<div>I was using cmakesetup.exe under windows to setup the itk and it work perfectly.&nbsp; Recently I try to install it under cygwin.&nbsp; However, I failed at the first step!&nbsp; I followed the instructions, create a bin directory, set environment variable CC and CXX (is that required step?) using export, and run ccmake with argument of source directory.&nbsp; However, after a few configuration tries, I got the message saying my system is unknown to cmake (running uname give me CYGWIN_NT-
5.1).&nbsp; Then the testCCompiler.c failed to compile because the system cannot find the path specified.&nbsp; This file is in the source directory tree but not in the binary directory tree.&nbsp; I am wondering if there is a missing step to copy it from source directory to the binary directory?&nbsp; Should I turn on the CMAKE_USE_RELATIVE_PATH?&nbsp; What is the CMAKE_INSTALL_PREFIX?&nbsp; is that where the cmake should be located?&nbsp; The cmake I installed comes with cygwin, it is located under /bin, version 
2.4-patch 2.</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>The error message is list below:</div>
<div>
<p><br>System is unknown to cmake, create:<br>/usr/share/cmake-2.4.2/Modules/Platform/UnknownOS.cmake to use this system,<br>please send your config file to <a href="mailto:cmake@www.cmake.org">cmake@www.cmake.org</a> so it can be added to
<br>cmake</p>
<p>You CMakeCache.txt file was copied to CopyOfCMakeCache.txt. Please send that<br>file to <a href="mailto:cmake@www.cmake.org">cmake@www.cmake.org</a>.</p>
<p>System is unknown to cmake, create:<br>/usr/share/cmake-2.4.2/Modules/Platform/UnknownOS.cmake to use this system,<br>please send your config file to <a href="mailto:cmake@www.cmake.org">cmake@www.cmake.org</a> so it can be added to
<br>cmake</p>
<p>The C compiler &quot;/usr/bin/gcc&quot; is not able to compile a simple test program.<br>It fails with the following output:<br>&nbsp;nmake -f CMakeFiles/cmTryCompileExec.dir/build.make<br>CMakeFiles/cmTryCompileExec.dir/build
</p>
<p>Microsoft (R) Program Maintenance Utility Version 7.10.3077<br>Copyright (C) Microsoft Corporation.&nbsp; All rights reserved.</p>
<p><br>Microsoft (R) Program Maintenance Utility Version 7.10.3077<br>Copyright (C) Microsoft Corporation.&nbsp; All rights reserved.</p>
<p>&quot;Building C object CMakeFiles/cmTryCompileExec.dir/testCCompiler.o&quot;<br>/usr/bin/gcc&nbsp;&nbsp; -o CMakeFiles/cmTryCompileExec.dir/testCCompiler.o&nbsp;&nbsp; -c<br>/cygdrive/c/newitk/itksource/InsightToolkit-2.2.0/bin/CMakeFiles/CMakeTmp/test
<br>CCompiler.c<br>The system cannot find the path specified.<br>NMAKE : fatal error U1077: '' : return code '0x1'<br>Stop.<br>NMAKE : fatal error U1077: '&quot;c:\program files\microsoft visual studio .NET<br>2003\vc7\bin\nmake.exe&quot;' : return code '0x2'
<br>Stop.</p>
<p><br>CMake will not be able to correctly generate this project.<br></p></div>