<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">
<HTML>
<HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=US-ASCII">
<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 5.5.2658.24">
<TITLE>RE: [Insight-users] ImageRegistration2 problem.</TITLE>
</HEAD>
<BODY>

<P><FONT SIZE=2>Hi, Luis.</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>I discovered how to run some of the tests using &quot;ctest -V&quot;.</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>In particular, when the ImageRegistration2Test is run, the output</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>seems to be ok! (i.e. converges to 13,17)</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>This is quite strange.&nbsp; It suggests that it is not the code, nor my Cygwin system, but rather my implementation of the ImageRegistration2 code.</FONT></P>

<P><FONT SIZE=2>I am appending my CMakeLists.txt below.&nbsp; It is modeled after the &quot;HelloWorld&quot; example.&nbsp; The ImageRegistration2.cxx file is copied directly from the source directory into my project directory.</FONT></P>

<P><FONT SIZE=2>Can you see a problem?&nbsp; Thanks again for your help.</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>Sincerely, John.</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>p.s. I will try to run the itkImageRandomIteratorTest.cxx tomorrow.</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>************************************</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2># This project is designed to be built outside the Insight source tree.</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>PROJECT(ImageRegistration2)</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2># Find ITK.</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>FIND_PACKAGE(ITK)</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>IF(ITK_FOUND)</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&nbsp; INCLUDE(${ITK_USE_FILE})</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>ELSE(ITK_FOUND)</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&nbsp; MESSAGE(FATAL_ERROR</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &quot;Cannot build without ITK.&nbsp; Please set ITK_DIR.&quot;)</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>ENDIF(ITK_FOUND)</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>ADD_EXECUTABLE(ImageRegistration2 ImageRegistration2.cxx )</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>TARGET_LINK_LIBRARIES(ImageRegistration2 ITKNumerics ITKIO)</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>***************************************************</FONT>
</P>
<BR>

<P><FONT SIZE=2>&nbsp;</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>-----Original Message-----</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>From: Luis Ibanez</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>To: Woo, John</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>Cc: ''insight-users@itk.org' '</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>Sent: 5/18/2005 9:42 PM</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>Subject: Re: [Insight-users] ImageRegistration2 problem.</FONT>
</P>
<BR>
<BR>

<P><FONT SIZE=2>Hi John,</FONT>
</P>
<BR>
<BR>

<P><FONT SIZE=2>Thanks for your report.</FONT>
</P>
<BR>

<P><FONT SIZE=2>You can easily verify if the random number generator is</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>working in your system or not.</FONT>
</P>
<BR>
<BR>

<P><FONT SIZE=2>You simply need to take the file</FONT>
</P>
<BR>

<P><FONT SIZE=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Insight/Testing/Code/Common/</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; itkImageRandomIteratorTest.cxx</FONT>
</P>
<BR>

<P><FONT SIZE=2>and build it as an independent project.</FONT>
</P>
<BR>
<BR>

<P><FONT SIZE=2>You run it and.... it will tell you is the random</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>number generation works or not.</FONT>
</P>
<BR>
<BR>

<P><FONT SIZE=2>For instructions on how to create an isolated ITK</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>project, please look at the Tutorial sessions:</FONT>
</P>
<BR>

<P><FONT SIZE=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; <A HREF="http://www.itk.org/HTML/Tutorials.htm" TARGET="_blank">http://www.itk.org/HTML/Tutorials.htm</A></FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>In particular to:</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2><A HREF="http://www.itk.org/CourseWare/Training/GettingStartedI-WebPage/index.htm" TARGET="_blank">http://www.itk.org/CourseWare/Training/GettingStartedI-WebPage/index.htm</A></FONT>
</P>
<BR>
<BR>
<BR>
<BR>

<P><FONT SIZE=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Regards,</FONT>
</P>
<BR>

<P><FONT SIZE=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Luis</FONT>
</P>
<BR>
<BR>
<BR>

<P><FONT SIZE=2>--------------------</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>Woo, John wrote:</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>&gt; Luis,</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Thank you for responding.&nbsp; However, I am still having problems.</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; I downloaded a newer version of itk using cvs.</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Now when I run ImageRegistration2, it seems to go through 200</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>iterations,</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; each with output:</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; 2.23973e-07&nbsp; [0,0]</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; You are probably correct, that the metric seems to be computed </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; incorrectly.&nbsp; Since the nightly tests are ok, this suggests that the </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; problem is not with the code, but perhaps with my system.&nbsp; However, I </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; have tried this on two different PCs.</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Anyone encouter a similar problem?&nbsp; Perhaps I am missing a random</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>number </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; generator in Cygwin?</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; - John.</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; -----Original Message-----</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; From: Luis Ibanez</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; To: Woo, John</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Cc: 'insight-users@itk.org'</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Sent: 5/17/2005 8:25 PM</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Subject: Re: [Insight-users] ImageRegistration2 problem.</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Hi John,</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Cygwin used has a problem for running the random number</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; generator that is used by the Mutual Information metric.</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; This has been fixed now.</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; The example:</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ImageRegistration2</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; is tested nightly</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2><A HREF="http://www.itk.org/Testing/Dashboard/20050517-0500-Nightly/TestDetail/__" TARGET="_blank">http://www.itk.org/Testing/Dashboard/20050517-0500-Nightly/TestDetail/__</A></FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Examples_Registration_ImageRegistration2Test.html</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; and it is consistently passing in all platforms.</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; The typical output that you should see is in Cygwing is:</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2><A HREF="http://www.itk.org/Testing/Sites/dash14.kitware/Win32-cygwin331/20050517" TARGET="_blank">http://www.itk.org/Testing/Sites/dash14.kitware/Win32-cygwin331/20050517</A></FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>-0500-Nightly/Results/__Examples_Registration_ImageRegistration2Test.htm</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; l</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; number of samples = 567</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; 0&nbsp;&nbsp; 0.291543&nbsp;&nbsp; [0.105135, 0.090224]</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; 1&nbsp;&nbsp; 0.260628&nbsp;&nbsp; [0.161649, 0.157256]</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; 2&nbsp;&nbsp; 0.270509&nbsp;&nbsp; [0.320506, 0.209221]</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; 3&nbsp;&nbsp; 0.316618&nbsp;&nbsp; [0.422436, 0.283459]</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; ...</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; 198&nbsp;&nbsp; 0.607511&nbsp;&nbsp; [12.9989, 16.8214]</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; 199&nbsp;&nbsp; 0.603641&nbsp;&nbsp; [13.0552, 16.9111]</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Result =</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp;&nbsp; Translation X = 13.0552</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp;&nbsp; Translation Y = 16.9111</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp;&nbsp; Iterations&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 200</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp;&nbsp; Metric value&nbsp; = 0.603641</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; You should probably update your version</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; of ITK in order to&nbsp; use CVS.</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Regards,</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Luis</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; ------------------------------------------------------------------</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Woo, John wrote:</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt; Hi, I'm a new user to ITK.</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt; I have succeeded in running ImageRegistration1 and</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>ImageRegistration3</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt; with their respective Example data.</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt; However, I cannot seem to run ImageRegistration2 (MI Registration)</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt; correctly with BrainT1SliceBorder20.png and</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt; BrainProtonDensitySliceShifted13x17y.png.</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt; It seems to compile ok.&nbsp; However, when running, it seems to give a</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt; Result of</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt; Result =</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt;&nbsp; Translation X = 0</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt;&nbsp; Translation Y = 0</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt;&nbsp; Iterations&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 200</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt;&nbsp; Metric value&nbsp; = 2.5398e-06.</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt; It seems that all 200 iterations have values of</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt;&nbsp; 2.5398e-06&nbsp;&nbsp;&nbsp; [0, 0]</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt; Am I doing something incorrectly?&nbsp; I am running ITK on Cygwin on a</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt; Windows platform.</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt; - John.</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>------------------------------------------------------------------------</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt; _______________________________________________</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt; Insight-users mailing list</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt; Insight-users@itk.org</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&nbsp; &gt; <A HREF="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" TARGET="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</A></FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>------------------------------------------------------------------------</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; _______________________________________________</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Insight-users mailing list</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Insight-users@itk.org</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; <A HREF="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" TARGET="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</A></FONT>
</P>
<BR>

</BODY>
</HTML>