<div>
<div>Hi again!</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>I am a bit confused about this: i</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>1) Fixed image: mesh I want to segmentate</div>
<div>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Moving image: atlas mesh</div>
<div>&nbsp;</div></div>
<div>Once I have the mesh of the cortex, the strategy of registration must be... :<br><br>&nbsp;</div>
<div><span class="gmail_quote">On 10/25/05, <b class="gmail_sendername">Luis Ibanez</b> &lt;<a href="mailto:luis.ibanez@kitware.com">luis.ibanez@kitware.com</a>&gt; wrote:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Hi Marc,<br><br>Thanks for your detailed and clear questions.<br><br>Here are some comments:<br><br>1) Yes, you can generate Meshes, but first you will need to segment
<br>&nbsp;&nbsp; the brain (or the structures of the brain that you are interested<br>&nbsp;&nbsp; in). For an account of the segmentation methods available in ITK<br>&nbsp;&nbsp; you may want to look at the ITK Software Guide<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="http://www.itk.org/ItkSoftwareGuide.pdf">
http://www.itk.org/ItkSoftwareGuide.pdf</a><br><br>&nbsp;&nbsp; in particular to the &quot;Segmentation&quot; Chapter.<br><br><br>2) Yes, you can conver VTK polydata, or unstructured grids into<br>&nbsp;&nbsp; ITK Meshes, and vice versa.<br>
<br>&nbsp;&nbsp; You will find examples of this in the directories<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; InsightApplications/<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Auxiliary/vtk<br><br>&nbsp;&nbsp; and<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; InsightApplications/<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; DeformableModelSimplexMesh
<br><br><br><br><br>3) You may want to try the example code in<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Insight/Examples/Patented/<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; IterativeClosestPoint1.cxx<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; IterativeClosestPoint2.cxx<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
IterativeClosestPoint3.cxx<br><br><br>For the generic Segmentation problem, you will find<br>many methods intended for brain segmentation.<br><br>In particular statistical classification, and LevelSets.<br><br>You will find validation studies of brain segmentation
<br>in the directory:<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; InsightApplications/IBSRValidation/<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;IBSRClassification/<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;AtlasSegmentation/<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;FEMAtlasSegmentation/
<br><br><br>4) Doing progressive registration is the way to go.<br>&nbsp;&nbsp; As you pointed out, you want to start with simple<br>&nbsp;&nbsp; Transforms such as Rigid, and then move into<br>&nbsp;&nbsp; Affine, and finally into deformable ones like
<br>&nbsp;&nbsp; BSplines.<br><br><br>5) You may want interesting to consider the registration<br>&nbsp;&nbsp; of a Mesh against an Image. This combination gives<br>&nbsp;&nbsp; you a good tradeof between memory allocation and<br>&nbsp;&nbsp; comptational speed.&nbsp;&nbsp;You may want to use the Mesh
<br>&nbsp;&nbsp; as the Fixed object and the Image as the Moving object.<br><br>&nbsp;&nbsp; The reason is that The Mesh would have less nodes than<br>&nbsp;&nbsp; pixels in the image, and that quering the image for<br>&nbsp;&nbsp; a pixel value is more efficient that searching in the
<br>&nbsp;&nbsp; Mesh for a closest point.<br><br><br><br>If you get something working, you are *strongly* encouraged<br>to post it in the Insight Journal:<br><br><br><a href="http://www.insightsoftwareconsortium.org/InsightJournal/">
http://www.insightsoftwareconsortium.org/InsightJournal/</a><br><br><br><br><br>&nbsp;&nbsp; Regards,<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Luis<br><br><br><br><br>------------------<br>Marc Ruiz wrote:<br>&gt; Hi!<br>&gt;<br>&gt; My purpose is to register two brain surfaces. Related with this I have
<br>&gt; some questions:<br>&gt;<br>&gt; 1) Is it possible to obtain the mesh of&nbsp;&nbsp;the surface of a brain with<br>&gt; itk, using for example a MRI as input image?<br>&gt;<br>&gt; 2) Can I take a surface, or better, the mesh of a surface from VTK and
<br>&gt; convert or use it to ITK?<br>&gt;<br>&gt; 3) Has ITK a kind of atlas for my goal or do you know one that I could use?<br>&gt;<br>&gt; 4) Which classes could be interesting to develope this application?<br>&gt;<br>
&gt; Any other idea or problem to comment will be grateful.<br>&gt;<br>&gt; On the other hand, I do not know how to quantify the accuracy or the<br>&gt; error when I realize a registration with different steps, it is, first a
<br>&gt; rigid registration to align the brains and later a deformable<br>&gt; registration ( I use ImageRegistration8 and DeformableRegistration7).<br>&gt;<br>&gt; Thanks for your help!<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------
<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; Insight-users mailing list<br>&gt; <a href="mailto:Insight-users@itk.org">Insight-users@itk.org</a><br>&gt; <a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users">
http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br><br></blockquote></div><br>