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<body class='hmmessage'><div style="text-align: left;">Gaëtan,<br><br>What would be the best way of iterating over a 'label map' and fit each indivdual object to a know model (eg 2D Gaussian) and then adding the attributes of the fitting (eg the sigma of the Gaussian fit) to the corresponding object? I guess this could be a good extention of your binary attribute morphology classes.<br><br></div>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Le 15 oct. 07 à 16:25, Ali - a écrit :<br>&gt; <br>&gt; &gt; Gaëtan,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; That include command solved the problem. Thank you.<br>&gt; &gt;<br>&gt; <br>&gt; Great :-)<br>&gt; <br>&gt; The changes are commited, and will be in the next revision to the  <br>&gt; insight journal.<br>&gt; <br>&gt; Gaëtan<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Hi Ali,<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Le 14 oct. 07 à 19:47, Ali - a écrit :<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Gaëtan,<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; I get these errors while compiling your IJ labeling classes with<br>&gt; &gt; &gt; &gt; python wrappers:<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Generating wrap_itkStatisticsOpeningLabelMapFilter.xml<br>&gt; &gt; &gt; &gt; In file included from E:/dev/itk/IJ/IJ-<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Label_object_representation_and_manipulation_with_ITK.3/<br>&gt; &gt; &gt; &gt; binaryAttributeMorphology/itkLabelMapFilter.h:116,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; from E:/dev/itk/IJ/IJ-<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Label_object_representation_and_manipulation_with_ITK.3/<br>&gt; &gt; &gt; &gt; binaryAttributeMorphology/itkInPlaceLabelMapFilter.h:23,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; from E:/dev/itk/IJ/IJ-<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Label_object_representation_and_manipulation_with_ITK.3/<br>&gt; &gt; &gt; &gt; binaryAttributeMorphology/itkShapeOpeningLabelMapFilter.h:20,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; from E:/dev/itk/IJ/IJ-<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Label_object_representation_and_manipulation_with_ITK.3/<br>&gt; &gt; &gt; &gt; binaryAttributeMorphology/itkStatisticsOpeningLabelMapFilter.h:20,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; from E:/dev/itk/IJ/IJ-<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Label_object_representation_and_manipulation_with_ITK.3/build/<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Wrapping/wrap_itkStatisticsOpeningLabelMapFilter.cxx:19:<br>&gt; &gt; &gt; &gt; E:/dev/itk/IJ/IJ-<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Label_object_representation_and_manipulation_with_ITK.3/<br>&gt; &gt; &gt; &gt; binaryAttributeMorphology/itkLabelMapFilter.txx: In<br>&gt; &gt; &gt; &gt; member function `virtual void itk::LabelMapFilter&lt;TInputImage,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; TOutputImage&gt;::BeforeThreadedGenerateData()':<br>&gt; &gt; &gt; &gt; E:/dev/itk/IJ/IJ-<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Label_object_representation_and_manipulation_with_ITK.3/<br>&gt; &gt; &gt; &gt; binaryAttributeMorphology/itkLabelMapFilter.txx:88: error: syntax<br>&gt; &gt; &gt; &gt; error before `(' token<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Project : error PRJ0019: A tool returned an error code from<br>&gt; &gt; &gt; &gt; "Generating wrap_itkStatisticsOpeningLabelMapFilter.xml"<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; The tests compile fine though. Is this a known bug? It was  <br>&gt; &gt; compiled<br>&gt; &gt; &gt; &gt; by VS.net 8 SP1.<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; That's not a known bug.<br>&gt; &gt; &gt; I think I have forgotten to include itkProgressReporter.h. Can you<br>&gt; &gt; &gt; add the line:<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; #include "itkProgressReporter.h"<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; line 23 in itkLabelMapFilter.h", and tell me if it works ?<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Thanks for your patience,<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Gaëtan<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Le 11 oct. 07 à 17:25, Ali - a écrit :<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Gaëtan,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Are your labeling classes included in ITK cvs version?<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; not yet<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Any plans to include them in near future?<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; that contribution is made to be included in ITK, but, I can't  <br>&gt; &gt; say<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; when it will be effectively included.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Anyway, you can use it already if you like :-)<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Gaëtan<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Hi Ali,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Please look at the contribution I made recently : http://<br>&gt; &gt; &gt; &gt; insight-<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; journal.org/InsightJournalManager/view_reviews.php?<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; back=index.php&amp;pubid=176<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; I'm using it extensively currently, with WrapITK.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Gaëtan<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Le 11 oct. 07 à 16:18, Ali - a écrit :<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; How is it possible to have a watershed-output-like for the<br>&gt; &gt; &gt; &gt; output<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; of a binary threshold filter, that is, how to access the<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; individual<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; regoins of the output of a binary threshold filter for  <br>&gt; &gt; further<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; manipulation?<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; The next generation of MSN Hotmail has arrived -  <br>&gt; &gt; Windows Live<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Hotmail<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Insight-users mailing list<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Insight-users@itk.org<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; --<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Gaëtan Lehmann<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Biologie du Développement et de la Reproduction<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; INRA de Jouy-en-Josas (France)<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; tel: +33 1 34 65 29 66 fax: 01 34 65 29 09<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; http://voxel.jouy.inra.fr<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Get free emoticon packs and customisation from Windows  <br>&gt; &gt; Live. Pimp<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; My Live!<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; --<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Gaëtan Lehmann<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Biologie du Développement et de la Reproduction<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; INRA de Jouy-en-Josas (France)<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; tel: +33 1 34 65 29 66 fax: 01 34 65 29 09<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; http://voxel.jouy.inra.fr<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Play Movie Mash-up and win BIG prizes!<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; --<br>&gt; &gt; &gt; Gaëtan Lehmann<br>&gt; &gt; &gt; Biologie du Développement et de la Reproduction<br>&gt; &gt; &gt; INRA de Jouy-en-Josas (France)<br>&gt; &gt; &gt; tel: +33 1 34 65 29 66 fax: 01 34 65 29 09<br>&gt; &gt; &gt; http://voxel.jouy.inra.fr<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Do you know a place like the back of your hand? Share local  <br>&gt; &gt; knowledge with BackOfMyHand.com<br>&gt; <br>&gt; --<br>&gt; Gaëtan Lehmann<br>&gt; Biologie du Développement et de la Reproduction<br>&gt; INRA de Jouy-en-Josas (France)<br>&gt; tel: +33 1 34 65 29 66    fax: 01 34 65 29 09<br>&gt; http://voxel.jouy.inra.fr<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br><br /><hr />The next generation of MSN Hotmail has arrived -  <a href='http://www.newhotmail.co.uk' target='_new'>Windows Live Hotmail</a></body>
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