<div>Gabriele,</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>In many file formats, the &quot;origin&quot; is stored in the header of the file. The various ImageIO classes set the origin appropriately if origin is stored in the header. I&#39;m not sure if Analyze stores an origin. If it does, then itkAnalyzeImageIO has a bug that needs top be fixed.
</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Bill<br><br></div>
<div class="gmail_quote">On Dec 14, 2007 11:13 AM, gabri &lt;<a href="mailto:tartuz@gmail.com">tartuz@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Hi Bill,<br>if AnalyzeImageIO does not set the origin ... what the command<br>&nbsp;virtual void SetOrigin<br>&lt;
<a href="http://www.itk.org/Insight/Doxygen/html/classitk_1_1ImageIOBase.html#itk_1_1VTKImageIOz1867_1" target="_blank">http://www.itk.org/Insight/Doxygen/html/classitk_1_1ImageIOBase.html#itk_1_1VTKImageIOz1867_1</a>&gt;
<br>(unsigned int i, double origin)<br>do?<br>I&#39;m not sure that the problem is in the format maybe I read in a bad way<br>the input image...<br>Have I need to set AnalyzeImageIO also in the ImageFileReader to get it<br>
work properly?<br><br>best reguards,<br>gabriele<br><br>Bill Lorensen ha scritto:<br>
<div class="Ih2E3d">&gt; Gabriele,<br>&gt;<br>&gt; itkAnalyzeImageIO does not set the origin. I&#39;m not sure if Analyze<br>&gt; stores this information. Perhaps Hans Johnson can comment.<br>&gt;<br>&gt; Bill<br>&gt;<br>
&gt; On Dec 14, 2007 10:38 AM, gabri &lt; <a href="mailto:tartuz@gmail.com">tartuz@gmail.com</a><br></div>
<div class="Ih2E3d">&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:tartuz@gmail.com">tartuz@gmail.com</a>&gt;&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt; &nbsp; &nbsp; Hi all,<br>&gt; &nbsp; &nbsp; I&#39;ve noticed something strange with the GetOrigin.<br>&gt; &nbsp; &nbsp; My Images are of Analyze type (hdr+img) files and i can read then
<br>&gt; &nbsp; &nbsp; correctly but after the registration process stops I need to write<br>&gt; &nbsp; &nbsp; down<br>&gt; &nbsp; &nbsp; the result images so, using the resampleImageFilter I apply the<br>&gt; &nbsp; &nbsp; transform, setted via resampler-&gt;SetTranform() .
<br>&gt; &nbsp; &nbsp; I need also that the spacing and origin informations have to be<br>&gt; &nbsp; &nbsp; conserved so i thought that using &nbsp;resampler-&gt;SetOutputOrigin() and<br>&gt; &nbsp; &nbsp; SetOutputSpacing() this will be done succesfully but this is not real
<br>&gt; &nbsp; &nbsp; infact if I open the input images , using MRICRO, spacing is<br>&gt; &nbsp; &nbsp; conserved<br>&gt; &nbsp; &nbsp; but origin is setted in the OutputImages to [0,0,0]that is not<br>&gt; &nbsp; &nbsp; correct.<br>&gt;<br>&gt; &nbsp; &nbsp; the problem seems to be also in the ImageFileReader infact if I print
<br>&gt; &nbsp; &nbsp; out the result of fixedImageReader-&gt;GetOutput()-&gt;GetOrigin() the<br>&gt; &nbsp; &nbsp; values<br>&gt; &nbsp; &nbsp; are still wrongly setted to all zeros .<br>&gt;<br>&gt; &nbsp; &nbsp; This happens for all images that I have .<br>&gt;
<br>&gt; &nbsp; &nbsp; Any suggestions?<br>&gt;<br>&gt; &nbsp; &nbsp; Sincerly,<br>&gt; &nbsp; &nbsp; Gabriele<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; &nbsp; &nbsp; _______________________________________________<br>&gt; &nbsp; &nbsp; Insight-users mailing list<br></div>&gt; &nbsp; &nbsp; <a href="mailto:Insight-users@itk.org">
Insight-users@itk.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:Insight-users@itk.org">Insight-users@itk.org</a>&gt;<br>
<div>
<div></div>
<div class="Wj3C7c">&gt; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>&gt;<br>&gt;<br><br><br></div></div></blockquote></div><br>