Thank you, Luis, for your interest<br>I want to reply to your questions.<br><br>The images that I used and outputs are in <a href="http://www.fisica.unile.it/~favetta/allow_listing/">http://www.fisica.unile.it/~favetta/allow_listing/
</a><br>Command is&nbsp;&nbsp;&nbsp; ~/InsightToolkit-3.4.0/Examples/Registration&gt; ./ImageRegistration1 fixed.hdr&nbsp; moving.hdr imageregistration1.hdr differencebefore1.hdr differenceafter1.hdr<br>These are the results:<br>0 = 2.87669e+06
 : [-0.597635, 0.241743, -3.94771]<br>1 = 2.69077e+06 : [1.24402, -0.515439, -4.13477]<br>2 = 2.74952e+06 : [0.87942, -2.43264, -3.69727]<br>3 = 2.73323e+06 : [1.98511, -3.76758, -4.69496]<br>4 = 2.80148e+06 : [3.71661, -
3.70127, -5.69372]<br>5 = 2.84545e+06 : [2.84814, -3.74008, -6.18794]<br>6 = 2.71808e+06 : [2.11758, -3.75237, -6.87067]<br>7 = 2.7094e+06 : [2.59063, -3.644, -6.75032]<br>8 = 2.73666e+06 : [2.34906, -3.69144, -6.79389]<br>
9 = 2.74714e+06 : [2.12615, -3.78324, -6.86007]<br>10 = 2.70671e+06 : [2.23996, -3.73913, -6.83315]<br>11 = 2.72413e+06 : [2.35017, -3.69136, -6.79853]<br>12 = 2.7467e+06 : [2.29239, -3.71337, -6.80767]<br>13 = 2.73484e+06
 : [2.32201, -3.70391, -6.80455]<br>14 = 2.74081e+06 : [2.30653, -3.7035, -6.80242]<br>Result =<br>&nbsp;Translation X = 2.30653<br>&nbsp;Translation Y = -3.7035<br>&nbsp;Iterations&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 16<br>&nbsp;Metric value&nbsp; = 2.73728e+06<br><br>&gt; 1) What is the pixel type of your images?
<br>16-bit int<br><br>&gt; 2) What is the pixel spacing of your fixed image and moving image<br>1.2 mm (but I am not sure of this value) on X, 0.9375 on Y and Z<br><br>&gt;3) What is their origin coordinates in millimeters
<br>0 0 0<br><br>&gt;4) what is the number of pixels along each dimension<br>166 256 256<br><br>&gt;5) What specific * * image registration example are you trying.<br>I use ImageRegistration1, but I have similar problems with other filters.
<br>Thank you for your time and consideration,<br>Sandro<br><br>