Miladi,<br><br>If your data is 3D, I would use vtkDiscreteMarchingCues which is desigend to work with segmented data. Once created, it can be smoothed with vtkWindowedSincPolyDataFilter.<br><br>Bill<br><br><br><div><span class="gmail_quote">
On 4/5/07, <b class="gmail_sendername">Luis Ibanez</b> &lt;<a href="mailto:luis.ibanez@kitware.com">luis.ibanez@kitware.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>Hi Miladi,<br><br>Please read the ITK Software Guide:<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="http://www.itk.org/ItkSoftwareGuide.pdf">http://www.itk.org/ItkSoftwareGuide.pdf</a><br><br>You will find examples on how to read multiple 2D<br>
slice files into a single 3D image in section 7.11.1<br>&quot;Reading Image Series&quot; in pdf-page 319.<br><br>The source code example can be found in<br><br>&nbsp;&nbsp; Insight/Examples/IO/ImageSeriesReadWrite.cxx<br><br><br><br>
For an example on how to use the VTK marching<br>cubes on an ITK image, please look at:<br><br><br>&nbsp;&nbsp; InsightApplications/Auxiliary/vtk/<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; itkReadITKImage3DSegmentShowVTK.cxx<br><br>It shows how to convert an ITK image into vtkImageData
<br>and then pass it to the vtkContour filter.<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Regards,<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Luis<br><br><br><br>-------------------------<br>Miladi Med Amine wrote:<br>&gt; Hi,<br>&gt; thanks you for help.<br>&gt; can you let me how get the 3d binary image from slices.
<br>&gt; Now i m thinking about marching cube marching cube algorithme using<br>&gt; vtkImageMarchingCubes,so can you if you knew ho to use this filter and<br>&gt; can it get segmented slices as my exemple.<br>&gt; thanks
<br>&gt;<br>&gt; */Luis Ibanez &lt;<a href="mailto:luis.ibanez@kitware.com">luis.ibanez@kitware.com</a>&gt;/* a écrit :<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Hi Miladi,<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thanks for sending your example images.<br>
&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Given that you already have segmentations for<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; each slice, the easy way to generate a contour<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; is to take the 3D binary image that you have<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; and to pass it to the filter:<br>
&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://www.itk.org/Insight/Doxygen/html/classitk_1_1BinaryMask3DMeshSource.html">http://www.itk.org/Insight/Doxygen/html/classitk_1_1BinaryMask3DMeshSource.html</a><br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This filter will produce an itkMesh that is the
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; contour of the segmentation.<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This is interesting if you plan to do something<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; like Deformable Models.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Note that if your purpose is to do visualization
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the contour, then you will find more useful<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; to convert the ITK image of the segmentation into<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; a VTK image, and then pass it to the vtkContour filter.<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; You will find examples on how to do this in the
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; directory:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; InsightApplications/Auxiliary/vtk/<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; itkReadITKImage3DSegmentShowVTK.cxx<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Regards,<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Luis<br>&gt;<br>&gt;<br>
&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -------------------------<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Miladi Med Amine wrote:<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Hi Luis;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; my question is what is the way to create a mesh of endocade for<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; exemple.i have a series of image as the exemple sended to you
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; representing the object.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; and i would like to get some point the contour for each image,and<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; create<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; the mesh.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; There&#39;s a way in itk to do that.
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Thanks<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; MILADI<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; ----- Message d&#39;origine ----<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; De : Luis Ibanez<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; À : Miladi Med Amine<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Envoyé le : Mardi, 27 Mars 2007, 16h30mn 16s
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Objet : Re: Re : [Insight-users] mesh creation from segmented image<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Hi Miladi,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; What is your question ?<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Thanks<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Luis<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; ------------------------<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Miladi Med Amine wrote:
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; hi;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; I would like to help me more.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; So i have a series of segmented image of endocade,and my<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; objectif is to<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; create a mesh to modelise the endocade using itk.
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; thanks<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; ----- Message d&#39;origine ----<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; De : Luis Ibanez<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; À : medamine<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; Cc : <a href="mailto:insight-users@itk.org">
insight-users@itk.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; Envoyé le : Lundi, 26 Mars 2007, 0h45mn 37s<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; Objet : Re: [Insight-users] mesh creation from segmented image<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; Hi Medamine,
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; You may want to look at this filter:<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://www.itk.org/Insight/Doxygen/html/classitk_1_1BinaryMask3DMeshSource.html">
http://www.itk.org/Insight/Doxygen/html/classitk_1_1BinaryMask3DMeshSource.html</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; Regards,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; Luis
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; --------------------<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; medamine wrote:<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; &gt; hi .<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; &gt; i would like to create a mesh from a segmented
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; image(endocade),and i m<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; &gt; thinking about using snake to get cordonates of &quot;contour&quot;.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; &gt; my question there&#39;s a methode to do that using itk?<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; &gt; thanks for all.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; Découvrez une nouvelle façon d&#39;obtenir des réponses à toutes vos
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; questions ! Profitez des connaissances, des opinions et des<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; expériences<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; des internautes sur Yahoo! Questions/Réponses<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; &gt; .<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Découvrez une nouvelle façon d&#39;obtenir des réponses à toutes vos<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; questions ! Profitez des connaissances, des opinions et des
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