<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=windows-1256">

<meta name="generator" content="Windows Mail 17.5.9600.20573">

<style type="text/css"><!--html { font-family: "Color Emoji", "Calibri", "Segoe UI", "Meiryo", "Microsoft YaHei UI", "Microsoft JhengHei UI", "Malgun Gothic", "sans-serif"; }--></style><style data-externalstyle="true"><!--

p.MsoListParagraph, li.MsoListParagraph, div.MsoListParagraph {

margin-top:0in;

margin-right:0in;

margin-bottom:0in;

margin-left:.5in;

margin-bottom:.0001pt;

}

p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {

margin:0in;

margin-bottom:.0001pt;

}

p.MsoListParagraphCxSpFirst, li.MsoListParagraphCxSpFirst, div.MsoListParagraphCxSpFirst, 

p.MsoListParagraphCxSpMiddle, li.MsoListParagraphCxSpMiddle, div.MsoListParagraphCxSpMiddle, 

p.MsoListParagraphCxSpLast, li.MsoListParagraphCxSpLast, div.MsoListParagraphCxSpLast {

margin-top:0in;

margin-right:0in;

margin-bottom:0in;

margin-left:.5in;

margin-bottom:.0001pt;

line-height:115%;

}

--></style>

</head>

<body dir="ltr">

<div data-externalstyle="false" dir="ltr" style="font-family: 'Calibri', 'Segoe UI', 'Meiryo', 'Microsoft YaHei UI', 'Microsoft JhengHei UI', 'Malgun Gothic', 'sans-serif';font-size:12pt;">

<div>Have you tried segmentation tools in 3D Slicer? There is a multi-label watershed segmentation tool that works in 3d (<a href="http://www.slicer.org/slicerWiki/index.php/Documentation/Nightly/Modules/Editor#WatershedFromMarkers" target="_parent">http://www.slicer.org/slicerWiki/index.php/Documentation/Nightly/Modules/Editor#WatershedFromMarkers</a>),

 there are also a number of other generic semi-automatic segmentation tools (such as GrowCut) and a few fully-automatic specialized tools (for brain, airways, etc). Download the nightly build and also checkout the Segmentation category in the Extension Manager.</div>

<div><br>

</div>

<div>Andras<br>

</div>

<div data-signatureblock="true"><br>

</div>

<div style="padding-top: 5px; border-top-color: rgb(229, 229, 229); border-top-width: 1px; border-top-style: solid;">

<div><font face=" 'Calibri', 'Segoe UI', 'Meiryo', 'Microsoft YaHei UI', 'Microsoft JhengHei UI', 'Malgun Gothic', 'sans-serif'" style="line-height: 15pt; letter-spacing: 0.02em; font-family: "Calibri", "Segoe UI", "Meiryo", "Microsoft YaHei UI", "Microsoft JhengHei UI", "Malgun Gothic", "sans-serif"; font-size: 12pt;"><b>From:</b> <a href="mailto:grothausmann.roman@mh-hannover.de" target="_parent">Dr.

 Roman Grothausmann</a><br>

<b>Sent:</b> ıMondayı, ıAugustı ı11ı, ı2014 ı1ı:ı15ı ıAM<br>

<b>To:</b> <a href="mailto:itksnap-users@googlegroups.com" target="_parent">itksnap-users@googlegroups.com</a><br>

<b>Cc:</b> <a href="mailto:insight-users@itk.org" target="_parent">ITK Mailing List</a></font></div>

</div>

<div><br>

</div>

<div dir="">

<div id="readingPaneBodyContent">Dear mailing list members,<br>

<br>

<br>

For a long time now I've been searching for a replacement of the old <br>

SegmentationEditor (part of the InsightApplications) which I could not get to <br>

work even with older ITK-3.x. Somewhere I was told that it was integrated and <br>

maintained within itksnap. However the only tool in itksnap based on watershed <br>

segmentation seems to be the adaptive brush. It is very handy, but <br>

time-consuming in 3D and only for local segmentations. In contrast the <br>

SegmentationEditor used a global hierarchical watershed segmentation to pick <br>

labels from, see e.g. the video linked here:<br>

http://www.insight-journal.org/browse/publication/70<br>

Quite often now I've stumbled over data, that would likely have profited a lot <br>

of such a tool for segmentation.<br>

<br>

If such a tool working with ITK-4.x does not exist any more, I thought of <br>

implementing it as a global WS segmentation mode in itksnap. That way making the <br>

tool easier to find, to use and to ensure maintenance (should it be integrated <br>

into the itksnap code base in the end) and also avoiding recoding a GUI with <br>

mouse interaction and such.<br>

<br>

My current idea is to start, similar to the snake-tool, with pre-filtering like <br>

smoothing and optional edge-detection.<br>

Then the main edit mode to consist of the usual 4 subwindows showing an overlay <br>

of the grey-image and the watershed segmentation of the hierarchical WS-filter <br>

(hWS), side-by-side to another label-dataset (loaded like a tiled overlay) which <br>

consist of the actually chosen labels from the hWS as the final data (FD).<br>

The interaction I'm considering would be to LMB click on a label in the hWS <br>

which is then added to the FD as the current fg label, or removed with a RMB. <br>

The hierachrchy level of the hWS could be controlled by a slider or the mouse <br>

wheel + Shift in nearly real time if some region demands higher or lower <br>

detailed segmentation. When the fg label is changed, the segmentation added or <br>

removed with further mouse interactions would modify the new fg label.<br>

When all is done and the global WS mode is left, the FD label-dataset is added <br>

to the main segmentation of itksnap.<br>

<br>

Would that be possible to implement in itksnap 3.x?<br>

What source files of the itksnap code base should I look at for:<br>

- the pre-filtering mode of the snake (for the smoothing and edge detection)<br>

- the mouse interactions (for e.g. adding the whell + Shift interaction)<br>

- possible examples for the dual layout<br>

<br>

Thanks for any comments, help or hints.<br>

Roman<br>

<br>

-- <br>

Dr. Roman Grothausmann<br>

<br>

Tomographie und Digitale Bildverarbeitung<br>

Tomography and Digital Image Analysis<br>

<br>

Institut für Funktionelle und Angewandte Anatomie, OE 4120<br>

Medizinische Hochschule Hannover<br>

Carl-Neuberg-Str. 1<br>

D-30625 Hannover<br>

<br>

Tel. +49 511 532-9574<br>

_____________________________________<br>

Powered by www.kitware.com<br>

<br>

Visit other Kitware open-source projects at<br>

http://www.kitware.com/opensource/opensource.html<br>

<br>

Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>

http://www.kitware.com/products/protraining.php<br>

<br>

Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>

http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ<br>

<br>

Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>

http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users<br>

_______________________________________________<br>

Community mailing list<br>

Community@itk.org<br>

http://public.kitware.com/mailman/listinfo/community<br>

</div>

</div>

</div>

</body>

</html>