Dear all,<br>
<br>
I am writing a filter to calculate the gradient structure tensor. This
involves calculating an NxN matrix for each voxel of the image, and
then applying a gaussian filter to each one of the components of the
matrix (i.e., taking one component of the matrix at every voxel to
create a new image, and applying a gaussian filter on this new image).
Based on HessianRecursiveGausianImageFilter, I am using
NthElementImageAdaptor and three instances of
RecursiveGaussianImageFilter to filter in the x, y and z directions. As
I saw in previous submissions to the list, I defined the first of the
gaussian filters to accept the adaptor as an input.<br>
I have been getting errors in the results (basically, the filters
behave as if the pixel spacing were always [1 1 1], though it's not),
so I wrote this very simple piece of code to check that image spacing
has the expected values. I have attached the code below. It works by
reading a tensor image from a file, and applying a gaussian filter to
the first component of the tensor (of course, I would have to define
things as filter direction, sigma, etc., but here I just wanted to
check the spacing). The input image is all zeros, though I don't think
this matters in this case. With an input image with spacing [2 2 2],
the program output is:<br>
<br>
m_ImageAdaptor-&gt;GetSpacing(): [2, 2, 2]<br>
m_ComponentFilter-&gt;GetOutput()-&gt;GetSpacing(): [1, 1, 1]<br>
<br>
which is exactly the same error I got in my structure tensor
calculation program. It seems that the output of the filter has a
different spacing from the input, so when I attach a second filter to
the output of the first one, the result is wrong. Could anybody tell me
what I am doing wrong here? Thanks a lot,<br>
<br>
Vicente<br>
<br>
/**************************** Code follows ***********************/<br>
<br>
#include &quot;itkSymmetricSecondRankTensor.h&quot;<br>
#include &quot;itkImage.h&quot;<br>
#include &quot;itkImageFileReader.h&quot;<br>
#include &quot;itkRecursiveGaussianImageFilter.h&quot;<br>
#include &quot;itkNthElementImageAdaptor.h&quot;<br>
<br>
<br>
<br>
int main( int argc, char *argv[] )<br>
{<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; const&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; unsigned
int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Dimension&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 3;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; typedef&nbsp;&nbsp;
double&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
InputPixelType;<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; typedef itk::Image&lt;
itk::SymmetricSecondRankTensor&lt; InputPixelType, Dimension &gt; ,
Dimension &gt; InputImageType;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; typedef itk::Image&lt; InputPixelType, Dimension &gt;&nbsp;&nbsp; OutputImageType;<br>
&nbsp; <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; typedef&nbsp;&nbsp; itk::ImageFileReader&lt; InputImageType &gt;&nbsp; ReaderType;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; ReaderType::Pointer&nbsp;&nbsp; reader = ReaderType::New();&nbsp; <br>
&nbsp;&nbsp; reader-&gt;SetFileName( argv[1] );<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; typedef itk::NthElementImageAdaptor&lt; InputImageType, InputPixelType &gt;&nbsp; OutputImageAdaptorType;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; OutputImageAdaptorType::Pointer&nbsp; m_ImageAdaptor = OutputImageAdaptorType::New();&nbsp; <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; m_ImageAdaptor-&gt;SetImage( reader-&gt;GetOutput() );<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; m_ImageAdaptor-&gt;Allocate();<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; m_ImageAdaptor-&gt;SelectNthElement( 0 );<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; typedef itk::RecursiveGaussianImageFilter&lt;
OutputImageAdaptorType, OutputImageType &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
ComponentFilterType;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; ComponentFilterType::Pointer m_ComponentFilter&nbsp; = ComponentFilterType::New();<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; m_ComponentFilter-&gt;SetInput( m_ImageAdaptor );<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; m_ComponentFilter-&gt;Update();<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; std::cout &lt;&lt; &quot;m_ImageAdaptor-&gt;GetSpacing():
&quot; &lt;&lt; m_ImageAdaptor-&gt;GetSpacing() &lt;&lt; std::endl;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; std::cout &lt;&lt; &quot;m_ComponentFilter-&gt;GetOutput()-&gt;GetSpacing(): &quot; &lt;&lt; <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;
&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;
&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;
&nbsp;&nbsp;&nbsp; m_ComponentFilter-&gt;GetOutput()-&gt;GetSpacing()
&lt;&lt; std::endl;<br>
<br>
&nbsp; return EXIT_SUCCESS;<br>
}<br>
<br>
<br>
<br>
<br>