<div dir="ltr"><div><div>Hello all, <br><br></div>

<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt"><span style lang="EN-US">I’m working on 3D multimodal image registration and I have a problem I've been struggling with for quite a while. <br>
<br>
I have a 3D MRI volume (fixed volume) and a 3D CT volume (moving volume), but those two volumes have different sizes (different
dimensions and different number of slices).  <br>
<br>
First of all I have a general question, how does the 3D registration in itk work
basically ? I mean does it take the first slice from the fixed volume and try
to find its correspondence in the moving volume ( by optimizing a metric ) and
then go on to the next slice and so on? <br>
Or does it rather work with the whole volume and not slice by slice ? <br>
<br>
Because for me, lets imagine I have 50 MRI slices and 150 CT ones for example,
but the field of view is different between both volumes. I mean the first MRI
slice corresponds ( visually ) to the 50^th CT slice for example so
the first 49 CT slices don’t exist in the MRI volume.</span></p>

<span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri","sans-serif"" lang="EN-US">
So when I apply my registration method ( affine transformation with the mutual
information as the metric ) the registration fails to give a good result. It
show no errors but the result volume is not well aligned with the fixed one.
Although the transformation ( from the outside let’s say ) is correct, meaning
the result volume has the same size as the fixed one and both volumes are on
top of each other perfectly but the slices don’t look alike at all when I try
to show both volumes on top of each other.<br>
Knowing that my initialization is good, and I tuned the parameters of the
optimizer ( regular step gradient descent) and always ended up with almost the
same result.<br>
So is that a normal behavior of itk to fail when the field of view is different
? <br>
<br>
Because I tried to cut off the first 49 CT slices, and created a new volume
with the rest of the slices ( so that I had the same field of view with the MRI
volume ), and when I applied the registration between this new volume and the
MRI one, the registration worked perfectly and I had a very good result.<br>
<br>
<br>
So what’s wrong here ? and if the field of view is the problem
how can I fix that automatically ? because I can delete the extra slices from
one volume manually, but what I'm looking for is an automatic approach and I couldn’t
think of one.     <br>
<br>
<br>
Any hint would be really appreciated,<br></span></div><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri","sans-serif"" lang="EN-US">Thanks in advance,<br style></span><div><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri","sans-serif"" lang="EN-US">
<br></span></div><div><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri","sans-serif"" lang="EN-US">Best regards, <br><br></span></div><div><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri","sans-serif"" lang="EN-US">Iyas<br style>

</span></div></div>