<div>Hi!</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Finally I&nbsp;am able to see the output image, but the registration&nbsp;result is not good enough!&nbsp;But I think that it will be better with your advices, so today&nbsp;I will try it.</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>First I will try changing the metric (the interpolation that I used was Nearest Neighbor). And later, using Registration using masks constructed with Spatial objects, </div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Thanks for your help!!<br><br>&nbsp;</div>
<div><span class="gmail_quote">On 12/7/05, <b class="gmail_sendername">Luis Ibanez</b> &lt;<a href="mailto:luis.ibanez@kitware.com">luis.ibanez@kitware.com</a>&gt; wrote:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid"><br>Hi Marc,<br><br><br>1) When you started registering binary images,<br>&nbsp;&nbsp; Did you changed the Image Metric&nbsp;&nbsp;?
<br><br>&nbsp;&nbsp; You probably should use a metric such as the<br><br><a href="http://www.itk.org/Insight/Doxygen/html/classitk_1_1KappaStatisticImageToImageMetric.html">http://www.itk.org/Insight/Doxygen/html/classitk_1_1KappaStatisticImageToImageMetric.html
</a><br><br>&nbsp;&nbsp; or the<br><br><a href="http://www.itk.org/Insight/Doxygen/html/classitk_1_1MatchCardinalityImageToImageMetric.html">http://www.itk.org/Insight/Doxygen/html/classitk_1_1MatchCardinalityImageToImageMetric.html
</a><br><br>&nbsp;&nbsp; that are intended for binary (or labeled) images.<br><br><br><br>2) Did you changed the interpolator ?<br><br>&nbsp;&nbsp; Once you use binary images you should only use<br>&nbsp;&nbsp; a Nearest Neighbor interpolator.<br><br>
<br><br><br>In any case,<br>I would suggest you that instead of registering the masks,<br>you could use the Masks in order to restrict the registration<br>method to use only the pixels in the Gray matter.<br><br><br>Please read the ITK Software Guide
<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://www.itk.org/ItkSoftwareGuide.pdf">http://www.itk.org/ItkSoftwareGuide.pdf</a><br><br>In particular Section 8.11.3:<br><br>&quot;Registration using masks constructed with Spatial objects&quot;
<br><br>in pdf-page 464.<br><br><br><br>The associated source code example can be found in<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Insight/Examples/Registration/<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ImageRegistration12.cxx<br><br><br><br>Note that, depending on the ImageMetric that you are using,
<br>you may want to extend (dilate) the Masks a bit in order to<br>make sure that a band of pixels *outside* of the gray matter<br>is also participating in the registration.&nbsp;&nbsp;The reason why<br>you need those pixels is that they will help to make your
<br>metric degrade when the two images are not well aligned.<br><br><br><br>&nbsp;&nbsp;Regards,<br><br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Luis<br><br><br><br>---------------<br>Marc Ruiz wrote:<br>&gt; Hi!<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; I have registered two MRIs. The registration pipeline is first rigid and
<br>&gt; then affine, and the results are ok.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; But now I would try to register only the gray matter of these two<br>&gt; images, because I am only interested in the registration of the cortex.
<br>&gt; So, I have segmented the 2 images and now I am trying to do the same<br>&gt; registration (rigid and affine) with two binary MRIs and with the same<br>&gt; program and parameters.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; The problem is that now I get the output image all white.
<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; First I thought it was only problem of the writer of the output image<br>&gt; (the interpolation of the resample filter or something like that, due to<br>&gt; the output is a binary image too), but I have applied the same
<br>&gt; transformation (the one obtained from the registration of two gray<br>&gt; matters) to a MRI and the transformation is bad done. So, I think it is<br>&gt; problem of the registration…<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; So, some idea about the problem??
<br>&gt;<br>&gt; 1) I have to change some parameters or the interpolation or…?<br>&gt; 2)&nbsp;&nbsp;Which differences I have to think about to readapt the program?<br>&gt; 3)&nbsp;&nbsp;Or some idea to register ok the gray matter?<br>&gt;<br>
&gt; Thank you!!<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; Insight-users mailing list<br>&gt; 
<a href="mailto:Insight-users@itk.org">Insight-users@itk.org</a><br>&gt; <a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br><br></blockquote></div><br>