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<meta name=Generator content="Microsoft Word 11 (filtered medium)">

<!--[if !mso]>

<style>

v\:* {behavior:url(#default#VML);}

o\:* {behavior:url(#default#VML);}

w\:* {behavior:url(#default#VML);}

.shape {behavior:url(#default#VML);}

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<style>

<!--

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        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}

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@font-face

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span.EmailStyle17

        {mso-style-type:personal-compose;

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<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;

font-family:Tahoma'>Hello again,<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;

font-family:Tahoma'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;

font-family:Tahoma'>I added the line ReinitializeSeed() in the constructor at:<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;

font-family:Tahoma'>/code/algorithms/itkMutualInformationImageToImageMetric.txx

<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;

font-family:"Courier New"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;

font-family:Tahoma'>I then removed the object file generated in

/MultiRes/MIRegistration/Common directory before recompiling the program, which

seemed to work perfectly since I get a transform matrix now.&nbsp; Thanks for all

your help!<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;

font-family:Tahoma'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;

font-family:Tahoma'>--Fong Ming &nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;

font-family:Tahoma'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'><font size=3

face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt'>

<hr size=2 width="100%" align=center tabIndex=-1>

</span></font></div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><b><font

size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;font-weight:

bold'>From:</span></font></b><font size=2 face=Tahoma><span style='font-size:

10.0pt;font-family:Tahoma'> Karthik Krishnan [<a

href="mailto:Karthik.Krishnan@kitware.com"

title="mailto:Karthik.Krishnan@kitware.com">mailto:Karthik.Krishnan@kitware.com</a>]

<br>

<b><span style='font-weight:bold'>Sent:</span></b> Tuesday, December 07, 2004

2:54 PM<br>

<b><span style='font-weight:bold'>To:</span></b> Fong Ming Hooi<br>

<b><span style='font-weight:bold'>Cc:</span></b> <ST1:PERSONNAME u4:st="on"><a

href="mailto:insight-users@itk.org" title="mailto:insight-users@itk.org">insight-users@itk.org</a></ST1:PERSONNAME><br>

<b><span style='font-weight:bold'>Subject:</span></b> Re: [Insight-users]

Problem with MultiResMIRegistration [And the VNL behaviour under Cygwin]</span></font><O:P></O:P><font

color=black><span style='color:black'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font

size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt'>Hi Fong,<br>

<br>

Your problem is related to the minor descripency in VNL behaviour in Cygwin.

I've given a temporary fix below that should make your code work, before we

commit those changes. Thanks for pointing out.<br>

<br>

Just add the line <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; ReinitializeSeed();<br>

in the constructor MutualInformationImageToImageMetric &lt; , &gt;

::MutualInformationImageToImageMetric()<br>

<br>

Now your code should work fine with Cygwin. If you want to know why, read the

explanation below:<br>

<br>

Basically the family of pseudo-random generators, ie drand48(), lrand48(), or

mrand48(), seem to behave differently under different operating systems.

Strictly speaking, before any calls to these functions are made, we need to go

through initialization entry points, srand48(), seed48() and lcong48()

respectively to initialize the seed. Now, on most compilers relax this

behaviour and supply a default seed. Cygwin's gcc does not. So all calls to

vnl_sample_normal, vnl_sample_uniform etc failed in Cygwin since they are often

called without seeding in ITK. <br>

<br>

Your MultiresMIRegistration example uses the MutualInformationImageToImageMetric,

which uses a ImageRandomConstIteratorWithIndex to randomly pick evaluation

points. VNL is used to generate these random numbers. <br>

<br>

A more exact solution would be to replace ReinitializeSeed() with

ReinitializeSeed(vcl_time(0)). This does a quasi-random initialization. You

will now need to include the file &quot;vcl_ctime.h&quot;<br>

<br>

Thanks<br>

Hope this helps<br>

karthik<br>

<br>

<br>

Fong Ming Hooi wrote: <U1:P></U1:P><O:P></O:P><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font

size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma'>Hello,<U5:P></U5:P></span></font><U1:P></U1:P><O:P></O:P><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font

size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma'>I&#8217;m

having some trouble with the MultiResMIRegistration program. &nbsp;I&#8217;m

using the input of BrainWebT1toT2b.txt and have been getting this corresponding

output: &nbsp;</span></font><U1:P></U1:P><O:P></O:P><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font

size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma'>Output: <U5:P></U5:P><o:p></o:p></span></font><U1:P></U1:P><O:P></O:P></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font

size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma'>Parsing

input ... <U5:P></U5:P></span></font><U1:P></U1:P><O:P></O:P><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font

size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma'>Fixed

image filename:

C:\ITKFiles\ITKAppBin2\MultiResMIRegistration\brainweb165a10f17.mha<U5:P></U5:P></span></font><U1:P></U1:P><O:P></O:P><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font

size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma'>Moving

image filename: C:\ITKFiles\ITKAppBin2\MultiResMIRegistration\brainweb1e5a10f17Rot10Tx15.mha<U5:P></U5:P></span></font><U1:P></U1:P><O:P></O:P><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font

size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma'>Permute

order: [0, 1, 2]<U5:P></U5:P></span></font><U1:P></U1:P><O:P></O:P><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font

size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma'>Flip axes:

[0, 0, 0]<U5:P></U5:P></span></font><U1:P></U1:P><O:P></O:P><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font

size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma'>Number of

levels: 5<U5:P></U5:P></span></font><U1:P></U1:P><O:P></O:P><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font

size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma'>Fixed

image shrink factors: [4, 4, 1]<U5:P></U5:P></span></font><U1:P></U1:P><O:P></O:P><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font

size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma'>Moving

image shrink factors: [8, 8, 1]<U5:P></U5:P></span></font><U1:P></U1:P><O:P></O:P><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font

size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma'>Number of

iterations: [2500, 2500, 2500, 2500, 2500]<U5:P></U5:P></span></font><U1:P></U1:P><O:P></O:P><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font

size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma'>Learning

rates: [0.0001, 1e-05, 5e-06, 1e-06, 5e-07]<U5:P></U5:P></span></font><U1:P></U1:P><O:P></O:P><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font

size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma'>Translation

scale: 320<U5:P></U5:P></span></font><U1:P></U1:P><O:P></O:P><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font

size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma'>Output

filename: t1tot2.mhd<U5:P></U5:P></span></font><U1:P></U1:P><O:P></O:P><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font

size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma'><U5:P>&nbsp;</U5:P></span></font><U1:P></U1:P><O:P></O:P><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font

size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma'>Preprocess

the images ... <U5:P></U5:P></span></font><U1:P></U1:P><O:P></O:P><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font

size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma'>Register

the images ... <U5:P></U5:P></span></font><U1:P></U1:P><O:P></O:P><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font

size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma'>---

Starting level 0<U5:P></U5:P></span></font><U1:P></U1:P><O:P></O:P><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font