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  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">

  <title></title>

</head>

<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

<pre wrap="">Kevin:

You are probably looking for a landmark transform in ITK. There are a few based on TPS

<a

 href="http://www.itk.org/Insight/Doxygen/html/classitk_1_1ThinPlateSplineKernelTransform.html">http://www.itk.org/Insight/Doxygen/html/classitk_1_1ThinPlateSplineKernelTransform.html</a>

<a

 href="http://www.itk.org/Insight/Doxygen/html/classitk_1_1ThinPlateR2LogRSplineKernelTransform.html">http://www.itk.org/Insight/Doxygen/html/classitk_1_1ThinPlateR2LogRSplineKernelTransform.html</a>

<a

 href="http://www.itk.org/Insight/Doxygen/html/classitk_1_1ElasticBodyReciprocalSplineKernelTransform.html">http://www.itk.org/Insight/Doxygen/html/classitk_1_1ElasticBodyReciprocalSplineKernelTransform.html</a>

<a

 href="http://www.itk.org/Insight/Doxygen/html/classitk_1_1ElasticBodySplineKernelTransform.html">http://www.itk.org/Insight/Doxygen/html/classitk_1_1ElasticBodySplineKernelTransform.html</a>

<a

 href="http://www.itk.org/Insight/Doxygen/html/classitk_1_1VolumeSplineKernelTransform.html">http://www.itk.org/Insight/Doxygen/html/classitk_1_1VolumeSplineKernelTransform.html</a>

Unfortunately it looks like there isn't a rigid landmark based method of initializaing registration. It would be nice to have a LandmarkBasedTransformInitializer just like

the CenteredTransformInitializer class. If you need one, let me know and I can add one to ITK. (for rigid and affine transforms). If you would like to do that, it would be perfect. Let me know. 

For reference see VTK:  Hybrid/vtkLandmarkTransform. 

It takes any number of landmarks (1 to n) and finds the appropriate rigid/affine transform that aligns the two images in a least squares sense. 

Thanks

regards

karthik

</pre>

Kevin H. Hobbs wrote:

<blockquote cite="mid1115910541.3614.21.camel@gargon.hooperlab"

 type="cite">

  <pre wrap="">I just decided that I have too much jitter between scans of physical

slices of my sample.  So I plan on adding registration pins. The only

way I see to reassemble the slices with ITK is to register each slice

with the first slice based only on the pins, crop or translate them all,

and then load the volume.  Seems like a lot of trouble to me.

Since I think this is a common task in microscopy I'm betting there's a

well worked out way to do this without too much fuss.

  </pre>

  <pre wrap="">

<hr size="4" width="90%">

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  </pre>

</blockquote>

<br>

</body>

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