<DIV>Hello Luis,<BR></DIV>
<DIV>The problem is solved. The problem was due to the way I was reading <BR>the&nbsp;input image.&nbsp; Now instead of directly using watershedsegmentation1.cxx, I have written another program which reads raw images with MetaImage format,&nbsp; I read them as float and then pass the output of reader to smoothing filter, then to Gradient Magnitude filter, then&nbsp; to Watershed, and then write the result of watershed as RGB image using </DIV>
<DIV>ScalarToRGBPixelFunctor and UnaryFunctorImageFilter.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks for all your help,<BR>Neha<BR><BR><B><I>Luis Ibanez &lt;luis.ibanez@kitware.com&gt;</I></B> wrote:</DIV>
<BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid"><BR>Hi Neha,<BR><BR><BR>Thanks for posting your images and the description of your problem.<BR><BR>We tried passing your image as input to the Watershed example, but it<BR>happens that your tumor58.raw image has a *constant zero value* in all<BR>pixels.<BR><BR><BR>Please verify the source where you obtained this image.<BR><BR><BR>---<BR><BR>Regarding the error message that you got,<BR>it is clearly indicating that your threshold value is *too high*:<BR><BR>&gt;<BR>&gt; itk::watershed::SegmentTreeGenerator::MergeSegments::<BR>&gt; An unexpected and fatal error has occurred. This is probably the<BR>&gt; result of overthresholding of the input image.<BR>&gt;<BR><BR>You are setting a threshold value that is HIGHER than that water level,<BR>this is incorrect. The threshold value should be lower than the water<BR>level.<BR><BR>Please try values like<BR><BR><BR>Threshold = 0.01<BR>Water
 level = 0.05 to 0.2<BR><BR><BR>Please read the description of this example in the<BR>ITK Software Guide<BR><BR>http://www.itk.org/ItkSoftwareGuide.pdf<BR><BR>Section 9.2, pdf-page 356.<BR><BR><BR><BR>Regards,<BR><BR><BR>Luis<BR><BR><BR>=================<BR><BR>neha k wrote:<BR><BR>&gt; Hello Luis,<BR>&gt; <BR>&gt; Can I use watershed example (from ITK1.8\Examples) with Brain MRIs (Raw <BR>&gt; format)? When I try to use Watershed example on Brain MRI with tumour, <BR>&gt; with following parameters range- <BR>&gt; <BR>&gt; Conductance Term -&gt; 1-4, No. of Iterations - 3 - 10, Threshold (%) - 0.0 <BR>&gt; - 0.3, Level Of Watershed 0.01 - 0.05,<BR>&gt; Principle Componenet Analysys - On. I am not sure if I need to use <BR>&gt; Principle Componenet Analysys.<BR>&gt; <BR>&gt; I get following error: ------&gt;<BR>&gt; <BR>&gt; itk::ExceptionObject (0104F288)<BR>&gt; Location: "Unknown"<BR>&gt; File: <BR>&gt;
 C:\ITK_1.8\InsightToolkit-1.8.0\Code\Algorithms\itkWatershedSegmentTreeGen<BR>&gt; erator.txx<BR>&gt; Line: 436<BR>&gt; Description: itk::ERROR: <BR>&gt; itk::watershed::SegmentTreeGenerator::MergeSegments:: A<BR>&gt; n unexpected and fatal error has occurred. This is probably the result <BR>&gt; of overth<BR>&gt; resholding of the input image.<BR>&gt; <BR>&gt; Do you have any suggestions? I have attached the image. <BR>&gt; <BR>&gt; Thanks.<BR>&gt; <BR><BR><BR><BR><BR></BLOCKQUOTE><p>
        
                <hr size=1>Do you Yahoo!?<br> 
Check out the new Yahoo! Front Page. <a href="http://www.yahoo.com">www.yahoo.com</a>