<br><br>---------- Forwarded message ----------<br><span class="gmail_quote">From: <b class="gmail_sendername">Chunyan Jiang</b> &lt;<a href="mailto:chunyan.jiang@gmail.com">chunyan.jiang@gmail.com</a>&gt;<br>Date: Jan 15, 2006 1:35 PM
<br>Subject: itk-snap problem<br>To: <a href="mailto:insight-developers@itk.org">insight-developers@itk.org</a><br>Cc: <a href="mailto:insight-users@itk.org">insight-users@itk.org</a><br><br></span>Dear itk developers,<br>

I tried to use itk-snap to segment image. I find one problem. I use
intensity region snake.&nbsp; I use IRISSliceWindow to draw a polygon
as input, and also draw a bubble inside the target region. Both polygon
and bubble are set as label color, and set to be initialization of
level set m_SnakeInitializationWrapper in <br>
SNAPImageData<br>
::InitializeSegmentation(<br>
&nbsp; const SnakeParameters &amp;parameters, <br>
&nbsp; const std::vector&lt;Bubble&gt; &amp;bubbles, unsigned int labelColor)<br>
<br>
But when I run segmentation, only bubble region expends inside target
region (or shrinks outside of target region), the polygon region always
shrinks either inside or outside, till disappears. Simple to say, only
bubble initializing level set work, but polygon initializing doesn't
work.<br>
<br>
But in the code, SNAPImageData<br>

::InitializeSegmentation<br>
<br>
&nbsp; // Convert the input label image into a binary function whose 0 level set<br>
&nbsp; // is the boundary of the current label's region<br>
&nbsp; while(!itSource.IsAtEnd())<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; {<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; if(itSource.Value() == m_SnakeColorLabel)<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; {<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; // Expand the bounding box accordingly<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vector3l point(itTarget.GetIndex().GetIndex());<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bbLower = vector_min(bbLower,point);<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bbUpper = vector_max(bbUpper,point);<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; // Increase the number of initialization voxels<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nInitVoxels++;<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; // Set the target value to inside (-1.0)<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; itTarget.Value() = -1.0f;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; }<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; // Go to the next pixel<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; ++itTarget; ++itSource;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; }<br>
<br>
In SNAPImageData.cxx line 227 to 247, the lable image is polygon drawing.<br>
<br>
Why it doesn't work?<br>
<br>
I use the InsightApplications-2.4.0. Has it been solved in later version?<br>
<br>
Best <br>
<br>
Chunyn<br>