<html>

<head>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=US-ASCII">


<meta name=Generator content="Microsoft Word 10 (filtered)">

<style>
<!--
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {font-family:Arial;
        color:windowtext;}
p.section1, li.section1, div.section1
        {margin-right:0cm;
        margin-left:0cm;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman";}
@page Section1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 90.0pt 72.0pt 90.0pt;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>

</head>

<body lang=EN-CA link=blue vlink=purple>

<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>Hi All,</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>I&#8217;m trying to use the itkResampleImageFilter
with itkAffineTransform.</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>This itk pipeline is connected to vtk pipelines using itkVTKImageToITKImageFilter
and itkImageToVTKImageFilter in insight applications.</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>My internal pixel type is float and its 3D.</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>I&#8217;m getting an all zero output from the filter
(I&#8217;m using the Identity transform for testing).</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>The connection between vtk-&gt;itk-&gt;vtk worked well
without the resampling filter.</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>Am I missing a configuration step?</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>Thanks,</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>Nuwan</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>p.s. I paste the code segments here in case if you
need it.</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;</span></font></p>

<p class=MsoNormal style='text-indent:36.0pt'><font size=3
face="Times New Roman"><span lang=EN-US style='font-size:12.0pt'>//============
itk pipeline begins =============</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; typedef
itk::ResampleImageFilter&lt;ImageType, ImageType&gt; FilterType; // resample
image filter</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; FilterType::Pointer
filter = FilterType::New();</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; typedef
itk::AffineTransform&lt; double, Dimension &gt;&nbsp; TransformType;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; //
transform</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; TransformType::Pointer
transform = TransformType::New();</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; filter-&gt;SetTransform(
transform );</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; typedef
itk::LinearInterpolateImageFunction&lt;ImageType, double &gt;&nbsp; InterpolatorType;</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; InterpolatorType::Pointer
interpolator = InterpolatorType::New();&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; //
interpolator</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; filter-&gt;SetInterpolator(
interpolator );</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; filter-&gt;SetDefaultPixelValue(
0 );&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; //
setup</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; const
ImageType::SpacingType&amp; spacing = VTKToITKFilter-&gt;GetOutput()-&gt;GetSpacing();</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; const
ImageType::PointType&amp; origin&nbsp; = VTKToITKFilter-&gt;GetOutput()-&gt;GetOrigin();</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ImageType::SizeType
size = VTKToITKFilter-&gt;GetOutput()-&gt;GetLargestPossibleRegion().GetSize();</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; filter-&gt;SetOutputOrigin(
origin );</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; filter-&gt;SetOutputSpacing(
spacing );</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; filter-&gt;SetSize(
size );</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; transform-&gt;SetIdentity();</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; filter-&gt;SetInput(
VTKToITKFilter-&gt;GetOutput() );</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ImageType::ConstPointer
itkImageOut = filter-&gt;GetOutput();&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; //
itk image</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; try</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; {</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; filter-&gt;Update();</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; }</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; catch
(itk::ExceptionObject &amp; excep)</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; {</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; std::cerr
&lt;&lt; excep &lt;&lt; std::endl;</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; }</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; //============
itk pipeline ends ===============</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;</span></font></p>

</div>

</body>

</html>