<div dir="ltr"><div><div><div>Hi Bumpy,<br></div>It seams that your problem is exploratory and will get benefit of manual interaction. Have you tried visualizing your images in ITKSnap for example?<br></div>There are tools to do manual segmentation there.<br>
</div>Hope that helps<br></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div dir="ltr">Nicolás Gallego-Ortiz<br>Université catholique de Louvain, Belgium<br></div></div>
<br><br><div class="gmail_quote">2014-08-01 15:47 GMT+02:00 Bumpy RG <span dir="ltr"><<a href="mailto:rg.bumpy@gmail.com" target="_blank">rg.bumpy@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr"><div><div>Dear All,<br><br></div>I have a dicom series having whole body image sequences, starting from head up to legs. <br><br>My aim is to write an algorithm to automatically identify the body parts (lungs, spines, head etc.) from the dicom sequence.<br>

<br></div>Although I am very new to the ITK world, I am following these steps in ITK (<b>I would appreciate if you comment whether I am following correct idea or not</b>):<br><ol><li>Read dicom series using 'DicomSeriesReadImageWrite2.cxx ' to create a 3D volume and save the result in mhd format.</li>

<li>Use 'ImageReadRegionOfInterestWrite.cxx' for separating various parts (like left lung, right lung, spines, head etc.) and save them in respective 3D volumes in mhd format.</li><li>Pick the various body parts prepared above, one by one and segment them using robust algorithm (say ThresholdSegmentationLevelSetImageFilter.cxx).</li>

<li>Use Mathematical Morphology to get better results.</li><li>Using the various results from above, form an algorithm for identifying the various body parts.<br></li></ol><p></p><p>Currently I am stuck in the second step because it is so hard to choose the co-ordinates for selecting proper region of interest. </p>

<p>For example,  I chose these points for ROI of right lung (I checked the co-ordinates using 3D slicer visualizer) and it does not give me good results : <br></p><div>start[0] = 255;  <br>start[1] =165; <br>start[2] = 0; <br>

<br><b>However I do not understand how to choose the points properly in ITK.</b><br><br><br></div><div>I would be really glad to have your response.<br><br></div><div>Thanking you in advance.<br></div><div>Kind Regards,<br>

</div><div>Bumpy.<br></div></div>
<br>_____________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.php</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
<br>_______________________________________________<br>
Community mailing list<br>
<a href="mailto:Community@itk.org">Community@itk.org</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/community" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/community</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>