Hi,

<br>

<br>

Thanks a lot for your answer. I've solved my problem by performing an 

anisotropic diffusion filtering before the watershed transform (after 

the distance transform) that I didn't do in the previous version.

<br>

<br>

The watershed lines in the picture are only the filtering result of the 

labeled regions image with a sharpening filter. I perform such operation 

only for debug purpose, in order to make possible to show the edges 

without a gray levels image that, in most cases, it presents closed 

regions with very similar intensity values difficult to be distingushed.

<br>

<br>

P.S. - Is there any method/class to perform this operation in a more 

efficent way ?

<br>

<br>

Thanks.

<br>

<br>

Marco

<br>

<br>

Richard Beare wrote:

<br>

<br>

<blockquote type="cite">Hi,

<br>Try creating the raw watershed - i.e with threshold=0 and level=0, to

<br>get an idea of what is happening. With a synthetic image like this

<br>there should be no need to merge regions, so check the raw result. The

<br>results do look strange -&nbsp; it appears that there is some gradient

operation that causes the edges of the circles to be selected.

<br>

<br>The problem may be the style of watershed being implemented in itk -

<br>it is an algorithm that may have problems when there are lots of tied

values.

<br>

<br>When doing this kind of operation in the past (not in itk), I would

<br>take the distance tranform of the circles, not the background, which

<br>results in the circles being transformed to peaks and the background

<br>being set to zero. The result image is inverted and the watershed

<br>applied to the result. The right sort of watershed would then do an

<br>implicit distance transform on the flat zone of the background. The

<br>process you have described using the signed distance transform should

<br>be equivalent to this. However if there have been pixel type cast

<br>operations then perhaps artificial edges have been introduced where

the sign of the distance changes.

<br>

<br>

<br>PS How did you produce the watershed line image from the itk watershed

- I've only produced labelled images?

<br>

<br>

<br>

<br><blockquote type="cite">On 2/5/06, Marco Bongiovanni <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:marco.bongiovanni.ml@gmail.com">&lt;marco.bongiovanni.ml@gmail.com&gt;</a> wrote:

<br>Hi,

<br>

I'm sorry for my english, first of all !

<br>I have to implement a routine to perform cells segmentation over images

<br>representing a varing number of in vitro cultured cells. At the 

moment, my

target is to separate the touching ones.

<br>

<br>To do so, I'm running the ITK watershed algorithm over the distance map

<br>calculated with the SignedDanielssonDistanceMapImageFilter

<br>class. The input for the signed-danielsson filter is a binary image

<br>representing the shapes of the cells (white) and the background 

(black). The

<br>parameters that I'm using for the watershed filter are: threshold = 

0.01 and

<br>level = 0.15.

<br>

<br>But.... the problem is the following:

<br>

<br>why are touching cells separated from each other around their perimeter

<br>(see attached figure itk_waterlines.jpg - made with ITK) and aren't they

<br>separated by a straight watershed line in the middle (see attached 

figure

<br>matlab_waterlines.jpg - made with MATLAB) ?

<br>I have already experimented a lot of other parameters combination, 

but it

doesn't change the main problem.

<br>

I'm a novice with ITK, so every suggestion is very welcome.

<br>

Thanks.

<br>

<br>Marco

<br>

<br>

<br>_______________________________________________

<br>Insight-users mailing list

<br><a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Insight-users@itk.org">Insight-users@itk.org</a>

<br><a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a>

<br>

<br>

<br>

<br>

<br>

<br></blockquote>

<br></blockquote>