>><br>
>><br>
>> ________________________________<br>
>><br>
>> Spam<br>
>> Not spam<br>
>> Forget previous vote<br>
><br>
><br>
><br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
<span class="">> Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
><br>
> Visit other Kitware open-source projects at<br>
> <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
><br>
> Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
</span>> <a href="http://kitware.com/products/protraining.php" target="_blank">http://kitware.com/products/protraining.php</a><br>
<span class="">><br>
> Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
> <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
><br>
> Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
</span>> <a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-developers" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-developers</a><br>
><br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
--<br>
BEGIN-ANTISPAM-VOTING-LINKS<br>
------------------------------------------------------<br>
<br>
Teach CanIt if this mail (ID 03Nk3J6v4) is spam:<br>
Spam:        <a href="https://www.spamtrap.odu.edu/canit/b.php?i=03Nk3J6v4&m=9e79d1b816aa&t=20141125&c=s" target="_blank">https://www.spamtrap.odu.edu/canit/b.php?i=03Nk3J6v4&m=9e79d1b816aa&t=20141125&c=s</a><br>
Not spam:    <a href="https://www.spamtrap.odu.edu/canit/b.php?i=03Nk3J6v4&m=9e79d1b816aa&t=20141125&c=n" target="_blank">https://www.spamtrap.odu.edu/canit/b.php?i=03Nk3J6v4&m=9e79d1b816aa&t=20141125&c=n</a><br>
Forget vote: <a href="https://www.spamtrap.odu.edu/canit/b.php?i=03Nk3J6v4&m=9e79d1b816aa&t=20141125&c=f" target="_blank">https://www.spamtrap.odu.edu/canit/b.php?i=03Nk3J6v4&m=9e79d1b816aa&t=20141125&c=f</a><br>
------------------------------------------------------<br>
END-ANTISPAM-VOTING-LINKS<br>
<br>
</font></span></blockquote></div><br></div>