<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.2900.2802" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Hi all,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I'd like to generate ground truths for the purpose 
of evaluating brain&nbsp;EPI registration algorithms.&nbsp; I'd like your 
feedback and advice about this as well as any resources on the net you may think 
are useful to the task.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>1. One approach is to consider a T2 image as a good 
proxy for EPI.&nbsp; The challenge then is to create a realistic distortion that 
can serve as a synthetic EPI.&nbsp; Obviously the intensity values will not be 
quite the same.&nbsp; So the question here is then:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp; 1a) Are the intensity variations 
between T2 and EPI close enough to make a warped T2 a good synthetic 
EPI?</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp; 1b) What is a good approach to create 
a realistic warp to transform T2 to EPI?</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>2)&nbsp; The second approach is to collect a set of 
registered EPI-T2 (or EPI to any other undistorted MRI image) set that human 
experts believe are excellent registrations.&nbsp; Then generate a statistical 
model for the typical warps that undistort the EPI images.&nbsp; Finally use one 
or more corrected (i.e. undistorted/registered) EPI images as ground truth and 
apply the synthetic warp to it to get a distorted EPI.&nbsp; The issues here 
are:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp; 2a) Is this a sound approach?&nbsp; 
What normalization issues should I consider before applying a generic warp field 
based on statistics on an undistorted image to produce a synthetic distorted 
EPI?</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp; 2b) Is there a database of registered 
EPI images?</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp; 2c) Are the correction warp fields for 
those EPI images available and if not, how can I recover it</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp; </FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>3. &nbsp;I guess I should have asked this first 
:)&nbsp; what work has already been done in this area?&nbsp; Are there programs 
or databases the provide warped and undistorted EPI ground truths?</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Any and all feedback is highly 
appreciated.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Arash</FONT></DIV></BODY></HTML>